Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils

Autores
Mondino, Eduardo; Covacevich, Fernanda; Studdert, Guillermo Alberto; Pimentel, João; Berbara, Ricardo L. L.
Año de publicación
2015
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
We examined four strategies (Tris/EDTA, sodium dodecyl sulfate, Chelex 100 resin and cetyltrimethylammonium bromide -CTAB-) for extracting nucleic acid (DNA) from communities of nematodes. Nematodes were isolated from an agricultural area under different management of long-term crop rotation experiment from Argentina during three seasons. After DNA extraction, Polymerase Chain Reaction-amplifications were performed and considered as indicators of successful DNA extraction. The CTAB combined with proteinase K and phenol-chloroform-isoamyl alcohol was the unique successful method because positive amplifications were obtained by using both eukaryotic and nematode specific primers. This work could contribute to biodiversity studies of nematodes on agroecosystems.
Foram examinadas quatro estratégias (Tris / EDTA, dodecilsulfato de sódio, resina Chelex 100 e brometo de cetiltrimetilamónio -CTAB-) para a extração de ácido nucleico (DNA) das comunidades de nematóides. Os nematóides foram isolados a partir de uma área agrícola sob manejo diferente num experimento de rotação de culturas de longo prazo, durante três temporadas na Argentina. Após a extração de DNA, a reação em cadeia da polimerase e amplificações foram realizadas e consideradas como indicadoras da extração de DNA com sucesso. O CTAB combinada com proteinase K e álcool fenol-clorofórmio-isoamílico foi o único método bem sucedido porque as amplificações positivas foram obtidas utilizando ambos os primers específicos para os eucariótas e nematóides. Este trabalho poderá contribuir para o estudo da biodiversidade de nematóides em agroecossistemas.
Fil: Mondino, Eduardo. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; Brasil
Fil: Covacevich, Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones En Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas; Argentina
Fil: Studdert, Guillermo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina
Fil: Pimentel, João. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Departamento de Entomologia e Fitopatologia. Instituto de Biologia; Brasil
Fil: Berbara, Ricardo L. L.. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; Brasil
Materia
soil nematofauna
nucleic acid nucleotid extraction
CTAB
Agroeconsystems
nematodes
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/22712
Acceder
id CONICETDig_b74087be3221430acf0ebb23d9cc8f9c
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/22712
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soilsMondino, EduardoCovacevich, FernandaStuddert, Guillermo AlbertoPimentel, JoãoBerbara, Ricardo L. L.soil nematofaunanucleic acid nucleotid extractionCTABAgroeconsystemsnematodeshttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1We examined four strategies (Tris/EDTA, sodium dodecyl sulfate, Chelex 100 resin and cetyltrimethylammonium bromide -CTAB-) for extracting nucleic acid (DNA) from communities of nematodes. Nematodes were isolated from an agricultural area under different management of long-term crop rotation experiment from Argentina during three seasons. After DNA extraction, Polymerase Chain Reaction-amplifications were performed and considered as indicators of successful DNA extraction. The CTAB combined with proteinase K and phenol-chloroform-isoamyl alcohol was the unique successful method because positive amplifications were obtained by using both eukaryotic and nematode specific primers. This work could contribute to biodiversity studies of nematodes on agroecosystems.Foram examinadas quatro estratégias (Tris / EDTA, dodecilsulfato de sódio, resina Chelex 100 e brometo de cetiltrimetilamónio -CTAB-) para a extração de ácido nucleico (DNA) das comunidades de nematóides. Os nematóides foram isolados a partir de uma área agrícola sob manejo diferente num experimento de rotação de culturas de longo prazo, durante três temporadas na Argentina. Após a extração de DNA, a reação em cadeia da polimerase e amplificações foram realizadas e consideradas como indicadoras da extração de DNA com sucesso. O CTAB combinada com proteinase K e álcool fenol-clorofórmio-isoamílico foi o único método bem sucedido porque as amplificações positivas foram obtidas utilizando ambos os primers específicos para os eucariótas e nematóides. Este trabalho poderá contribuir para o estudo da biodiversidade de nematóides em agroecossistemas.Fil: Mondino, Eduardo. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; BrasilFil: Covacevich, Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones En Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas; ArgentinaFil: Studdert, Guillermo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; ArgentinaFil: Pimentel, João. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Departamento de Entomologia e Fitopatologia. Instituto de Biologia; BrasilFil: Berbara, Ricardo L. L.. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; BrasilAcademia Brasileira de Ciencias2015-06info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/22712Mondino, Eduardo; Covacevich, Fernanda; Studdert, Guillermo Alberto; Pimentel, João; Berbara, Ricardo L. L.; Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils; Academia Brasileira de Ciencias; Anais da Academia Brasileira de Ciencias; 87; 2; 6-2015; 691-6970001-37651678-2690CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/g9jzv3Argentina, Región Pampeanainfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-29T10:43:01Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/22712instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 10:43:02.189CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
title Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
spellingShingle Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
Mondino, Eduardo
soil nematofauna
nucleic acid nucleotid extraction
CTAB
Agroeconsystems
nematodes
title_short Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
title_full Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
title_fullStr Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
title_full_unstemmed Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
title_sort Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils
dc.creator.none.fl_str_mv Mondino, Eduardo
Covacevich, Fernanda
Studdert, Guillermo Alberto
Pimentel, João
Berbara, Ricardo L. L.
