Reporte N°20: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Córdoba, Entre Ríos, Mendoza, Neuquén, Río Negro, San Luis y Santa Fe. Actualización al...

• Autores: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central
• Año de publicación: 2021
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: documento de trabajo
• Materia: Covid 19; SARS-CoV-2; Variantes circulantes; Secuenciación parcial del gen; Proteína Spike; Vigilancia activa; Variante 501y.v1 (linaje b.1.1.7); Variante 501y.v2 (linaje b.1.351); Variante 501y.v3 (linaje p.1, derivado del linaje b.1.1.28); Variante cal.20c (linajes b.1.427 y b.1.429); Linaje P.2 (derivado del linaje B.1.1.28); Linaje C.37 (derivado del linaje B.1.1.1); Provincia de Buenos Aires; Provincia de Mendoza; Provincia de Neuquén; Provincia de Entre Ríos; Provincia de Río Negro; Provincia de San Luis; Provincia de Santa Fe; República Argentina
• Institución: Universidad Nacional de Córdoba

Participantes en este reporte: Nodo secuenciación HNRG: Mercedes Nabaes; Laura Valinotto; Stephanie Goya; Mónica Natale; Silvina Lusso, Sofía Alexay; Dolores Acuña; Mariana Viegas. Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA Castelar (Hurlingham, PBA): María Inés Gismondi, Maria José Dus Santos, Paula del Carmen Fernandez, Marianne Muñoz, Andrea Puebla, Guido König, Sofia Bengoa Luoni y Marco Cacciabue. Nodo de secuenciación de Córdoba: IPAVE-INTA-CIAP: Franco Fernández, Nathalie Marquez y Humberto Debat. Nodo de secuenciación del IDICaL (Instituto de Investigaciones en la Cadena Láctea) del INTACONICET de Rafaela (Provincia de Santa Fe): María Florencia Eberhardt; Cecilia Camussone; Matías Irazoqui; Ariel Amadío. Nodo de secuenciación Neuquén: Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén): Melina Leonor Mazzeo; Luis Alfredo Pianciola; Ailen Fernández. Nodo de secuenciación Laboratorio Central de Córdoba (Ministerio de Salud, provincia de Córdoba): Gabriela Barbas; Gonzalo Castro. Instituto de Virología “Dr.J.M.Vanella” Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Córdoba (provincia de Córdoba): Viviana Ré, María Belen Pisano Nodo evolución: Carolina Torres, Laura Mojsiejczuk, Paula Aulicino, Guido König, Humberto Debat, Mariana Viegas. Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas: Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA): Alicia Mistchenko, Erica Grandis, María Cristina Alvarez López, María Elina Acevedo, Oscar Jacquez, Sofía Alexay, Mariángeles Barreda Fink, María Emilia Villegas, Raquel Barquez, Estela Chascón, Jorgelina Caruso, Karina Zacarías, Cristian Díaz, Oscar Luna, Cristian Turchiaro, Julián Cipelli, Guillermo Thomas, Carla Medina, Natalia Labarta. UFU Hospital Rivadavia (CABA): Andrea Lapeire, Mercedes Borghi, Daniela Naveira, Nelson Solari, María Inés Debas, Marta Ledesma, Larissa Cardoso, Silvia De La Torre, Claudia Brunetti, Juan Manuel Peyran Ponce, Alicia Acro, Marcela Balsarini. Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA): Marcia Pozzati, Jésica Galeano, Florencia Rodríguez, Florencia Funez, Andrea Fernández, Karina Polanski. Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner y Centro de Medicina Traslacional CEMET (Florencio Varela, provincia de Buenos Aires): Marilina Rahhal, Martin Zubieta. Plataforma de Servicios Biotecnólogicos; UTTIPP/PSB, UNQ (Bernal, provincia de Buenos Aires): Alejandro Castello; Hernán Farina; Sandra Goñi; Georgina Cardama; Norailys Lorenzo; Humberto Lamdan; Marcelo Mandile; Alejandra Zinni; Carla Capobianco; Gustavo Bada. Laboratorio de salud pública, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (La Plata, Provincia de Buenos Aires): Rosana Isabel Toro; Andrés Angelletti; Víctoria Cabassi; Victoria Nadalich; Andrés Cordero; Laura Delaplace; Paula Carasi. Laboratorio de Virologia, HIEAyC "San Juan de Dios" (La Plata, provincia de Buenos Aires): Ercole Regina; Gatelli Andrea; Di Bella Sofia; Malaissi Luciano; Colmeiro Maria; Angeletti Andres; Martinez, Agustina; Ferioli Martina. Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, PBA): María Belén Mónaco; Sebastián Gabriel Zunino; José Jaramillo Ortiz; Carla Antonella Massone; Leandro García; Flavia Noelia Minutto; Gabriela Elena Zunino; Belén Ubaldo; Elizabeth Joyce Maleplate; Anna Belén Calloni; Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires): María Inés Gismondi Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, BA): María José Dus Santos, Marina Mozgovoj, Marcela Pilloff, Adriana Fernández Souto, Natalia Calienni, Marisa Lorenzo, Angélica M Ramirez, David Ybarra, Pablo Raies, Juan Manuel Velazquez, Blanc Daiana Sofia, Cristina Belén Serrano, Daniela Vega, Sabrina Amalfi, Vanina Saraullo, Angel Arias, Camila Frydman, Luis Castillo, Valeria Marsal, Didier Garnham Mercedes, Boero Carolina Jazmín, Germán Albornoz. Laboratorio de Salud Pública "Dr Dalmiro Pérez Laborda" (Ministerio de Salud de la provincia de San Luis): Juan Manuel Talia, María Agustina Lacaze, Jorge Bohn, Blanca Hebe Esteves, Eliana Maria Rosales, Juan Pablo Perez Diaz, Matias Perez Diaz, Francisco Jofré, Florencia Cabral Bombardieri, Julieta Peñalva, Gustavo Rivero, Marcelo Olivera, Leonardo Aguilera, Anna Chiara Mastrodonato, Luciana Molina, Dra. Ludmila Campos, Federico Quijano, Erica Carrizo. Instituto Nacional de Epidemiología "Dr. Jara" (Mar del Plata, provincia de Buenos Aires): Irene Pagano; Osvaldo Uez; Carlos Jose Cimmino. Departamento de Biología y genética molecular; IACA Laboratorios (Bahía Blanca, provincia de Buenos Aires): Estefanía Tittarelli; Ariel Suárez; Edgardo Raul Streitenberger; María Verónica Masciovecchio. Laboratorio de Virología de la Facultad de Veterinaria de la Universidad Nacional del Centro de la provincia de Buenos Aires (UNCPBA, Tandil, PBA): Guillermina Dolcini; Sandra Perez; Victoria Nieto Farias y Carolina Ceriani Laboratorio del Hospital Central (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): María Liliana Videla, Luciano Lima, Andrea Naser, Pablo Rico, Valeria Fontana, Héctor Horacio Cuello. Laboratorio del Hospital Notti (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): Sandra Grucci, Vanina Eibar, Noelia Cuglia, Adriana Recabarren, Daiana Lang, Clara Pott Godoy. Laboratorio De Salud Pública (Ciudad de Mendoza, provincia de Mendoza): Silvia Zerrer, Belén Ortiz, Silvina Denita, Luciana Martinez, Cristian Garay, Fernando Giuliani. Laboratorio de biología molecular del Hospital Centenario (Gualeguaychú, provincia de Entre Ríos): Gustavo Levin, Débora Kesselman, Paulina Melchiori, Leticia Siri, Ignacio Bourlot. Laboratorio Central (Santa Fe; provincia de Santa Fe): Carlos Pastor; Guillermo Ojeda; Gabriela Rompato; Viviana Mugna Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén): Luis Pianciola, Melina Mazzeo, Beatriz Carolina Pinto, María Cecilia Ziehm, María Ailén Fernández. Laboratorio del Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo (San Carlos De Bariloche; provincia de Río Negro): María Laura Álvarez; Yesica Espasandin; Patricia Valeria Blanco. Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Gabriela Barbás, Gonzalo Castro, Paola Sicilia y Laura López. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba: Viviana Ré, María Belén Pisano. COE COVID -Epidemiología, Ciudad de Buenos Aires: Paula Sujansky, Patricia Angeleri, Cristian
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.
