Higher-order chromatin organization defines Progesterone Receptor and PAX2 binding to regulate estradiol-primed endometrial cancer gene expression

Autores
la Greca, Alejandro Damián; Bellora, Nicolás; Le Dily, Francois; Jara, Rodrigo Agustin; Quilez Oliete, Javier; Villanueva, José Luis; Vidal, Enrique; Merino, Gabriela Alejandra; Fresno Rodríguez, Cristóbal; Tarifa Reischle, Inti Carlos; Vallejo, Griselda; Vicent, Guillermo P.; Fernandez, Elmer Andres; Beato, Miguel; Saragueta, Patricia Esther
Año de publicación
2020
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Estrogen (E2) and Progesterone (Pg), via their specific receptors (ER and PR respectively), are major determinants in the development and progression of endometrial malignancies. Here, we have studied how E2 and the synthetic progestin R5020 affect genomic functions in Ishikawa endometrial cancer cells. Using ChIPseq in cells exposed to the corresponding hormones, we identified cell specific binding sites for ER (ERbs) and PR (PRbs), which mostly correspond to independent sites but both adjacent to sites bound by PAX2. Analysis of long-range interactions by Hi-C showed enrichment of regions co-bound by PR and PAX2 inside TADs that contain differentially progestin-regulated genes. These regions, which we call “progestin control regions” (PgCRs), exhibit an open chromatin state prior to the exposure to the hormone. Our observations suggest that endometrial response to progestins in differentiated endometrial tumor cells results in part from binding of PR together with partner transcription factors to PgCRs, compartmentalizing hormone-independent open chromatin.
Fil: la Greca, Alejandro Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Bellora, Nicolás. Comision Nacional de Energia Atomica. Gerencia de Area de Aplicaciones de la Tecnologia Nuclear. Instituto de Tecnologias Nucleares Para la Salud.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universidad Bariloche. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente; Argentina
Fil: Le Dily, Francois. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Jara, Rodrigo Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Quilez Oliete, Javier. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Villanueva, José Luis. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Vidal, Enrique. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Merino, Gabriela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
Fil: Fresno Rodríguez, Cristóbal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
Fil: Tarifa Reischle, Inti Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Vallejo, Griselda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Vicent, Guillermo P.. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
Fil: Beato, Miguel. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Saragueta, Patricia Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Materia
Computational genomics
Steroid receptors
Gene regulation
Endometrial cancer
ChIP-seq
Hi-C
ATAC-seq
Progesterone receptor
Estrogen receptor
PAX2
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Using ChIPseq in cells exposed to the corresponding hormones, we identified cell specific binding sites for ER (ERbs) and PR (PRbs), which mostly correspond to independent sites but both adjacent to sites bound by PAX2. Analysis of long-range interactions by Hi-C showed enrichment of regions co-bound by PR and PAX2 inside TADs that contain differentially progestin-regulated genes. These regions, which we call “progestin control regions” (PgCRs), exhibit an open chromatin state prior to the exposure to the hormone. Our observations suggest that endometrial response to progestins in differentiated endometrial tumor cells results in part from binding of PR together with partner transcription factors to PgCRs, compartmentalizing hormone-independent open chromatin.Fil: la Greca, Alejandro Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Bellora, Nicolás. Comision Nacional de Energia Atomica. Gerencia de Area de Aplicaciones de la Tecnologia Nuclear. Instituto de Tecnologias Nucleares Para la Salud.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universidad Bariloche. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente; ArgentinaFil: Le Dily, Francois. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; EspañaFil: Jara, Rodrigo Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Quilez Oliete, Javier. Centro de Regulación Genómica; EspañaFil: Villanueva, José Luis. Centro de Regulación Genómica; EspañaFil: Vidal, Enrique. Centro de Regulación Genómica; EspañaFil: Merino, Gabriela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; ArgentinaFil: Fresno Rodríguez, Cristóbal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; ArgentinaFil: Tarifa Reischle, Inti Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Vallejo, Griselda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Vicent, Guillermo P.. Centro de Regulación Genómica; EspañaFil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; ArgentinaFil: Beato, Miguel. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; EspañaFil: Saragueta, Patricia Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. 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