Reporte N°18: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincia de Buenos Aires y provincia de Córdoba. Actualización al 25/03/2021

• Autores: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central
• Año de publicación: 2021
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: documento de trabajo
• Materia: Covid 19; SARS-CoV-2; Vigilancia; Variantes circulantes; Provincia de Córdoba; Argentina; Proteína Spike; Variante 501Y.V1 - Reino Unido; Variante 501Y.V3 - linaje P.1, Manaos; Variante P.2 -Río de Janeiro; Variante CAL.20C -linaje B.1.427, California; Provincia de Buenos Aires; República Argentina
• Institución: Universidad Nacional de Córdoba

Participantes en este reporte: Nodo secuenciación HNRG: Mercedes Nabaes; Laura Valinotto; Stephanie Goya; Mónica Natale; Silvina Lusso, Sofía Alexay; Dolores Acuña; Mariana Viegas. Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA: María Inés Gismondi, Maria José Dus Santos, Paula del Carmen Fernandez, Marianne Muñoz, Andrea Puebla, Guido König, Sofia Bengoa Luoni y Marco Cacciabue. Nodo de secuenciación de Córdoba: IPAVE-INTA-CIAP: Franco Fernández, Nathalie Marquez y Humberto Debat. Nodo evolución: Carolina Torres, Laura Mojsiejczuk, Paula Aulicino, Guido König, Humberto Debat, Mariana Viegas. Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas: Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA): Alicia Mistchenko, Erica Grandis, María Cristina Alvarez López, María Elina Acevedo, Oscar Jacquez, Sofía Alexay, Mariángeles Barreda Fink, María Emilia Villegas, Raquel Barquez, Estela Chascón, Jorgelina Caruso, Karina Zacarías, Cristian Díaz, Oscar Luna, Cristian Turchiaro, Julián Cipelli, Guillermo Thomas, Carla Medina, Natalia Labarta. UFU Hospital Rivadavia (CABA): Andrea Lapeire, Mercedes Borghi, Daniela Naveira, Nelson Solari, María Inés Debas, Marta Ledesma, Larissa Cardoso, Silvia De La Torre, Claudia Brunetti, Juan Manuel Peyran Ponce, Alicia Acro, Marcela Balsarini. Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA): Marcia Pozzati, Jésica Galeano, Florencia Rodríguez, Florencia Funez, Andrea Fernández, Karina Polanski. Hospital Alemán (CABA): Eugenia Ibañez; María Paula Della Latta; Natalia García allende. COE COVID -Epidemiología, Ciudad de Buenos Aires: Paula Sujansky, Patricia Angeleri. Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita” (Lanús; provincia de Buenos Aires): Isabel Desimone; Erica Luczak; Omar Grossi; Lorena Serrano; Rubén Pelagamos; Alejandra Musto. Servicio de laboratorio del Hospital Teresa Germani Laferrere (La Matanza, provincia de Buenos Aires): Anabel Luzio, Gisela Sauco, Mauricio Spacaventto Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita” (Lanús, Provincia de Buenos Aires): Isabel Desimone, Erica Luczak, Omar Grossi, Lorena Serrano, Alejandra Musto. Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, BA): María Belén Mónaco; Sebastián Gabriel Zunino; José Jaramillo Ortiz; Carla Antonella Massone; Leandro García; Flavia Noelia Minutto; Gabriela Elena Zunino; Belén Ubaldo; Elizabeth Joyce Maleplate; Anna Belén Calloni; Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires): María Inés Gismondi Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, BA): María José Dus Santos, Marina Mozgovoj, Marcela Pilloff, Adriana Fernández Souto, Natalia Calienni, Marisa Lorenzo, Angélica M Ramirez, David Ybarra, Pablo Raies, Juan Manuel Velazquez, Blanc Daiana Sofia, Cristina Belén Serrano, Daniela Vega, Sabrina Amalfi, Vanina Saraullo, Angel Arias, Camila Frydman, Luis Castillo, Valeria Marsal, Didier Garnham Mercedes, Boero Carolina Jazmín, Germán Albornoz. Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Gabriela Barbás, Gonzalo Castro, Paola Sicilia y Laura López. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba: Viviana Ré, María Belén Pisano.
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.
El presente reporte Nº 18 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en 297 muestras de la CABA y PBA obtenidas en el período 01/02/2021 al 14/03/2021 de individuos sin antecedente de viaje, y en 16 muestras de la provincia de Córdoba en el período 05/02/2021 al 15/03/2021 de individuos con antecedente de viaje, sus contactos estrechos o casos adquiridos en la comunidad. La combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se detectó en 16 casos (13 de la CABA y 3 del GBA oeste). Tres de ellos corresponden a contactos estrechos de los casos reportados, mientras que los restantes corresponderían a casos de adquisición en la comunidad. La combinación de mutaciones características de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se detectó en tres casos de la CABA, dos de los cuales presentan nexo epidemiológico entre sí. Se detectó un caso de la variante CAL.20C (California) del linaje B.1.427 en la CABA. Los casos detectados de las variantes 501Y.V1, 501Y.V3 y CAL.20C corresponden a individuos sin antecedente de viaje ni contacto estrecho con viajeros. En la provincia de Córdoba se detectaron seis casos de la variante 501Y.V1 (Reino Unido), de los cuales cuatro presentan antecedente de viaje y dos son contactos estrechos de éstos. Además, se detectaron seis casos de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos), de los cuales uno presentó antecedente de viaje y los cinco restantes son contactos estrechos de éste. Respecto de las mutaciones de interés, se detectó la mutación S_E484K en 37 muestras (20 provenientes de la CABA, 13 de GBA sur, una de GBA oeste, una de Lobos, una de Mercedes y una de la ciudad de Villa Dolores de la provincia en Córdoba). Se detectaron las mutaciones S_L452R/Q en 38 muestras, de las cuales siete corresponden a la mutación S_L452R -presente en los linajes B.1.427 y B.1.429 (variante CAL.20C, California)-. Cuatro de ellas corresponden a CABA, dos a Almirante Brown y una a Merlo. Hasta el momento, sobre un total de 943 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se identificó en 26 casos (2.75 %) -seis asociados a turismo, cinco con nexo epidemiológico con casos confirmados de esta variante y 15 de origen desconocido-; la 501Y.V3 (P.1, Manaos) en once casos (1.16 %) -dos de turismo, seis de contacto estrecho con viajeros, uno de contacto estrecho con un caso confirmado y dos de origen desconocido-; y la mutación S_E484K en forma aislada en 79 casos (8.39 %) -35 de ellos confirmados como linaje P.2- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 46 casos -tres de ellos confirmados como variante CAL.20C (linaje B.1.427, California). Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). La vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 realizada sobre un total de 943 muestras de la CABA, provincia de Buenos Aires, Córdoba y la ciudad de Santa Fe (reportes N° 9 a 18) obtenidas entre el 26/10/2020 al 15/03/2021 permitió determinar la presencia de cuatro variantes de interés epidemiológico mundial en nuestro país: la variante 501Y.V1 (Reino Unido), la variante 501Y.V3 (linaje P.1, Manaos), la variante P.2 (Río de Janeiro) y la variante CAL.20C (linaje B.1.427, California).
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.