author Mondino, Eduardo
author_facet Mondino, Eduardo
Covacevich, Fernanda
Studdert, Guillermo Alberto
Pimentel, João
Berbara, Ricardo L. L.
author_role author
author2 Covacevich, Fernanda
Studdert, Guillermo Alberto
Pimentel, João
Berbara, Ricardo L. L.
author2_role author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv soil nematofauna
nucleic acid nucleotid extraction
CTAB
Agroeconsystems
nematodes
topic soil nematofauna
nucleic acid nucleotid extraction
CTAB
Agroeconsystems
nematodes
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv We examined four strategies (Tris/EDTA, sodium dodecyl sulfate, Chelex 100 resin and cetyltrimethylammonium bromide -CTAB-) for extracting nucleic acid (DNA) from communities of nematodes. Nematodes were isolated from an agricultural area under different management of long-term crop rotation experiment from Argentina during three seasons. After DNA extraction, Polymerase Chain Reaction-amplifications were performed and considered as indicators of successful DNA extraction. The CTAB combined with proteinase K and phenol-chloroform-isoamyl alcohol was the unique successful method because positive amplifications were obtained by using both eukaryotic and nematode specific primers. This work could contribute to biodiversity studies of nematodes on agroecosystems.
Foram examinadas quatro estratégias (Tris / EDTA, dodecilsulfato de sódio, resina Chelex 100 e brometo de cetiltrimetilamónio -CTAB-) para a extração de ácido nucleico (DNA) das comunidades de nematóides. Os nematóides foram isolados a partir de uma área agrícola sob manejo diferente num experimento de rotação de culturas de longo prazo, durante três temporadas na Argentina. Após a extração de DNA, a reação em cadeia da polimerase e amplificações foram realizadas e consideradas como indicadoras da extração de DNA com sucesso. O CTAB combinada com proteinase K e álcool fenol-clorofórmio-isoamílico foi o único método bem sucedido porque as amplificações positivas foram obtidas utilizando ambos os primers específicos para os eucariótas e nematóides. Este trabalho poderá contribuir para o estudo da biodiversidade de nematóides em agroecossistemas.
Fil: Mondino, Eduardo. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; Brasil
Fil: Covacevich, Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones En Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas; Argentina
Fil: Studdert, Guillermo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina
Fil: Pimentel, João. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Departamento de Entomologia e Fitopatologia. Instituto de Biologia; Brasil
Fil: Berbara, Ricardo L. L.. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Instituto de Agronomía; Brasil
description We examined four strategies (Tris/EDTA, sodium dodecyl sulfate, Chelex 100 resin and cetyltrimethylammonium bromide -CTAB-) for extracting nucleic acid (DNA) from communities of nematodes. Nematodes were isolated from an agricultural area under different management of long-term crop rotation experiment from Argentina during three seasons. After DNA extraction, Polymerase Chain Reaction-amplifications were performed and considered as indicators of successful DNA extraction. The CTAB combined with proteinase K and phenol-chloroform-isoamyl alcohol was the unique successful method because positive amplifications were obtained by using both eukaryotic and nematode specific primers. This work could contribute to biodiversity studies of nematodes on agroecosystems.
publishDate 2015
dc.date.none.fl_str_mv 2015-06
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/22712
Mondino, Eduardo; Covacevich, Fernanda; Studdert, Guillermo Alberto; Pimentel, João; Berbara, Ricardo L. L.; Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils; Academia Brasileira de Ciencias; Anais da Academia Brasileira de Ciencias; 87; 2; 6-2015; 691-697
0001-3765
1678-2690
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/22712
identifier_str_mv Mondino, Eduardo; Covacevich, Fernanda; Studdert, Guillermo Alberto; Pimentel, João; Berbara, Ricardo L. L.; Extracting DNA of nematodes communities from Argentine Pampas agricultural soils; Academia Brasileira de Ciencias; Anais da Academia Brasileira de Ciencias; 87; 2; 6-2015; 691-697
0001-3765
1678-2690
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/g9jzv3
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv Argentina, Región Pampeana
dc.publisher.none.fl_str_mv Academia Brasileira de Ciencias
publisher.none.fl_str_mv Academia Brasileira de Ciencias
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844614464466321408
score 13.070432

Publicaciones similares