Reporte N°23: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Córdoba, Entre Ríos, Neuquén y Santa Fe. Actualización del 07/06/2021

• Autores: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central
• Año de publicación: 2021
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: documento de trabajo
• Materia: Covid 19; SARS-CoV-2; Variantes circulantes; Secuenciación parcial del gen; Proteína Spike; Vigilancia activa; Variante Alpha (linaje B.1.1.7); Variante Beta (linaje B.1.351); Variante Gamma (linaje P.1, derivado del linaje B.1.1.28); Variante Delta (linaje B.1.617.2); Variante Kappa (linaje B.1.617.1); Variante Epsilon, CAL.20C (linajes B.1.427 y B.1.429); Variante Zeta (Linaje P.2, derivado del linaje B.1.1.28); Linaje C.37; Provincia de Buenos Aires; Provincia de Córdoba; Provincia de Entre Ríos; Provincia de Neuquén; Provincia de Santa Fe; República Argentina
• Institución: Universidad Nacional de Córdoba

Participantes en este reporte: Nodo secuenciación HNRG: Mercedes Nabaes; Laura Valinotto; Stephanie Goya; Mónica Natale; Silvina Lusso, Sofía Alexay; Dolores Acuña; Mariana Viegas. Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA Castelar (Hurlingham, PBA): María Inés Gismondi, Maria José Dus Santos, Paula del Carmen Fernandez, Marianne Muñoz, Andrea Puebla, Guido König, Sofia Bengoa Luoni y Marco Cacciabue. Nodo de secuenciación de Córdoba: IPAVE-INTA-CIAP: Franco Fernández, Nathalie Marquez y Humberto Debat. Nodo de secuenciación del IDICaL (Instituto de Investigaciones en la Cadena Láctea) del INTACONICET de Rafaela (Provincia de Santa Fe): María Florencia Eberhardt; Cecilia Camussone; Matías Irazoqui; Ariel Amadío. Nodo de secuenciación Neuquén: Laboratorio Central de Neuquén (Ministerio de Salud) (Provincia de Neuquén): Melina Leonor Mazzeo; Luis Alfredo Pianciola; Ailen Fernández. Nodo de secuenciación Laboratorio Central de Córdoba (Ministerio de Salud, provincia de Córdoba): Gabriela Barbas; Gonzalo Castro. Instituto de Virología “Dr.J.M.Vanella” Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Córdoba (provincia de Córdoba): Viviana Ré, María Belen Pisano Nodo evolución: Carolina Torres, Laura Mojsiejczuk, Paula Aulicino, Guido König, Humberto Debat, Mariana Viegas. Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas: Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA): Alicia Mistchenko, Erica Grandis, María Cristina Alvarez López, María Elina Acevedo, Oscar Jacquez, Sofía Alexay, Mariángeles Barreda Fink, María Emilia Villegas, Raquel Barquez, Estela Chascón, Jorgelina Caruso, Karina Zacarías, Cristian Díaz, Oscar Luna, Cristian Turchiaro, Julián Cipelli, Guillermo Thomas, Carla Medina, Natalia Labarta. UFU Hospital Rivadavia (CABA): Andrea Lapeire, Mercedes Borghi, Daniela Naveira, Nelson Solari, María Inés Debas, Marta Ledesma, Larissa Cardoso, Silvia De La Torre, Claudia Brunetti, Juan Manuel Peyran Ponce, Alicia Acro, Marcela Balsarini. Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA): Marcia Pozzati, Jésica Galeano, Florencia Rodríguez, Florencia Funez, Andrea Fernández, Karina Polanski. Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner y Centro de Medicina Traslacional CEMET (Florencio Varela, provincia de Buenos Aires): Marilina Rahhal, Martin Zubieta. Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, PBA): María Belén Mónaco; Sebastián Gabriel Zunino; José Jaramillo Ortiz; Carla Antonella Massone; Leandro García; Flavia Noelia Minutto; Gabriela Elena Zunino; Belén Ubaldo; Elizabeth Joyce Maleplate; Anna Belén Calloni; Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires): María Inés Gismondi Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, BA): María José Dus Santos, Marina Mozgovoj, Marcela Pilloff, Adriana Fernández Souto, Natalia Calienni, Marisa Lorenzo, Angélica M Ramirez, David Ybarra, Pablo Raies, Juan Manuel Velazquez, Blanc Daiana Sofia, Cristina Belén Serrano, Daniela Vega, Sabrina Amalfi, Vanina Saraullo, Angel Arias, Camila Frydman, Luis Castillo, Valeria Marsal, Didier Garnham Mercedes, Boero Carolina Jazmín, Germán Albornoz. Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, UNNOBA (Junín, provincia de Buenos Aires): Carolina Cristina; Laura Alaniz; Virginia Pasquinelli; Laura Palumbo; InaSevic; Rodrigo Hernández del Pin; Fiorella Spinelli; Gianina Demarchi; Daiana Vitale; Antonella Icardi; Chiara Cassarini; Paolo Rosales; Sofia Perrone; Nadia Bonadeo; Sofia Valla; Agustina Chimento; Alejandro Moroni; Micaela Castro; Alejandra Fernández; Angela Barbero; Laureano Español; Lorenzo Morro; atalia Menite; Gastón Villafañe; Lucía Romano; María Gracia Balbi; Alejandra Brandone y Natalí Bagnis. Laboratorio de Virología del Hospital JJ Urquiza (Concepción del Uruguay, Entre Ríos): Manuel Arca, Agustina Bonnet, Florencia Rojas, Marlene Giraldes, Alejandra Lezica, Florencia Rojas, Jessica Carrocino, Luis Fick, Magalí Rolleri, Betiana Paucar, Florencia Garelli, Sabrina Cerutti, Fernando Gadea, Facundo Punzi, Francisco Arca, Anabella Gimenez, Florencia Rodríguez. Laboratorio Central (Santa Fe; provincia de Santa Fe): Carlos Pastor; Guillermo Ojeda; Gabriela Rompato; Viviana Mugna Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén): Luis Pianciola, Melina Mazzeo, Beatriz Carolina Pinto, María Cecilia Ziehm, María Ailén Fernández. Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Gabriela Barbás, Gonzalo Castro, Paola Sicilia y Laura López. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba: Viviana Ré, María Belén Pisano. COE COVID -Epidemiología, Ciudad de Buenos Aires: Paula Sujansky, Patricia Angeleri, Cristian Biscayart. Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde (CABA): Javier Indart, Jaqueline Rocovich, Luciana Montoto Piazza, Gretel Wenk, María Eugenia Martín, María Florencia Sanchez, Paulina Marchetti, Franco Morandi, Maria Laura Sueiro, Aldana Claps, Laura Bressan, Federico José Torres, Julián Chamorro, Julieta Gondolessi, Marisa Lorena Gómez, Belen Carolina Diaz, Daiana Rosales, Florencia Alegre, Natalia Zamora, Emilce osaba, Eugenia Paez.
