Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos

Autores
Machado, Rodrigo; Moschen, Sebastian Nicolas; Gonzalez, Sergio Alberto; Conti, Gabriela; Massaro, Mora; Di Rienzo, Julio Alejandro; Burdyn, Lourdes; Hopp, Horacio Esteban; Fernandez, Paula Del Carmen
Año de publicación
2021
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 (Naranjas afectadas con HLB) y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT.
EEA Concordia
Fil: Machado, Rodrigo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concordia; Argentina.
Fil: Moschen, Sebastian Nicolas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; Argentina.
Fil: Gonzalez, Sergio Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Gonzalez, Sergio Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Conti, Gabriela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Conti, Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Massaro, Mora. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Biología y medicina experimental; Argentina
Fil: Massaro, Mora. Universidad de Buenos Aires (UBA). Instituto de Biología y medicina experimental; Argentina
Fil: Di Renzo, Julio Alejandro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina
Fil: Burdyn, Lourdes. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concordia; Argentina.
Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Hopp; Horacio Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fuente
50 Jornadas Argentinas de Informática (50 JAIIO) , Congreso de AgroInformática (CAI 2021), Modalidad Virtual, 18 al 29 de octubre de 2021
50° Jornadas Argentinas de Informática (50 JAIIO) y 13°Congreso de AgroInformática (CAI 2021), Modalidad Virtual, 18 al 29 de octubre de 2021
Materia
Metadatos
Transcriptómica
Bioinformática
Metadata
Transcriptomics
Bioinformatics
Raspado web
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Fil: Machado, Rodrigo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concordia; Argentina.
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