El presente reporte Nº 14 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 01/03/21 y el 24/04/21, se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en muestras de CABA (n=147), provincia de Buenos Aires (n=296), provincia de Córdoba (n=21), Entre Ríos (n=12), Mendoza (n=15), Neuquén (n=12), Río Negro (n=8), San Luis (n=30) y la secuenciación de genoma completo de muestras de Santa Fe (n=12) y de Córdoba (n=44). Se identificó la variante 501Y.V1 (B.1.1.7, Reino Unido) en 72 casos. De éstos, 24 corresponden a la CABA, 21 a GBA (uno de GBA Norte, 10 de GBA Oeste y 10 de GBA Sur), uno a La Plata y 13 al interior de la PBA (uno de Bahía Blanca, cinco de Tandil, uno de América, uno de San Nicolás, tres de Mercedes, uno de Suipacha y uno de Mar del Plata). Además, tres casos correspondieron a la provincia de San Luis (dos de San Luis Capital y uno de La Punta), dos casos a la provincia de Entre Ríos (Gualeguaychú) y un caso a la provincia de Santa Fe. Todos estos casos corresponderían a infecciones en individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Otros siete casos de esta variante se detectaron en la provincia de Córdoba, dos con antecedente de viaje a Méjico y cinco adquiridos en la comunidad (tres de las Varillas, uno de Unquillo y uno de Córdoba Capital). Se identificó la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en un total de 181 casos. Cuarenta casos provienen de la CABA, 39 casos de GBA (seis de GBA Norte, 18 de GBA Oeste y 15 de GBA Sur), 41 de GLP, 18 del interior de la PBA (12 de Mar del Plata, uno de Tandil, dos de Mercedes, dos de Suipacha, uno de San Antonio de Areco) y dos casos del AMBA sin origen definido. Además, 14 casos correspondieron a la provincia de San Luis (12 de San Luis Capital y dos de Juana Koslay), siete casos a la provincia de Entre Ríos (cinco de Gualeguaychú, uno de Larroque y uno de Villa Paranacito) y dos casos a la ciudad de Santa Fe. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Quince casos provienen de la provincia de Mendoza, correspondientes a un brote de la localidad de General Alvear, que se originó a través del ingreso de un contingente de turistas. En la provincia de Córdoba se detectaron dos casos en individuos con antecedente de viaje a Europa y República Dominicana, mientras que en la provincia de Neuquén se detectó un caso en un trabajador local temporal, residente en La Plata. Hasta el momento, sobre un total de 1848 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (B.1.1.7, Reino Unido) se identificó en 152 casos, con 39 de ellas analizadas además por genoma completo. La variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se detectó en 217 casos y se ha obtenido el genoma completo en 25 de ellas. La mutación S_E484K en forma aislada se detectó en 129 casos -46 de ellos confirmados como linaje P.2- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 322 casos -13 de ellos con la mutación L452R fueron confirmados como variante CAL.20C (California, 12 del linaje B.1.427 y una del linaje B.1.429) y 80 de ellos con la mutación L452Q fueron confirmados como linaje C.37-. Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). Es muy importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V3 (P.1, Manaos) y de la mutación S_L452Q en el AMBA en casos sin nexo epidemiológico con turismo al exterior durante las últimas semanas epidemiológicas, alcanzando en la SE15 frecuencias del 27,1% (CABA) y del 12,8% (GBA) para la variante 501Y.V1 (Reino Unido); 31,3% (CABA) y del 31,9% (GBA) para la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos); y del 33,3% (CABA) y del 48,9% (GBA) para la mutación L452Q compatible con linaje C.37. Asimismo, en la última semana epidemiológica analizada (mediados de abril) se observó que más del 90% de los virus SARS-CoV-2 que circularon en el AMBA poseen mutaciones en la proteína Spike que los diferencian de los virus que circularon en la primera ola. Por lo tanto, ante el aumento sostenido de casos, es sumamente relevante reforzar las medidas sanitarias de prevención de nuevos contagios (distanciamiento físico, ventilación de ambientes, lavado frecuente de manos, uso de barbijos) hasta la disponibilidad de vacunas para toda la población.
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.