Estudio de la diversidad de secuencias del ADN minicircular de Trypanosoma cruzi: búsqueda de blancos moleculares para el diagnóstico específico de linajes y genotipos

• Autores: Rusman, Fanny
• Año de publicación: 2023
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Diosque, Patricio; Tomasini, Nicolás
• Materia: Enfermedad de Chagas; mHVRs; Patología Experimental; Argentina
• Institución: Universidad Nacional de Córdoba

Fil: Rusman, Fanny. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
El estudio de la diversidad de Trypanosoma cruzi, el agente causal de la enfermedad de Chagas es de suma importancia para la comprensión de la misma, sus manifestaciones clínicas y su epidemiología. Actualmente, T. cruzi se clasifica en siete linajes principales (TcI-TcVI y Tcbat). Sin embargo, la relación entre la diversidad genética intraespecífica y la variedad de características clínicas/epidemiológicas no se ha esclarecido, principalmente debido a la baja sensibilidad para la tipificación directa en muestras biológicas en los estudios epidemiológicos. Por ello, el uso de blancos moleculares de muchas copias en el genoma del parásito podría mejorar los límites de detección que tienen las técnicas actuales. Un candidato promisorio es la región hipervariable de los minicírculos (mHVRs) del ADN kinetoplastídico. Esta región tiene cerca de 120.000 copias por genoma, pero el problema está en la alta diversidad de secuencias diferentes dentro de un parásito. Por ello, no está claro si las mHVRs contienen secuencias específicas de linajes en copias suficientes para ser utilizadas como marcadores genéticos para el diagnóstico y la tipificación simultánea. Para ello, se amplificaron por PCR y se secuenciaron en profundidad (millones de lecturas) las mHVRs de nueve cepas de los seis linajes principales. Esto permitió, conocer en detalle la abundancia y diversidad de las mHVRs. Además, el agrupamiento de las mHVRs (clústeres por similitud de secuencia) soportó la clasificación basada en linajes y permitió dilucidar parte de la historia evolutiva de los linajes híbridos TcV y TcVI. En una segunda instancia se secuenciaron y analizaron mHVRs de un panel de 62 cepas pertenecientes a los seis linajes principales. Se observó que los clústeres de mHVRs eran mayoritariamente específicos de linaje, lo que permitió generar dos conjuntos de secuencias de mHVRs de referencia. Estos conjuntos representativos de la diversidad de cada cepa fueron evaluados in silico en cuanto a su sensibilidad y especificidad para tipificar por secuenciación masiva de amplicones. Por último, debido a que las mHVRs codifican ARN guías (ARNg) implicados en la edición postranscripcional de los mensajeros mitocondriales, se realizó la búsqueda bioinformática de tales secuencias. Se identificaron más de 1.300 clases de ARNg (la mayoría específicas de linaje) y se observó que no todas las mHVRs codifican ARNg. Además, se reconstruyeron cascadas de edición completas para genes esenciales de la cadena respiratoria, pero no así para subunidades del complejo I que pudieran estar ausentes. En conclusión, los resultados de esta tesis son de importancia no solo para el desarrollo de técnicas sensibles de tipificación, sino que han permitido profundizar en la historia evolutiva de T. cruzi y en aspectos genéticos de la cadena de transporte de electrones en su mitocondria.
Fil: Rusman, Fanny. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.