GeRNet: A Gene Regulatory Network Tool

Autores
Dussaut, Julieta Sol; Gallo, Cristian Andrés; Cravero, Fiorella; Martínez, María Jimena; Carballido, Jessica Andrea; Ponzoni, Ignacio
Año de publicación
2017
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Gene regulatory networks (GRNs) are crucial in every process of life since they govern the majority of the molecular processes. Therefore, the task of assembling these networks is highly important. In particular, the so called model-free ap-proaches have an advantage modeling the complexities of dynamic molecular networks, since most of the gene networks are hard to be mapped with accuracy by any other mathematical model. A highly abstract model-free approach, called rule-based approach, offers several advantages performing data-driven analysis; such as the requirement of the least amount of data. They also have an important ability to perform inferences: its simplicity allows the inference of large size mod-els with a higher speed of analysis. However, regarding these techniques, the re-construction of the relational structure of the network is partial, hence incomplete, for an effective biological analysis. This situation motivated us to explore the possibility of hybridizing with other approaches, such as biclustering techniques. This led to incorporate a biclustering tool that finds new relations between these nodes of the GRN. In this work we present a new software, called GeRNeT that integrates the algorithms of GRNCOP2 and BiHEA along a set of tools for interactive visualization, statistical analysis and ontological enrichment of the resulting GRNs. In this regard, results associated with Alzheimer disease datasets are pre-sented that show the usefulness of integrating both bioinformatics tools.
Fil: Dussaut, Julieta Sol. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Gallo, Cristian Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Cravero, Fiorella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Planta Piloto de Ingeniería Química. Universidad Nacional del Sur. Planta Piloto de Ingeniería Química; Argentina
Fil: Martínez, María Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Carballido, Jessica Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Ponzoni, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Materia
GENE REGULATORY NETWORKS
ANALYSIS TOOLBOX
ALZHEIMER DISEASE
BICLUSTERING
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Acceder
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They also have an important ability to perform inferences: its simplicity allows the inference of large size mod-els with a higher speed of analysis. However, regarding these techniques, the re-construction of the relational structure of the network is partial, hence incomplete, for an effective biological analysis. This situation motivated us to explore the possibility of hybridizing with other approaches, such as biclustering techniques. This led to incorporate a biclustering tool that finds new relations between these nodes of the GRN. In this work we present a new software, called GeRNeT that integrates the algorithms of GRNCOP2 and BiHEA along a set of tools for interactive visualization, statistical analysis and ontological enrichment of the resulting GRNs. In this regard, results associated with Alzheimer disease datasets are pre-sented that show the usefulness of integrating both bioinformatics tools.Fil: Dussaut, Julieta Sol. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; ArgentinaFil: Gallo, Cristian Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; ArgentinaFil: Cravero, Fiorella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Planta Piloto de Ingeniería Química. Universidad Nacional del Sur. Planta Piloto de Ingeniería Química; ArgentinaFil: Martínez, María Jimena. 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Fil: Dussaut, Julieta Sol. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Gallo, Cristian Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
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