Variabilidad molecular y evolución del genoma del virus de Epstein Barr

• Autores: Blazquez, Ana Catalina
• Año de publicación: 2024
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Lorenzetti, Mario Alejandro; Torres, Carolina; Preciado, María Victoria; Cavallaro, Lucía; Gómez Carrillo, Manuel; Golemba, Marcelo
• Materia: Virus de Epstein Barr; Variabilidad genómica de EBV; Variabilidad geográfica de EBV; Evolución de EBV; Epítopes virales en contexto HLA; Ciencias de la vida
• Institución: Universidad de Buenos Aires

Fil: Blazquez, Ana Catalina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Buenos Aires, Argentina
El virus de Epstein Barr (EBV) se halla ampliamente distribuido en el mundo, es el agente etiológico de la mononucleosis infecciosa y a su vez se asocia al desarrollo de neoplasias de origen linfoide y epitelial. Existen dos tipos virales, EBV1 y EBV2 que se distinguen por su variabilidad genética y distribución geográfica. En los últimos años, con el advenimiento de las tecnologías de secuenciación masiva se obtuvieron más de 1000 genomas completos de EBV aislados de diversas patologías y regiones geográficas; sin embargo, los aislamientos de América del Sur y de EBV2 han sido poco representados en estos estudios. El objetivo de esta tesis fue caracterizar la variabilidad molecular y la evolución del genoma completo del EBV en el contexto geográfico y patológico, así como evaluar su impacto sobre el reconocimiento de los epítopes virales en relación a su interacción con las poblaciones humanas en diferentes regiones geográficas.\nSe secuenciaron 45 genomas completos de EBV aislados de muestras de pacientes de nuestra región geográfica con patologías asociadas a este virus y con alta carga viral y se analizaron conjuntamente con 247 genomas de EBV descargados de NCBI a partir de 2 pipelines bioinformáticos propios. Para el estudio de variabilidad de EBV se realizaron análisis de reconstrucción filogenética, análisis de componentes principales (PCA) y de ancestría. Para los análisis evolutivos se utilizaron métodos bayesianos y un conjunto de secuencias datadas sobre el cual se calculó la tasa evolutiva del genoma completo y de 63 genes en forma individual. Para los estudios inmunoinformáticos se caracterizó la variabilidad en epítopes lineales específicos para linfocitos T CD8+ reportados en la base de datos IEDB, considerando las frecuencias alélicas de los HLA-I en las diferentes regiones geográficas y la variabilidad de EBV en función al tipo viral y al origen del aislamiento.\nA partir de 45 aislamientos de nuestra región geográfica, se obtuvieron 39 genomas virales completos, 28 EBV1, 10 EBV2 y 1 recombinante. A partir de los archivos .fastq descargados y procesados con el mismo pipeline se reconstruyeron 244/247 genomas evaluables (178 EBV1, 62 EBV2 y 4 recombinantes), los genomas recombinantes fueron excluidos de los análisis posteriores. Tanto en el árbol filogenético como en el PCA se evidenció que la mayor fuente de variabilidad en los genomas de EBV está dada por los tipos virales. En ambos casos, los genomas de Asia y Oceanía segregaron en forma independiente a los del resto del mundo y presentaron un mayor número de posiciones variables respecto a los genomas de referencia; a su vez los genomas de América del Sur segregaron junto con los africanos. Se identificaron por primera vez las posiciones que contribuyen a la diferenciación entre tipos virales y grupos geográficos. La tasa de evolución del genoma completo fue de 9,09 × 10?6 sustituciones/sitio/año y los genes no estructurales implicados en el inmunoescape viral presentaron las mayores tasas evolutivas. En el estudio de epítopes, se observó que los antígenos de latencia viral presentaron mayor variabilidad respecto de los antígenos líticos. En los antígenos líticos, gp350/220 y Zta se encontraron epítopes con mayor variabilidad en EBV2 y a su vez reconocidos por alelos con alta frecuencia poblacional en las regiones geográficas donde prevalece su circulación.\nLos genomas de EBV varían en función al tipo viral y la región geográfica del aislamiento, sin embargo, no se encontró un patrón de variabilidad específico asociado a las patologías. Esta variabilidad, así como también la mayor tasa evolutiva del genoma viral en comparación con el genoma humano, impacta sobre los epítopes virales reduciendo su afinidad por los distintos alelos de HLA que los reconocen. Esto último proporciona una visión más completa de la variabilidad del virus y su relación con las poblaciones humanas, que en última instancia podría ser relevante para el diseño de vacunas y los tratamientos específicos basados en linfocitos T estimulados con antígenos virales en enfermedades asociadas a EBV.
Doctora de la Universidad de Buenos Aires en Ciencias Bioquímicas