A genomic catalog of Earth’s microbiomes

• Autores: Nayfach, Stephen; Roux, Simon; Seshadri, Rekha; Udwary, Daniel; Varghese, Neha; Schulz, Frederik; Wu, Dongying; Paez-Espino, David; Chen, I-Min; Huntemann, Marcel; Palaniappan, Krishna; Ladau, Joshua; Mukherjee, Supratim; Reddy, T.B.K.; Nielsen, Torben; Kirton, Edward; Faria, José P.; Edirisinghe, Janaka N.; Henry, Christopher S.; Jungbluth, Sean P.; Chivian, Dylan; Dehal, Paramvir; Wood-Charlson, Elisha M.; Arkin, Adam P.; Tringe, Susannah G.; Visel, Axel; Abreu, Helena; Acinas, Silvia G.; Allen, Eric; Allen, Michelle A.; Andersen, Gary; Anesio, Alexandre M.; Attwood, Graeme; Avila-Magaña, Viridiana; Badis, Yacine; Bailey, Jake; Baker, Brett; Baldrian, Petr; Barton, Hazel A.; Woyke,Tanja; Mouncey, Nigel J.; Ivanova, Natalia N.; Kyrpides, Nikos C.; Eloe-Fadrosh, Emiley A.; Mac Cormack, Walter Patricio; Dionisi, Hebe Monica; Lozada, Mariana
• Año de publicación: 2020
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: MICROBIAL DIVERSITY; GENOMICS; MAGS; EARTH MICROBIOME PROJECT
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

The reconstruction of bacterial and archaeal genomes from shotgun metagenomes has enabled insights into the ecology and evolution of environmental and host-associated microbiomes. Here we applied this approach to >10,000 metagenomes collected from diverse habitats covering all of Earth?s continents and oceans, including metagenomes from human and animal hosts, engineered environments, and natural and agricultural soils, to capture extant microbial, metabolic and functional potential. This comprehensive catalog includes 52,515 metagenome-assembled genomes representing 12,556 novel candidate species-level operational taxonomic units spanning 135 phyla. The catalog expands the known phylogenetic diversity of bacteria and archaea by 44% and is broadly available for streamlined comparative analyses, interactive exploration, metabolic modeling and bulk download. We demonstrate the utility of this collection for understanding secondary-metabolite biosynthetic potential and for resolving thousands of new host linkages to uncultivated viruses. This resource underscores the value of genome-centric approaches for revealing genomic properties of uncultivated microorganisms that affect ecosystem processes.
Fil: Nayfach, Stephen. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Roux, Simon. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Seshadri, Rekha. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Udwary, Daniel. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Varghese, Neha. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Schulz, Frederik. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Wu, Dongying. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Paez-Espino, David. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Chen, I-Min. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Huntemann, Marcel. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Palaniappan, Krishna. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Ladau, Joshua. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Mukherjee, Supratim. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Reddy, T.B.K.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Nielsen, Torben. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Kirton, Edward. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Faria, José P.. Argonne National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Edirisinghe, Janaka N.. Argonne National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Henry, Christopher S.. Argonne National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Jungbluth, Sean P.. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Chivian, Dylan. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Dehal, Paramvir. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Wood-Charlson, Elisha M.. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Arkin, Adam P.. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Tringe, Susannah G.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Visel, Axel. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Abreu, Helena. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Acinas, Silvia G.. Algaplus; Portugal
Fil: Allen, Eric. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Instituto de Ciencias del Mar; España
Fil: Allen, Michelle A.. University of California. Scripps Institution Of Oceanography; Estados Unidos
Fil: Andersen, Gary. Unsw Sydney; Australia
Fil: Anesio, Alexandre M.. Lawrence Berkeley National Laboratory; Estados Unidos
Fil: Attwood, Graeme. University Aarhus; Dinamarca
Fil: Avila-Magaña, Viridiana. Agresearch Grasslands Research Centre; Nueva Zelanda
Fil: Badis, Yacine. Pennsylvania State University; Estados Unidos
Fil: Bailey, Jake. The Scottish Association For Marine Science; Reino Unido
Fil: Baker, Brett. University of Minnesota; Estados Unidos
Fil: Baldrian, Petr. University of Texas at Austin; Estados Unidos
Fil: Barton, Hazel A.. University of Akron; Estados Unidos
Fil: Woyke,Tanja. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Mouncey, Nigel J.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Ivanova, Natalia N.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Kyrpides, Nikos C.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Eloe-Fadrosh, Emiley A.. DOE Joint Genome Institute; Estados Unidos
Fil: Mac Cormack, Walter Patricio. Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio Interno y Culto. Dirección Nacional del Antártico. Instituto Antártico Argentino; Argentina
Fil: Dionisi, Hebe Monica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina
Fil: Lozada, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto de Biología de Organismos Marinos; Argentina