The Lambda Variant in Argentina: Analyzing the Evolution and Spread of SARS-CoV-2 Lineage C.37
- Autores
- Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Torres, Carolina; Mojsiejczuk, Laura; Acuña, Dolores; Valinotto, Laura Elena; Goya, Stephanie; Natale, Monica; Lusso, Silvina; Alexay, Sofia; Amadio, Ariel; Irazoqui, Jose Matias; Fernandez, Franco Daniel; Acevedo, Maria Elina; Alvarez Lopez, Cristina; Angelletti, Andres; Aulicino, Paula; Bolatti, Elisa; Brusés, Bettina; Cacciabue, Marco Polo Domingo; Cavatorta, Ana; Cerri, Agustina; Cordero, Andres; Debat, Humberto Julio; Dus Santos, Maria Jose; Eberhardt, María Florencia; Ercole, Regina; Espul, Carlos; Farber, Marisa Diana; Fay, Fabián; Fernandez, Ailen; Ferrini, Florencia; Formichelli, Laura; Ceballos, Santiago; Gallego, Fernando; Giri, Adriana; Gismondi, Maria Ines; Acevedo, Raúl Maximiliano; Gramundi, Ivan; Ibañez, María Eugenia; Konig, Guido Alberto; Leiva, Viviana; Lorenzini Campos, Melina; Lucero, Horacio; Marquez, Nathalie; Mazzeo, Melina; Mistchenko, Alicia Susana; Montoto, Luciana; Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel; Nadalich, Victoria; Nardi, Cristina; Ortiz, Belén; Pianciola, Luis; Pintos, Carolina; Puebla, Andrea Fabiana; Rastellini, Carolina; Rojas, Alejandro Ezequiel; Sfalcin, Javier; Suarez, Ariel; Theaux, Clara; Thomas, Guillermo; Tittarelli, Estefania; Toro, Rosana; Villanova, Vanina; Wenk, Gretel; Ziehm, Cecilia; Zimmermann, Maria Carla; Zunino, Sebastian; Proyecto PAIS; Viegas, Mariana
- Año de publicación
- 2023
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- The second wave of COVID-19 occurred in South America in early 2021 and was mainly driven by Gamma and Lambda variants. In this study, we aimed to describe the emergence and local genomic diversity of the SARS-CoV-2 Lambda variant in Argentina, from its initial entry into the country until its detection ceased. Molecular surveillance was conducted on 9356 samples from Argentina between October 2020 and April 2022, and sequencing, phylogenetic, and phylogeographic analyses were performed. Our findings revealed that the Lambda variant was first detected in Argentina in January 2021 and steadily increased in frequency until it peaked in April 2021, with continued detection throughout the year. Phylodynamic analyses showed that at least 18 introductions of the Lambda variant into the country occurred, with nine of them having evidence of onward local transmission. The spatial–-temporal reconstruction showed that Argentine clades were associated with Lambda sequences from Latin America and suggested an initial diversification in the Metropolitan Area of Buenos Aires before spreading to other regions in Argentina. Genetic analyses of genome sequences allowed us to describe the mutational patterns of the Argentine Lambda sequences and detect the emergence of rare mutations in an immunocompromised patient.
Instituto de Patología Vegetal
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Valinotto, Laura Elena. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Valinotto, Laura Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Natale, Monica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Alexay, Sofia. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Acevedo, Maria Elina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Alvarez Lopez, Cristina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Angelletti, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina
Fil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Cavatorta, Ana. Universidad Nacional de Rosario (UNR). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Tecnología En Salud Pública; Argentina
Fil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Cordero, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Ercole, Regina. HIEAyC San Juan de Dios. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Espul, Carlos. Ministerio de Salud de La Provincia de Mendoza. Dirección de Epidemiologia y Red de Laboratorios; Argentina
Fil: Farber, Marisa Diana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Farber, Marisa Diana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Ferrini, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur (UNTDF y CADIC-CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Giri, Adriana Angélica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acevedo, Raul Maximiliano. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del Nordeste
Fil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Ibañez, María Eugenia. Hospital Alemán. Laboratorio Central. Biología Molecular; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; Argentina
Fil: Montoto, Luciana. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Nadalich, Victoria. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina
Fil: Nardi, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTDF). Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina
Fil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Suarez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Theaux, Clara. Hospital General de Agudos, Carlos G. Durand. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
Fil: Thomas, Guillermo. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Tittarelli, Estefania. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Villanova, Vanina. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina
Fil: Wenk, Gretel. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
Fil: Ziehm, Cecilia. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Zimmermann, Maria Carla. Universidad Nacional Del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Zunino, Sebastian. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentina
Fil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentina
Fil: Proyecto PAIS. Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2. Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina - Fuente
- Viruses 15 (6) : 1382 (2023)
- Materia
-
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
South America
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
América del Sur
Argentina
COVID-19
SARS-CoV-2
Lambda
Phylodynamic - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
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- Institución
- Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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In this study, we aimed to describe the emergence and local genomic diversity of the SARS-CoV-2 Lambda variant in Argentina, from its initial entry into the country until its detection ceased. Molecular surveillance was conducted on 9356 samples from Argentina between October 2020 and April 2022, and sequencing, phylogenetic, and phylogeographic analyses were performed. Our findings revealed that the Lambda variant was first detected in Argentina in January 2021 and steadily increased in frequency until it peaked in April 2021, with continued detection throughout the year. Phylodynamic analyses showed that at least 18 introductions of the Lambda variant into the country occurred, with nine of them having evidence of onward local transmission. The spatial–-temporal reconstruction showed that Argentine clades were associated with Lambda sequences from Latin America and suggested an initial diversification in the Metropolitan Area of Buenos Aires before spreading to other regions in Argentina. Genetic analyses of genome sequences allowed us to describe the mutational patterns of the Argentine Lambda sequences and detect the emergence of rare mutations in an immunocompromised patient.Instituto de Patología VegetalFil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Valinotto, Laura Elena. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Valinotto, Laura Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Natale, Monica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Alexay, Sofia. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Acevedo, Maria Elina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Alvarez Lopez, Cristina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Angelletti, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Cavatorta, Ana. Universidad Nacional de Rosario (UNR). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Tecnología En Salud Pública; ArgentinaFil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); ArgentinaFil: Cordero, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Ercole, Regina. HIEAyC San Juan de Dios. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Espul, Carlos. Ministerio de Salud de La Provincia de Mendoza. Dirección de Epidemiologia y Red de Laboratorios; ArgentinaFil: Farber, Marisa Diana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Farber, Marisa Diana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; ArgentinaFil: Ferrini, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur (UNTDF y CADIC-CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); ArgentinaFil: Giri, Adriana Angélica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acevedo, Raul Maximiliano. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del NordesteFil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Ibañez, María Eugenia. Hospital Alemán. Laboratorio Central. Biología Molecular; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Montoto, Luciana. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; ArgentinaFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Nadalich, Victoria. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); ArgentinaFil: Nardi, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTDF). Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); ArgentinaFil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Suarez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; ArgentinaFil: Theaux, Clara. Hospital General de Agudos, Carlos G. Durand. Laboratorio de Biología Molecular; ArgentinaFil: Thomas, Guillermo. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Tittarelli, Estefania. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; ArgentinaFil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Villanova, Vanina. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; ArgentinaFil: Wenk, Gretel. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; ArgentinaFil: Ziehm, Cecilia. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Zimmermann, Maria Carla. Universidad Nacional Del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; ArgentinaFil: Zunino, Sebastian. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; ArgentinaFil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; ArgentinaFil: Proyecto PAIS. Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2. Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. 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Nabaes Jodar, Mercedes Soledad Torres, Carolina Mojsiejczuk, Laura Acuña, Dolores Valinotto, Laura Elena Goya, Stephanie Natale, Monica Lusso, Silvina Alexay, Sofia Amadio, Ariel Irazoqui, Jose Matias Fernandez, Franco Daniel Acevedo, Maria Elina Alvarez Lopez, Cristina Angelletti, Andres Aulicino, Paula Bolatti, Elisa Brusés, Bettina Cacciabue, Marco Polo Domingo Cavatorta, Ana Cerri, Agustina Cordero, Andres Debat, Humberto Julio Dus Santos, Maria Jose Eberhardt, María Florencia Ercole, Regina Espul, Carlos Farber, Marisa Diana Fay, Fabián Fernandez, Ailen Ferrini, Florencia Formichelli, Laura Ceballos, Santiago Gallego, Fernando Giri, Adriana Gismondi, Maria Ines Acevedo, Raúl Maximiliano Gramundi, Ivan Ibañez, María Eugenia Konig, Guido Alberto Leiva, Viviana Lorenzini Campos, Melina Lucero, Horacio Marquez, Nathalie Mazzeo, Melina Mistchenko, Alicia Susana Montoto, Luciana Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel Nadalich, Victoria Nardi, Cristina Ortiz, Belén Pianciola, Luis Pintos, Carolina Puebla, Andrea Fabiana Rastellini, Carolina Rojas, Alejandro Ezequiel Sfalcin, Javier Suarez, Ariel Theaux, Clara Thomas, Guillermo Tittarelli, Estefania Toro, Rosana Villanova, Vanina Wenk, Gretel Ziehm, Cecilia Zimmermann, Maria Carla Zunino, Sebastian Proyecto PAIS Viegas, Mariana |
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Torres, Carolina Mojsiejczuk, Laura Acuña, Dolores Valinotto, Laura Elena Goya, Stephanie Natale, Monica Lusso, Silvina Alexay, Sofia Amadio, Ariel Irazoqui, Jose Matias Fernandez, Franco Daniel Acevedo, Maria Elina Alvarez Lopez, Cristina Angelletti, Andres Aulicino, Paula Bolatti, Elisa Brusés, Bettina Cacciabue, Marco Polo Domingo Cavatorta, Ana Cerri, Agustina Cordero, Andres Debat, Humberto Julio Dus Santos, Maria Jose Eberhardt, María Florencia Ercole, Regina Espul, Carlos Farber, Marisa Diana Fay, Fabián Fernandez, Ailen Ferrini, Florencia Formichelli, Laura Ceballos, Santiago Gallego, Fernando Giri, Adriana Gismondi, Maria Ines Acevedo, Raúl Maximiliano Gramundi, Ivan Ibañez, María Eugenia Konig, Guido Alberto Leiva, Viviana Lorenzini Campos, Melina Lucero, Horacio Marquez, Nathalie Mazzeo, Melina Mistchenko, Alicia Susana Montoto, Luciana Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel Nadalich, Victoria Nardi, Cristina Ortiz, Belén Pianciola, Luis Pintos, Carolina Puebla, Andrea Fabiana Rastellini, Carolina Rojas, Alejandro Ezequiel Sfalcin, Javier Suarez, Ariel Theaux, Clara Thomas, Guillermo Tittarelli, Estefania Toro, Rosana Villanova, Vanina Wenk, Gretel Ziehm, Cecilia Zimmermann, Maria Carla Zunino, Sebastian Proyecto PAIS Viegas, Mariana |
