Reporte N°14: Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en la Provincia de Córdoba. Actualización al 8/2/2021

• Autores: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Instituto De Investigación Patología Vegetal, Córdoba; Argentina; Estación Experimental Agropecuaria de Rafaela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central
• Año de publicación: 2021
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: documento de trabajo
• Materia: Covid 19; SARS-CoV-2; Linajes virales; Provincia de Córdoba; República Argentina; Proteína Spike; Vigilancia epidemiológica molecular; Análisis de secuencias; Marcadores genéticos
• Institución: Universidad Nacional de Córdoba

Participantes en este reporte: • Nodo de secuenciación de Córdoba del IPAVE-INTA-CIAP: Franco Fernández, Nathalie Marquez y Humberto Debat. • Nodo de secuenciación de EEA Rafaela-INTA-CONICET (Provincia de Santa Fe): Matías Irazoqui, Ariel Amadío. • Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas, epidemiología y secuenciación parcial Sanger: 1-Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Gabriela Barbás, Gonzalo Castro, Paola Sicilia y Laura López. 2-Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba: Viviana Ré y María Belén Pisano. • Nodo evolución: Carolina Torres, Débora Marcone, Laura Mojsiejczuk, María Dolores Blanco Fernandez, Humberto Debat, Mariana Viegas.
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Nodo de secuenciación de Córdoba. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Instituto De Investigación Patología Vegetal, Córdoba; Argentina.
Fil: Nodo de secuenciación de Estación Experimental Agropecuaria de Rafaela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Provincia de Santa Fe; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.
El presente reporte Nº 14 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Parte A: Se realizó la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2 a partir de 93 muestras de la provincia de Córdoba correspondientes al periodo comprendido entre abril de 2020 y enero de 2021. Las secuencias obtenidas fueron asignadas a 6 linajes: B.1.499 (48,4%), N.3 (39,8%), B.1 (3,2%), B.1.1.33 (4,3%), B.1.1.222 (3,2%) y B.1.2 (1,1%). Los linajes observados coinciden con los reportados previamente en Córdoba y otras regiones del país desde el inicio de la pandemia. Hasta el momento y con la estrategia de muestreo empleada, no se ha detectado en la provincia de Córdoba a las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V2 (Sudáfrica), 501Y.V3 (Manaos, Brasil) o P.2 (Río de Janeiro). Parte B: Se implementó la estrategia de secuenciación parcial de la región del genoma que codifica para la proteína Spike (S) a fin de comenzar desde el mes de febrero la vigilancia epidemiológica molecular activa de variantes de SARS-CoV-2 circulantes en la provincia de Córdoba. Hasta la fecha, se secuenció una muestra correspondiente a un viajero procedente de Brasil que no presentó las mutaciones características de ninguna de las variantes de interés. Para determinar la posible circulación de estas variantes en nuestro país, se requiere una vigilancia activa de las variantes genéticas del SARS-CoV-2, ya sea a través de la secuenciación del genoma completo, o mediante el análisis de secuencias parciales que incluyan marcadores genéticos de interés. Por lo tanto, el presente reporte corresponde al análisis de secuencias de muestras positivas para SARS-CoV-2 correspondientes a casos de la provincia de Córdoba. El mismo fue realizado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2, a través de los Nodos de Secuenciación de Córdoba del IPAVEINTA-CIAP, el Laboratorio Central y Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba, y el Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba (InViV).
Fil: Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina.
Fil: Nodo de secuenciación de Córdoba. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Instituto De Investigación Patología Vegetal, Córdoba; Argentina.
Fil: Nodo de secuenciación de Estación Experimental Agropecuaria de Rafaela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Provincia de Santa Fe; Argentina.
Fil: Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.
Fil: Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.