Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos

Autores
Machado, Rodrigo; Moschen, Sebastián; Gónzalez, Sergio Alberto; Conti, Gabriela; Massaro, Mora; Di Rienzo, Julio Alejandro; Burdyn, Lourdes; Hopp, Horacio Esteban; Fernández, Paula
Año de publicación
2021
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. A la hora de procesar los datos, a partir del nombre del gen o secuencia puede obtenerse, por ejemplo, la descripción de la proteína, los términos GO, vías de Uniprot, así como resúmenes sobre las categorías funcionales. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT.
Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa
Materia
Ciencias Informáticas
Raspado web
Transcriptómica
Metadata
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/
Repositorio
SEDICI (UNLP)
Institución
Universidad Nacional de La Plata
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