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.
El presente reporte Nº 23 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar los linajes circulantes del SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 02/04/21 y el 19/05/21, se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike o de genoma completo en muestras de la CABA (n=115), de las provincias de Buenos Aires (133 del GBA, dos de AMBA sin origen definido y 24 de las Regiones Sanitarias III y X de la PBA), Entre Ríos (n=25), Neuquén (n=36), Santa Fe (n=24) y Córdoba (n=30). Se identificó la variante Alpha (B.1.1.7, Reino Unido) en 45 casos. De éstos, nueve corresponden a la CABA, 16 a GBA (cuatro de GBA Norte y 12 de GBA Oeste), cuatro al interior de la PBA y dos casos de AMBA sin origen definido. Además, nueve casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, un caso de la provincia de Neuquén y cuatro casos a la provincia de Santa Fe. Con la excepción del caso de Neuquén, los casos corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Se identificó la variante Gamma (P.1, Manaos) en un total de 181 casos. Cincuenta y un casos provienen de la CABA, 52 casos de GBA (nueve de GBA Norte, 17 de GBA Oeste y 26 de GBA Sur) y 12 del interior de la PBA). Además, 13 casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, 24 casos a la provincia de Neuquén, 14 casos a la provincia de Santa Fe y 13 casos a la provincia de Córdoba. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. En la provincia de Córdoba se detectaron dos casos en individuos con antecedente de viaje a Paraguay y Brasil. Se identifico la combinación de mutaciones compatibles con el linaje C.37 o “variante Andina” (S_L452Q, S_F490S y el cambio nucleotídico sinónimo c2169t) en un total de 127 casos. Cincuenta casos provienen de la CABA, 56 casos de GBA (cinco de GBA Norte, 19 de GBA Oeste y 32 de GBA Sur), cuatro del interior de la PBA. Además, dos casos correspondieron a la provincia de Entre Ríos, seis casos a la provincia de Neuquén y siete casos a la provincia de Córdoba. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros, con la excepción de dos casos de la provincia de Córdoba que presentaron antecedente de viaje a Méjico y República Dominicana. No se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante Beta (B.1.351, Sudáfrica) ni de la Delta (B.1.617.2, India). Es muy importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes Gamma (P.1, Manaos) y del linaje C.37 (Andina) y una estabilización en la frecuencia de la variante Alpha, (B.1.1.7, Reino Unido) en el AMBA durante las últimas semanas epidemiológicas en casos sin nexo epidemiológico con turismo al exterior. Así, en las SE16-19 la variante Gamma (P.1, Manaos) alcanzó frecuencias superiores al 35% en la CABA y al 27% en el GBA, y el linaje C.37 (Andina) presentó frecuencias superiores al 42% en la CABA y 32% en el GBA. En cuanto a la variante Alpha (B.1.1.7, Reino Unido), disminuyó su frecuencia a menos del 10% en la CABA y del 15% en el GBA. Asimismo, en ese período, menos del 6% (CABA) y del 5% (GBA) de los casos analizados pertenecieron a las otras variantes o presentaron mutaciones de interés. En conjunto, más del 95% del SARS-CoV-2 que circuló en el AMBA posee mutaciones en la región que codifica para la proteína Spike que lo diferencia de los virus que circularon en la primera ola. Hasta el momento, sobre un total de 2238 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más detectadas fueron el linaje C.37 (variante Andina) en 412 casos y la variante Gamma (P.1, Manaos) en 398 casos, especialmente en las últimas SE analizadas. El proyecto PAIS considera que el linaje C.37 (variante Andina) debería ser considerado al menos, VARIANTE DE INTERÉS REGIONAL, dado el incremento sostenido de su frecuencia de detección en la región del AMBA en las últimas semanas epidemiológicas como se ha observado también en países de la región como Perú y Chile.
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.