La amplificación isotérmica mediada por bucle en el diagnóstico de la paratuberculosis bovina

Autores
Peralta, Luis María
Año de publicación
2025
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
tesis doctoral
Estado
versión aceptada
Colaborador/a o director/a de tesis
Travería, Gabriel Eduardo
Romano, María Isabel
Descripción
En este trabajo de tesis se evaluó un LAMP sobre muestras clínicas de materia fecal para el diagnóstico de la paratuberculosis bovina. Si bien se considera al LAMP como una prueba rápida, sencilla, de alta sensibilidad y especificidad, presenta algunos inconvenientes debido principalmente a la formación de dímeros y a posibles contaminaciones producto de la cantidad de ADN amplificado. Para superar los resultados inconsistentes en la prueba se trabajó con el diseño y uso de diferentes primers, el uso de aditivos y una Master Mix Warm Start Fluorescent con UDG y dUTP en un equipo de Real Time para evitar la apertura de los tubos y monitorear la formación de dímeros. Entre las alternativas evaluadas se encontraron un LAMP asimétrico (ASLAMP), el uso de betaína, una enzima como la helicasa y una variación en la concentración de los primers internos esencialmente BIP. La mejor performance se mostró con una concentración final de 1.2 µM de primer BIP. Se utilizaron secuencias específicas como IS900, ISMap02 e ISF57. Los mejores resultados se obtuvieron con la secuencia ISMap02, el análisis ROC mostró un AUC de 0,93% con un IC 95% (0,85-1%), la Se fue de 87% y la Sp del 100%. Sobre 44 muestras de materia fecal procesadas por LAMP ISMap02 y PCR/IS900 se obtuvieron 21 muestras positivas a ambas pruebas y 24 aislamientos positivos a Map evidenciando una asociación estadística significativa (p<0,05) y una concordancia muy buena (Kappa=0,83). Se realizó ELISAi en suero sobre las mismas muestras de las cuales resultaron 19 positivas a ELISAi y LAMP ISMap02 logró confirmar 18 de las mismas. LAMP mostró características operativas y predictivas como alternativa o complemento al cultivo para el diagnóstico de Map con una alta Se y Sp sin la necesidad de un termociclador y en un menor tiempo que la PCR convencional.
Doctor en Ciencias Veterinarias
Universidad Nacional de La Plata
Facultad de Ciencias Veterinarias
Materia
Ciencias Veterinarias
Paratuberculosis
LAMP
Micobacterias
PCR
Cultivo
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
Repositorio
SEDICI (UNLP)
Institución
Universidad Nacional de La Plata
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