Análisis comparativo de calidad de ADN de líquido ruminal obtenido por diferentes métodos de extracción = Comparative analysis of ruminal fluid DNA quality obtained by different ex...

Autores: Uñates Pellene, Francisco Augusto; Nieto, Ramón Alberto; Juárez Sequeira, Ana Verónica; Ceron Cucchi, Maria Esperanza; Palma, Gustavo Adolfo; Coria, María Sumampa
Año de publicación: 2024
Idioma: español castellano
Tipo de recurso: artículo
Estado: versión publicada
Descripción: Los rumiantes poseen un sistema digestivo que les confiere la capacidad de aprovechar y convertir material fibroso en alimentos de alta calidad nutritiva, debido a comunidades microbianas existentes en el rumen. La identificación de dichos microorganismos se puede realizar mediante estudios de ADN. El objetivo del presente trabajo es comparar la eficacia de cinco métodos de extracción de ADN de líquido ruminal. Las muestras de fluido ruminal se obtuvieron de un novillo Braford fistulado. Se realizó la extracción de ADN por triplicado aplicando los siguientes métodos: precipitación salina con dodecilsulfato de sodio, precipitación con acetato de potasio, método fenol-cloroformo, con reactivo DNAzol y un kit comercial. Se evaluó el rendimiento, la integridad y la pureza del ADN mediante espectrofotometría y electroforesis en geles de agarosa. A su vez, se evaluó la integridad mediante la amplificación de fragmentos de ADN por la reacción en cadena de la polimerasa. El análisis espectrofotométrico y electroforético permitió determinar que todos los métodos generaron ADN íntegro, con excepción del acetato de potasio; las relaciones 260/280 y 260/230 obtenidas permitieron identificar contaminantes en todas las muestras. El ADN obtenido por los métodos DNAzol y kit comercial fue amplificable en el 100 % de las muestras. Los resultados obtenidos sugieren que el método DNAzol genera ADN con integridad y pureza similares al kit comercial e igual de eficaz para su uso en técnicas de biología molecular.
Ruminants possess a digestive system that allows them to convert fibrous material into highly nutritious food, thanks to the microbial communities present in the rumen. Microorganism identification can be achieved through DNA analysis. This study aimed to compare the efficiency of five DNA extraction methods from ruminal liquid. Ruminal fluid samples were collected from a fistulated Braford steer. DNA extraction was carried out in triplicate using the following methods: saline precipitation with sodium dodecyl sulfate, precipitation with potassium acetate, phenol-chloroform method, DNAzol reagent, and a commercial kit method. DNA yield, integrity, and purity were assessed using spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. The integrity was confirmed by polymerase chain reaction amplification of DNA fragments. Spectrophotometric and electrophoretic analyses revealed that all methods generated DNA with integrity, except for the potassium acetate method. The 260/280 and 260/230 ratios indicated the presence of contaminants in all methods. DNA obtained through the DNAzol and commercial kit methods was amplifiable in 100% of the samples. The results suggest that the DNAzol method produces DNA with integrity and purity comparable to the commercial kit method, making it equally effective for molecular biology techniques.
