RepeatsDB in 2021: Improved data and extended classification for protein tandem repeat structures
- Autores
- Paladin, Lisanna; Bevilacqua, Martina; Errigo, Sara; Piovesan, Damiano; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Monzon, Alexander Miguel; Fabre, Maria Laura; López, José Luis; Nilsson, Juliet Fernanda; Ríos, Javier Sebastián; Lorenzano Menna, Pablo; Cabrera, Maia Diana Eliana; González Buitrón, Martín; Gonçalves Kulik, Mariane; Fernández Alberti, Sebastián; Fornasari, Maria Silvina; Parisi, Gustavo Daniel; Lagares, Antonio; Hirsh, Layla; Andrade Navarro, Miguel A.; Kajava, Andrey V; Tosatto, Silvio C E
- Año de publicación
- 2021
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- The RepeatsDB database (URL: https://repeatsdb.org/) provides annotations and classification for protein tandem repeat structures from the Protein Data Bank (PDB). Protein tandem repeats are ubiquitous in all branches of the tree of life. The accumulation of solved repeat structures provides new possibilities for classification and detection, but also increasing the need for annotation. Here we present RepeatsDB 3.0, which addresses these challenges and presents an extended classification scheme. The major conceptual change compared to the previous version is the hierarchical classification combining top levels based solely on structural similarity (Class > Topology > Fold) with two new levels (Clan > Family) requiring sequence similarity and describing repeat motifs in collaboration with Pfam. Data growth has been addressed with improved mechanisms for browsing the classification hierarchy. A new UniProt-centric view unifies the increasingly frequent annotation of structures from identical or similar sequences. This update of RepeatsDB aligns with our commitment to develop a resource that extracts, organizes and distributes specialized information on tandem repeat protein structures.
Fil: Paladin, Lisanna. Università di Padova; Italia
Fil: Bevilacqua, Martina. Università di Padova; Italia
Fil: Errigo, Sara. Università di Padova; Italia
Fil: Piovesan, Damiano. Università di Padova; Italia
Fil: Mičetić, Ivan. Università di Padova; Italia
Fil: Necci, Marco. Università di Padova; Italia
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia
Fil: Fabre, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
Fil: López, José Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
Fil: Nilsson, Juliet Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
Fil: Ríos, Javier Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Lorenzano Menna, Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Cabrera, Maia Diana Eliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: González Buitrón, Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Gonçalves Kulik, Mariane. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
Fil: Fernández Alberti, Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Fornasari, Maria Silvina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
Fil: Lagares, Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
Fil: Hirsh, Layla. Pontificia Universidad Católica de Perú; Perú
Fil: Andrade Navarro, Miguel A.. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
Fil: Kajava, Andrey V. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Tosatto, Silvio C E. Università di Padova; Italia - Materia
-
REPETITIVAS
DISORDER
EVOLUCION
Database - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
- https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
- Repositorio
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RepeatsDB in 2021: Improved data and extended classification for protein tandem repeat structuresPaladin, LisannaBevilacqua, MartinaErrigo, SaraPiovesan, DamianoMičetić, IvanNecci, MarcoMonzon, Alexander MiguelFabre, Maria LauraLópez, José LuisNilsson, Juliet FernandaRíos, Javier SebastiánLorenzano Menna, PabloCabrera, Maia Diana ElianaGonzález Buitrón, MartínGonçalves Kulik, MarianeFernández Alberti, SebastiánFornasari, Maria SilvinaParisi, Gustavo DanielLagares, AntonioHirsh, LaylaAndrade Navarro, Miguel A.Kajava, Andrey VTosatto, Silvio C EREPETITIVASDISORDEREVOLUCIONDatabasehttps://purl.org/becyt/ford/1.7https://purl.org/becyt/ford/1The RepeatsDB database (URL: https://repeatsdb.org/) provides annotations and classification for protein tandem repeat structures from the Protein Data Bank (PDB). Protein tandem repeats are ubiquitous in all branches of the tree of life. The accumulation of solved repeat structures provides new possibilities for classification and detection, but also increasing the need for annotation. Here we present RepeatsDB 3.0, which addresses these challenges and presents an extended classification scheme. The major conceptual change compared to the previous version is the hierarchical classification combining top levels based solely on structural similarity (Class > Topology > Fold) with two new levels (Clan > Family) requiring sequence similarity and describing repeat motifs in collaboration with Pfam. Data growth has been addressed with improved mechanisms for browsing the classification hierarchy. A new UniProt-centric view unifies the increasingly frequent annotation of structures from identical or similar sequences. This update of RepeatsDB aligns with our commitment to develop a resource that extracts, organizes and distributes specialized information on tandem repeat protein structures.Fil: Paladin, Lisanna. Università di Padova; ItaliaFil: Bevilacqua, Martina. Università di Padova; ItaliaFil: Errigo, Sara. Università di Padova; ItaliaFil: Piovesan, Damiano. Università di Padova; ItaliaFil: Mičetić, Ivan. Università di Padova; ItaliaFil: Necci, Marco. Università di Padova; ItaliaFil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; ItaliaFil: Fabre, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; ArgentinaFil: López, José Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. 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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas; ArgentinaFil: Hirsh, Layla. Pontificia Universidad Católica de Perú; PerúFil: Andrade Navarro, Miguel A.. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; AlemaniaFil: Kajava, Andrey V. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Tosatto, Silvio C E. 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