Estudio molecular a gran escala en pacientes con Hipoacusia hereditaria. Relación genotipo/fenotipo. Análisis funcional de las variante genéticas detectadas

• Autores: Buonfiglio, Paula Inés
• Año de publicación: 2022
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Giliberto, Florencia; Dalamón, Viviana Karina; Rivolta, Carina; Dain, Liliana; De Brasi, Carlos
• Materia: Hipoacusia; Genes; Variantes; Análisis in silico; Análisis in vivo; WES; Ciencias de la vida
• Institución: Universidad de Buenos Aires

Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Buenos Aires, Argentina
La hipoacusia es el desorden neurosensorial más común que afecta a aproximadamente\n460 millones de personas en el mundo. En más de la mitad de los casos la causa es genética\ny su prevalencia aumenta con la edad. La mayoría de los pacientes no evidencian ningún\notro síntoma asociado (forma no sindrómica, 70%) y presentan un tipo de herencia\nautosómica recesiva (80%). Los genes que se encuentran más frecuentemente alterados en\nindividuos con hipoacusia no sindrómica de herencia recesiva son GJB2 y GJB6, que en\nalgunas poblaciones alcanza el 30?50% del diagnóstico. No obstante, actualmente se\nconocen más de 120 genes que pueden relacionarse con el daño auditivo y el número\naumenta al incluir los genes relacionados con hipoacusia sindrómica. El advenimiento de\nlas técnicas de secuenciación masiva resulta fundamental para el abordaje de este gran\nnúmero de genes, pero conlleva un aumento en la complejidad de la interpretación de los\nresultados en el contexto de la clínica del paciente y la clasificación de las variantes. Es\nimportante señalar, que la detección temprana es fundamental, ya que el tratamiento\ninmediato tiene un impacto exponencial en el desarrollo de las distintas habilidades de la\naudición y el lenguaje. Además, conocer el origen de la lesión en el sistema auditivo\n(epitelio sensorial o neural) permite establecer qué terapias serán más efectivas para el\npaciente y predecir también cómo será la evolución y progresión de la pérdida auditiva. Es\npor ello, que entender las causas subyacentes de la hipoacusia hereditaria es el objetivo\nprincipal de este trabajo.\nEn el presente trabajo de tesis se llevó a cabo un abordaje integral y completo de los\npacientes con pérdida auditiva así como también un exhaustivo análisis de las variantes\ngenéticas implicadas en la misma.\nEl algoritmo molecular diagnóstico consistió primero, en evaluar un Panel genético\nInicial mediante PCR y secuenciación para los genes GJB2, GJB6, MT?RNR1 y la variante\np.Gln829* en el gen OTOF. Además, se incluyó el estudio de deleciones en el STRC para los\ncasos de hipoacusia leve?moderada, mediante la técnica de MLPA. El segundo paso,\nimplicó el estudio de todos los genes relacionados con la pérdida auditiva mediante\nSecuenciación Exómica Completa. Se estudiaron un total de 600 pacientes con hipoacusia\nno sindrómica para los primeros 5 genes incluidos en el Panel Inicial.\nSe identificaron 48 variantes de secuencia diferentes en los 1200 alelos estudiados de\ntoda la cohorte de 600 pacientes. Específicamente la tasa de diagnóstico fue del 15% en los\ncasos esporádicos y 36% en los casos familiares. El 5% de los pacientes presentaron\nalteraciones en el gen STRC. Por otra parte, estudiamos 37 pacientes (29 con hipoacusia no\nsindrómica y 8 con hipoacusia sindrómica) mediante el análisis del Exoma Completo,\ndiagnosticando al 45%. Cabe destacar, que dos pacientes que presentaban únicamente\npérdida auditiva al momento del estudio genético presentaron variantes genéticas\npatogénicas en genes que se encuentran relacionados con formas sindrómicas, lo que tuvo\nun importante impacto en el asesoramiento genético de los mismos.\nCuarenta y ocho variantes identificadas en los genes GJB2/GJB6 fueron curadas\nmanualmente siguiendo las recientes especificaciones publicadas por el panel de expertos\nen pérdida auditiva. En este punto, se reclasificaron el 59% de las variantes que ya se\nencontraban reportadas en ClinVar para GJB2. De igual modo, se procedió para las\nvariantes detectadas mediante Secuenciación Exómica Completa en otros genes, lo que\npermitió modificar la clasificación del 67% de las variantes reportadas. Las variantes que\nresultaron nóveles se reportaron por primera vez, siguiendo las mismas especificaciones.\nDe esta manera, se proveyó durante el proceso de este trabajo de tesis de un compilado de\nvariantes estrictamente curadas, de acceso público, para la comunidad médica y científica,\ncon una inmensa implicancia para el correcto asesoramiento genético y clínico para el\npaciente.\nOtro aspecto a remarcar de este trabajo, es el análisis in silico e in vivo de algunas\nvariantes missense que resultaron de relevancia. Se llevaron a cabo distintos modelados\nmoleculares que permitieron comprender el impacto de las alteraciones genéticas en las\nproteínas implicadas, lo que sumó evidencia sobre la patogenicidad de las variantes. Más\naún, los análisis en pez cebra permitieron validar funcionalmente la patogenicidad de una\nvariante novel, y sumando conocimiento básico sobre los mecanismos fisiopatológicos que\nsubyacen a la pérdida auditiva.
Doctora de la Universidad de Buenos Aires en Ciencias de la Salud