Instituto de Patobiología
Fil: Uñates Pellene, Francisco Augusto. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; Argentina
Fil: Nieto, Ramón Alberto. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; Argentina
Fil: Juárez Sequeira, Ana Verónica. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; Argentina
Fil: Juárez Sequeira, Ana Verónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA; Argentina
Fil: Ceron Cucchi, Maria Esperanza. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patobiología Veterinaria; Argentina
Fil: Ceron Cucchi, Maria Esperanza. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Palma, Gustavo Adolfo. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustria; Argentina
Fil: Palma, Gustavo Adolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA; Argentina
Fil: Coria, María Sumampa. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustria; Argentina
Fil: Coria, María Sumampa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA. Laboratorio de Producción y Reproducción Animal; Argentina
Fuente: Revista Agronómica del Noroeste Argentino 44 (1) : 16-22 (junio 2024)
Materia: Bovinae
Molecular Biology
PCR
Rumen Microorganisms
Microbial Flora
DNA
Ruminants
Biología Molecular
Microflora del Rumen
Flora Microbiana
ADN
Rumiante
Reacción en Cadena de la Polimerasa
Polymerase Chain Reaction
Nivel de accesibilidad: acceso abierto
Condiciones de uso: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
Institución: Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Las muestras de fluido ruminal se obtuvieron de un novillo Braford fistulado. Se realizó la extracción de ADN por triplicado aplicando los siguientes métodos: precipitación salina con dodecilsulfato de sodio, precipitación con acetato de potasio, método fenol-cloroformo, con reactivo DNAzol y un kit comercial. Se evaluó el rendimiento, la integridad y la pureza del ADN mediante espectrofotometría y electroforesis en geles de agarosa. A su vez, se evaluó la integridad mediante la amplificación de fragmentos de ADN por la reacción en cadena de la polimerasa. El análisis espectrofotométrico y electroforético permitió determinar que todos los métodos generaron ADN íntegro, con excepción del acetato de potasio; las relaciones 260/280 y 260/230 obtenidas permitieron identificar contaminantes en todas las muestras. El ADN obtenido por los métodos DNAzol y kit comercial fue amplificable en el 100 % de las muestras. Los resultados obtenidos sugieren que el método DNAzol genera ADN con integridad y pureza similares al kit comercial e igual de eficaz para su uso en técnicas de biología molecular.Ruminants possess a digestive system that allows them to convert fibrous material into highly nutritious food, thanks to the microbial communities present in the rumen. Microorganism identification can be achieved through DNA analysis. This study aimed to compare the efficiency of five DNA extraction methods from ruminal liquid. Ruminal fluid samples were collected from a fistulated Braford steer. DNA extraction was carried out in triplicate using the following methods: saline precipitation with sodium dodecyl sulfate, precipitation with potassium acetate, phenol-chloroform method, DNAzol reagent, and a commercial kit method. DNA yield, integrity, and purity were assessed using spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. The integrity was confirmed by polymerase chain reaction amplification of DNA fragments. Spectrophotometric and electrophoretic analyses revealed that all methods generated DNA with integrity, except for the potassium acetate method. The 260/280 and 260/230 ratios indicated the presence of contaminants in all methods. DNA obtained through the DNAzol and commercial kit methods was amplifiable in 100% of the samples. The results suggest that the DNAzol method produces DNA with integrity and purity comparable to the commercial kit method, making it equally effective for molecular biology techniques.Instituto de PatobiologíaFil: Uñates Pellene, Francisco Augusto. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; ArgentinaFil: Nieto, Ramón Alberto. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; ArgentinaFil: Juárez Sequeira, Ana Verónica. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustrias; ArgentinaFil: Juárez Sequeira, Ana Verónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA; ArgentinaFil: Ceron Cucchi, Maria Esperanza. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patobiología Veterinaria; ArgentinaFil: Ceron Cucchi, Maria Esperanza. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Palma, Gustavo Adolfo. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustria; ArgentinaFil: Palma, Gustavo Adolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA; ArgentinaFil: Coria, María Sumampa. Universidad Nacional de Santiago del Estero. Facultad de Agronomía y Agroindustria; ArgentinaFil: Coria, María Sumampa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Bionanotecnología del NOA. Laboratorio de Producción y Reproducción Animal; ArgentinaFacultad de Agronomía y Zootecnia, Universidad Nacional de Tucumán2025-03-05T11:15:04Z2025-03-05T11:15:04Z2024-06info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/20.500.12123/21533https://www.ranar.unt.edu.ar/index.php/RANAR/article/view/152314-369XRevista Agronómica del Noroeste Argentino 44 (1) : 16-22 (junio 2024)reponame:INTA Digital (INTA)instname:Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariaspainfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)2025-09-29T13:47:10Zoai:localhost:20.500.12123/21533instacron:INTAInstitucionalhttp://repositorio.inta.gob.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://repositorio.inta.gob.ar/oai/requesttripaldi.nicolas@inta.gob.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:l2025-09-29 13:47:10.632INTA Digital (INTA) - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariafalse
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