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Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants South America Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2 Variantes América del Sur Argentina COVID-19 SARS-CoV-2 Lambda Phylodynamic |
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Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants South America Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2 Variantes América del Sur Argentina COVID-19 SARS-CoV-2 Lambda Phylodynamic |
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The second wave of COVID-19 occurred in South America in early 2021 and was mainly driven by Gamma and Lambda variants. In this study, we aimed to describe the emergence and local genomic diversity of the SARS-CoV-2 Lambda variant in Argentina, from its initial entry into the country until its detection ceased. Molecular surveillance was conducted on 9356 samples from Argentina between October 2020 and April 2022, and sequencing, phylogenetic, and phylogeographic analyses were performed. Our findings revealed that the Lambda variant was first detected in Argentina in January 2021 and steadily increased in frequency until it peaked in April 2021, with continued detection throughout the year. Phylodynamic analyses showed that at least 18 introductions of the Lambda variant into the country occurred, with nine of them having evidence of onward local transmission. The spatial–-temporal reconstruction showed that Argentine clades were associated with Lambda sequences from Latin America and suggested an initial diversification in the Metropolitan Area of Buenos Aires before spreading to other regions in Argentina. Genetic analyses of genome sequences allowed us to describe the mutational patterns of the Argentine Lambda sequences and detect the emergence of rare mutations in an immunocompromised patient. Instituto de Patología Vegetal Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Valinotto, Laura Elena. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Valinotto, Laura Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Natale, Monica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Alexay, Sofia. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Acevedo, Maria Elina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Alvarez Lopez, Cristina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Angelletti, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina Fil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Bolatti, Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Cavatorta, Ana. Universidad Nacional de Rosario (UNR). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Tecnología En Salud Pública; Argentina Fil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina Fil: Cordero, Andres. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Ercole, Regina. HIEAyC San Juan de Dios. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Espul, Carlos. Ministerio de Salud de La Provincia de Mendoza. Dirección de Epidemiologia y Red de Laboratorios; Argentina Fil: Farber, Marisa Diana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Farber, Marisa Diana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina Fil: Ferrini, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur (UNTDF y CADIC-CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina Fil: Giri, Adriana Angélica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acevedo, Raul Maximiliano. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del Nordeste Fil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Ibañez, María Eugenia. Hospital Alemán. Laboratorio Central. Biología Molecular; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; Argentina Fil: Montoto, Luciana. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Nadalich, Victoria. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina Fil: Nardi, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTDF). Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina Fil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Suarez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina Fil: Theaux, Clara. Hospital General de Agudos, Carlos G. Durand. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina Fil: Thomas, Guillermo. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Tittarelli, Estefania. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina Fil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Villanova, Vanina. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina Fil: Wenk, Gretel. Hospital Pedro de Elizalde. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina Fil: Ziehm, Cecilia. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Zimmermann, Maria Carla. Universidad Nacional Del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina Fil: Zunino, Sebastian. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentina Fil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentina Fil: Proyecto PAIS. Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2. Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina |
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The second wave of COVID-19 occurred in South America in early 2021 and was mainly driven by Gamma and Lambda variants. In this study, we aimed to describe the emergence and local genomic diversity of the SARS-CoV-2 Lambda variant in Argentina, from its initial entry into the country until its detection ceased. Molecular surveillance was conducted on 9356 samples from Argentina between October 2020 and April 2022, and sequencing, phylogenetic, and phylogeographic analyses were performed. Our findings revealed that the Lambda variant was first detected in Argentina in January 2021 and steadily increased in frequency until it peaked in April 2021, with continued detection throughout the year. Phylodynamic analyses showed that at least 18 introductions of the Lambda variant into the country occurred, with nine of them having evidence of onward local transmission. The spatial–-temporal reconstruction showed that Argentine clades were associated with Lambda sequences from Latin America and suggested an initial diversification in the Metropolitan Area of Buenos Aires before spreading to other regions in Argentina. Genetic analyses of genome sequences allowed us to describe the mutational patterns of the Argentine Lambda sequences and detect the emergence of rare mutations in an immunocompromised patient. |
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