Sea urchin pigments as potential therapeutic agents against the spike protein of SARS-CoV-2 based on in silico analysis

Autores
Barbieri, Elena Susana; Rubilar Panasiuk, Cynthia Tamara; Gázquez, Ayelén; Avaro, Marisa; Seiler, Erina Noé; Vera Piombo, Mercedes; Gittardi Calderón, Agustín Adolfo; Chaar, Florencia; Fernandez, Jimena Pía; Sepúlveda, Lucas Roberto
Año de publicación
2020
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Several studies have been published regarding the interaction between the spike protein of the novel coronavirus SARS-CoV-2 and ACE2 receptor in the host cells. In the presente work, we evaluated the in silico properties of two sea urchin pigments, Echinochrome A (EchA) and Spinochromes (SpinA) against the Spike protein (S) towards finding a potential therapeutic drug against the disease caused by the novel coronavirus (COVID-19). The best ensemble docking pose of EchaA and SpinA showed a binding affinity of -5.9 and -6.7 kcal mol-1, respectively. The linked aminoacids (T505, G496 and Y449 for EchA and Y449, Q493 and G496 for SpinA) are in positions involved in ACE2 binding in both RBDs frim SARS-CoV and SARS-CoV-2 suggesting that EchA and SpinA may interact with Spike proteins drom both viruses. The results suggest that these pigments could act as inhibitors of S protein, pointing them as antiviral drugs for SARS-CoV-2.
Fil: Barbieri, Elena Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Rubilar Panasiuk, Cynthia Tamara. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina
Fil: Gázquez, Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentina
Fil: Avaro, Marisa. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Seiler, Erina Noé. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Vera Piombo, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Gittardi Calderón, Agustín Adolfo. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Chaar, Florencia. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina
Fil: Fernandez, Jimena Pía. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina
Fil: Sepúlveda, Lucas Roberto. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina
Materia
2019 PANDEMIC
1,4-naphtoquinones polihydroxilate
Echinochrome A
Spinochromes
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COVID-19
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
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Institución
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The best ensemble docking pose of EchaA and SpinA showed a binding affinity of -5.9 and -6.7 kcal mol-1, respectively. The linked aminoacids (T505, G496 and Y449 for EchA and Y449, Q493 and G496 for SpinA) are in positions involved in ACE2 binding in both RBDs frim SARS-CoV and SARS-CoV-2 suggesting that EchA and SpinA may interact with Spike proteins drom both viruses. The results suggest that these pigments could act as inhibitors of S protein, pointing them as antiviral drugs for SARS-CoV-2.Fil: Barbieri, Elena Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Puerto Madryn. Instituto Patagónico del Mar; ArgentinaFil: Rubilar Panasiuk, Cynthia Tamara. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". 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