Chromosome-scale genome assembly and annotation of Paspalum notatum Flüggé var. saurae

Autores
Vega, Juan Manuel; Podio, Maricel; Orjuela, Julie; Siena, Lorena Adelina; Pessino, Silvina Claudia; Combes, Marie Christine; Mariac, Cedric; Albertini, Emidio; Pupilli, Fulvio; Ortiz, Juan Pablo Amelio; Leblanc, Olivier
Año de publicación
2024
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Paspalum notatum Flüggé is an economically important subtropical fodder grass that is widely used in the Americas. Here, we report a new chromosome-scale genome assembly and annotation of a diploid biotype collected in the center of origin of the species. Using Oxford Nanopore long reads, we generated a 557.81 Mb genome assembly (N50 = 56.1 Mb) with high gene completeness (BUSCO = 98.73%). Genome annotation identified 320 Mb (57.86%) of repetitive elements and 45,074 gene models, of which 36,079 have a high level of confidence. Further characterisation included the identification of 59 miRNA precursors together with their putative targets. The present work provides a comprehensive genomic resource for P. notatum improvement and a reference frame for functional and evolutionary research within the genus.
Fil: Vega, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
Fil: Podio, Maricel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
Fil: Orjuela, Julie. Centre National de la Recherche Scientifique. Institut de Recherche pour le Développement; Francia
Fil: Siena, Lorena Adelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
Fil: Pessino, Silvina Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
Fil: Combes, Marie Christine. Centre National de la Recherche Scientifique. Institut de Recherche pour le Développement; Francia
Fil: Mariac, Cedric. Centre National de la Recherche Scientifique. Institut de Recherche pour le Développement; Francia
Fil: Albertini, Emidio. Universita Degli Studi Di Perugia. Department Of Agricultural, Food And Environmental Sciences;
Fil: Pupilli, Fulvio. Consiglio Nazionale delle Ricerche; Italia
Fil: Ortiz, Juan Pablo Amelio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
Fil: Leblanc, Olivier. Centre National de la Recherche Scientifique. Institut de Recherche pour le Développement; Francia
Materia
Paspalum notatum
Genome assembly
Genome annotation
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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