Primera secuencia genómica completa de un aislamiento de Cowpea mild mottle virus en chía
- Autores
- Luciani, Cecilia Elizabeth; Brugo Carivali, Maria Florencia; Perotto, Maria Cecilia; Pozzi, Elizabeth Alicia; Conci, Vilma Cecilia; Celli, Marcos Giovani
- Año de publicación
- 2021
- Idioma
- español castellano
- Tipo de recurso
- documento de conferencia
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- CPMMV es un miembro del género Carlavirus conocido por infectar plantas de la familia Fabaceae, Solanaceae y, más recientemente, chía (Salvia hispanica) de la familia Lamiaceae, causando pérdidas de rendimiento. El objetivo del estudio fue la obtención del genoma completo de un aislamiento de CPMMV de chía para estudios filogenéticos. Para ello, plantas de chía con enanismo, deformación y/o clorosis en las hojas fueron recogidas de campos de producción de Argentina y analizadas para detectar la presencia de CPMMV. La detección de CPMMV se realizó por DAS-ELISA utilizando suero anti-CPMMV (BIOREBA SRL Latin America). Se extrajo el RNA de una planta y se secuenció en Illumina HiSeq 1500. Utilizando las herramientas “ORF Finder” y BLAST, se identificó un contig de 8180 nucleótidos (nt) que correspondió al genoma completo de CPMMV. Se identificaron los 6 marcos de lectura, típica organización genómica de los Carlavirus. La identidad de nt del genoma completo fue de 92,71 a 98,84% con otros 11 CPMMV publicados en GenBank. Utilizando el programa MEGA 6.06 se construyeron dos árboles filogenéticos con los CPMMV publicados. El árbol resultante de los 12 genomas completos mostró que el aislamiento de chía se agrupó con 2 aislamientos de Brasil. El árbol de la región 3’UTR (ORF 2 al extremo 3’) a partir de 18 secuencias mostró que el aislamiento de chía se agrupó con los descriptos como causantes de síntomas severos en soja en Brasil. El presente trabajo reporta, por primera vez, el genoma completo de un aislamiento de Cowpea mild mottle virus de Argentina.
Fil: Luciani, Cecilia Elizabeth. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina
Fil: Brugo Carivali, Maria Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Perotto, Maria Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Pozzi, Elizabeth Alicia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina
Fil: Conci, Vilma Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Celli, Marcos Giovani. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
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Se extrajo el RNA de una planta y se secuenció en Illumina HiSeq 1500. Utilizando las herramientas “ORF Finder” y BLAST, se identificó un contig de 8180 nucleótidos (nt) que correspondió al genoma completo de CPMMV. Se identificaron los 6 marcos de lectura, típica organización genómica de los Carlavirus. La identidad de nt del genoma completo fue de 92,71 a 98,84% con otros 11 CPMMV publicados en GenBank. Utilizando el programa MEGA 6.06 se construyeron dos árboles filogenéticos con los CPMMV publicados. El árbol resultante de los 12 genomas completos mostró que el aislamiento de chía se agrupó con 2 aislamientos de Brasil. El árbol de la región 3’UTR (ORF 2 al extremo 3’) a partir de 18 secuencias mostró que el aislamiento de chía se agrupó con los descriptos como causantes de síntomas severos en soja en Brasil. El presente trabajo reporta, por primera vez, el genoma completo de un aislamiento de Cowpea mild mottle virus de Argentina.Fil: Luciani, Cecilia Elizabeth. 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