Caracterización de fragmentos génicos desconocidos que fueron asociados con la apomixis y/o la poliploidía en Paspalum notatum

• Autores: Ochogavía, Ana Claudia
• Año de publicación: 2011
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Pessino, Silvina Claudia
• Materia: Paspalum notatum; Apomixis; Genómica; Poliploidía
• Institución: Universidad Nacional de Rosario

La apomixis es una forma de reproducción asexual vía semillas frecuentemente asociada a la poliploidía. El objetivo de este trabajo fue inferir la función de 58 transcriptos desconocidos, que participan de los procesos de apomixis y/o poliploidización en Paspalum notatum. Utilizando amplificaciones rápidas de los extremos del cDNA se obtuvieron las secuencias completas de varios candidatos, que resultaron similares a elementos repetitivos portadores de segmentos génicos transduplicados o a precursores de miRNA de plantas. Para ambos tipos de secuencias se propuso un posible rol regulatorio, y se determinaron in silico los blancos putativos. Se eligieron secuencias representativas de cada uno de estos grupos, y se realizaron estudios experimentales para lograr una anotación funcional inequívoca. Para ello se analizó el número de copias genómicas, la posición en el genoma, la expresión cuantitativa durante el desarrollo reproductivo y la localización in situ de la actividad génica. También se realizaron análisis de display diferencial específicos para aislar retrotransposones con segmentos transduplicados relacionados y estudios de clivado específico de los blancos regulatorios de los miRNAs. Los resultados presentados en esta tesis aportan las primeras evidencias acerca del rol regulatorio que los retrotransposones y los miRNAs podrían estar desempeñando durante el desarrollo apomíctico.
Apomixis is an asexual mode of reproduction via seeds commonly associated with polyploidy. The objective of this research work was to ascribe a functional identity to 58 unknown transcripts related to apomixis and/or polyploidization in Paspalum notatum. We used rapid amplification of cDNA ends to obtain full sequences for several candidates, which resulted homologous to retrotransposons carrying transduplicated gene segments or plant miRNA precursors. For both sequence types a regulatory role was proposed, and the identities of the putative targets were determined in silico. Representative sequences were selected to carry out experiments in order to achieve positive functional annotation. We analyzed gene copy numbers, positions in the genome, quantitative expressions at different developmental stages, and in situ localization of gene activity. Specific differential display analysis were conducted to isolate related retroelements containing gene transduplicated segments. Specific clivage analysis of the miRNA putative targets was also performed. Results presented here provide evidence on the regulatory role that both retrotransposons and miRNAs could be performing in apomixis development.
Fil: Ochogavía, Ana Claudia. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
Fil: Ochogavía, Ana Claudia. CONICET; Argentina