Cereal Circular RNAs (circRNAs): An Overview of the Computational Resources for Identification and Analysis

Autores
Vaschetto, Luis; Litholdo Jr., Celso Gaspar; Sendín, Lorena Noelia; Terenti Romero, Claudia Mabel; Filippone, Maria Paula
Año de publicación
2019
Idioma
inglés
Tipo de recurso
parte de libro
Estado
versión publicada
Descripción
Circular RNAs (circRNAs) are a widespread class of endogenous noncoding RNAs and they have been studied in the past few years, implying important biological functions in all kingdoms of life. Recently, circRNAs have been identified in many plant species, including cereal crops, showing differential expression during stress response and developmental programs, which suggests their role in these process. In the following years, it is expected that insights into the functional roles of circRNAs can be used by cereal scientists and molecular breeders with the aim to develop new strategies for crop improvement. Here, we briefly outline the current knowledge about circRNAs in plants and we also outline available computational resources for their validation and analysis in cereal species.
Los ARN circulares (circRNA) son una clase muy extendida de ARN no codificantes endógenos y se han estudiado en los últimos años, lo que implica importantes funciones biológicas en todos los reinos de la vida. Recientemente, se han identificado circRNAs en muchas especies de plantas, incluidos los cultivos de cereales, que muestran una expresión diferencial durante la respuesta al estrés y los programas de desarrollo, lo que sugiere su papel en estos procesos. En los años siguientes, se espera que los científicos de cereales y los mejoradores moleculares puedan utilizar los conocimientos sobre los roles funcionales de los circRNA con el objetivo de desarrollar nuevas estrategias para la mejora de cultivos. Aquí, describimos brevemente el conocimiento actual sobre circRNAs en plantas y también describimos los recursos computacionales disponibles para su validación y análisis en especies de cereales.
Estación Experimental Agropecuaria San Luis, INTA
Fil: Vaschetto, Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales; Argentina. South Dakota State University. Agronomy, Horticulture and Plant Science Department; Estados Unidos
Fil: Litholdo Jr, Celso Gaspar. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.
Fil: Sendín,Lorena Noelia.Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.
Fil: Terenti Romero, Claudia Mabel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria San Luis; Argentina
Fil: Filippone, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.
Fuente
Cereal Genomics: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology / editors: Luis M. Vaschetto. Berlin : Springer, 2019. p. 157-163
Materia
ARN
Cereales
Cultivos
Fitomejoramiento
RNA
Cereals
Crops
Plant Breeding
ARN Circular
Recursos Computacionales
Mejoramiento Molecular
Nivel de accesibilidad
acceso restringido
Condiciones de uso
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Los ARN circulares (circRNA) son una clase muy extendida de ARN no codificantes endógenos y se han estudiado en los últimos años, lo que implica importantes funciones biológicas en todos los reinos de la vida. Recientemente, se han identificado circRNAs en muchas especies de plantas, incluidos los cultivos de cereales, que muestran una expresión diferencial durante la respuesta al estrés y los programas de desarrollo, lo que sugiere su papel en estos procesos. En los años siguientes, se espera que los científicos de cereales y los mejoradores moleculares puedan utilizar los conocimientos sobre los roles funcionales de los circRNA con el objetivo de desarrollar nuevas estrategias para la mejora de cultivos. Aquí, describimos brevemente el conocimiento actual sobre circRNAs en plantas y también describimos los recursos computacionales disponibles para su validación y análisis en especies de cereales.
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Fil: Vaschetto, Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales; Argentina. South Dakota State University. Agronomy, Horticulture and Plant Science Department; Estados Unidos
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Fil: Terenti Romero, Claudia Mabel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria San Luis; Argentina
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description Circular RNAs (circRNAs) are a widespread class of endogenous noncoding RNAs and they have been studied in the past few years, implying important biological functions in all kingdoms of life. Recently, circRNAs have been identified in many plant species, including cereal crops, showing differential expression during stress response and developmental programs, which suggests their role in these process. In the following years, it is expected that insights into the functional roles of circRNAs can be used by cereal scientists and molecular breeders with the aim to develop new strategies for crop improvement. Here, we briefly outline the current knowledge about circRNAs in plants and we also outline available computational resources for their validation and analysis in cereal species.
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