Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5

Autores
Torres, Carolina; Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Acuña, Dolores; Zambrana Montaño, Romina Micaela; Culasso, Andrés Carlos Alberto; Amadio, Ariel; Aulicino, Paula; Ceballos, Santiago; Cacciabue, Marco Polo Domingo; Debat, Humberto Julio; Dus Santos, Maria Jose; Eberhardt, María Florencia; Espul, Carlos; Fay, Fabián; Fernández, María Ailén; Fernandez, Franco Daniel; Fernandez Muñoz, Juan Manuel; Ferrini, Florencia; Gallego, Fernando; Giri, Adriana Angélica; Cerri, Agustina; Bolatti, Elisa; Gismondi, Maria Ines; Goya, Stephanie; Gramundi, Iván; Irazoqui, Jose Matias; Konig, Guido Alberto; Leiva, Viviana; Lucero, Horacio; Marquez, Nathalie; Nardi, Cristina; Ortiz, Belén; Pianciola, Luis; Pintos, Carolina Beatriz; Puebla, Andrea Fabiana; Rastellini, Carolina Victoria; Rojas, Alejandro Ezequiel; Sfalcin, Javier; Suárez, Ariel; Tittarelli, Estefanía; Toro, Rosana; Villanova, Gabriela Vanina; Ziehm, María Cecilia; Zimmermann, María Carla; Zunino, Sebastián; Proyecto PAIS Working Group; Valinotto, Laura; Viegas, Mariana
Año de publicación
2023
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.
Instituto de Patología Vegetal
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aulicino, Paula.Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina
Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. nstituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Espul, Carlos. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Fernández, María Ailén. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Fernandez Muñoz, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina y Biología Experimental de Cuyo (IMBECU); Argentina
Fil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Gallego, Fernando. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Bolatti, Elisa. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Gramundi, Iván. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Lucero, Horacio. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Suárez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Tittarelli, Estefanía. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata (UNLP). Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de salud pública; Argentina
Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina
Fil: Villanova, Gabriela Vanina Universidad Nacional de Rosario. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del río Paraná. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentina
Fil: Ziehm, María Cecilia. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Zimmermann, María Carla. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Zunino, Sebastián. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Zunino, Sebastián. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentina
Fil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fuente
Viruses 15 (2) : 312 (2023)
Materia
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
Evolution
South America
Dynamics
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
Evolución
América del Sur
Dinámica
Argentina
SARS-CoV-2
Omicron
BA.1
BA.2
BA.4
BA.5
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
OAI Identificador
oai:localhost:20.500.12123/15224

id INTADig_3289a877c6595b3844b3827fde9fb0c4
oai_identifier_str oai:localhost:20.500.12123/15224
network_acronym_str INTADig
repository_id_str l
network_name_str INTA Digital (INTA)
spelling Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5Torres, CarolinaNabaes Jodar, Mercedes SoledadAcuña, DoloresZambrana Montaño, Romina MicaelaCulasso, Andrés Carlos AlbertoAmadio, ArielAulicino, PaulaCeballos, SantiagoCacciabue, Marco Polo DomingoDebat, Humberto JulioDus Santos, Maria JoseEberhardt, María FlorenciaEspul, CarlosFay, FabiánFernández, María AilénFernandez, Franco DanielFernandez Muñoz, Juan ManuelFerrini, FlorenciaGallego, FernandoGiri, Adriana AngélicaCerri, AgustinaBolatti, ElisaGismondi, Maria InesGoya, StephanieGramundi, IvánIrazoqui, Jose MatiasKonig, Guido AlbertoLeiva, VivianaLucero, HoracioMarquez, NathalieNardi, CristinaOrtiz, BelénPianciola, LuisPintos, Carolina BeatrizPuebla, Andrea FabianaRastellini, Carolina VictoriaRojas, Alejandro EzequielSfalcin, JavierSuárez, ArielTittarelli, EstefaníaToro, RosanaVillanova, Gabriela VaninaZiehm, María CeciliaZimmermann, María CarlaZunino, SebastiánProyecto PAIS Working GroupValinotto, LauraViegas, MarianaSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2VariantsEvolutionSouth AmericaDynamicsCoronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2VariantesEvoluciónAmérica del SurDinámicaArgentinaSARS-CoV-2OmicronBA.1BA.2BA.4BA.5The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.Instituto de Patología VegetalFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula.Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. nstituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Espul, Carlos. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Fernández, María Ailén. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Fernandez Muñoz, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina y Biología Experimental de Cuyo (IMBECU); ArgentinaFil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; ArgentinaFil: Gallego, Fernando. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); ArgentinaFil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); ArgentinaFil: Bolatti, Elisa. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; ArgentinaFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Gramundi, Iván. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Lucero, Horacio. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Suárez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; ArgentinaFil: Tittarelli, Estefanía. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; ArgentinaFil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata (UNLP). Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de salud pública; ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina Universidad Nacional de Rosario. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del río Paraná. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; ArgentinaFil: Ziehm, María Cecilia. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; ArgentinaFil: Zimmermann, María Carla. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; ArgentinaFil: Zunino, Sebastián. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; ArgentinaFil: Zunino, Sebastián. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; ArgentinaFil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; ArgentinaFil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaMDPI2023-09-15T11:26:23Z2023-09-15T11:26:23Z2023-01-22info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/20.500.12123/15224https://www.mdpi.com/1999-4915/15/2/3121999-4915 (online)https://doi.org/10.3390/v15020312Viruses 15 (2) : 312 (2023)reponame:INTA Digital (INTA)instname:Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariaenginfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)2025-09-29T13:46:05Zoai:localhost:20.500.12123/15224instacron:INTAInstitucionalhttp://repositorio.inta.gob.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://repositorio.inta.gob.ar/oai/requesttripaldi.nicolas@inta.gob.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:l2025-09-29 13:46:05.833INTA Digital (INTA) - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariafalse
dc.title.none.fl_str_mv Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
title Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
spellingShingle Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
Torres, Carolina
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
Evolution
South America
Dynamics
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
Evolución
América del Sur
Dinámica
Argentina
SARS-CoV-2
Omicron
BA.1
BA.2
BA.4
BA.5
title_short Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
title_full Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
title_fullStr Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
title_full_unstemmed Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
title_sort Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
dc.creator.none.fl_str_mv Torres, Carolina
Nabaes Jodar, Mercedes Soledad
Acuña, Dolores
Zambrana Montaño, Romina Micaela
Culasso, Andrés Carlos Alberto
Amadio, Ariel
Aulicino, Paula
Ceballos, Santiago
Cacciabue, Marco Polo Domingo
Debat, Humberto Julio
Dus Santos, Maria Jose
Eberhardt, María Florencia
Espul, Carlos
Fay, Fabián
Fernández, María Ailén
Fernandez, Franco Daniel
Fernandez Muñoz, Juan Manuel
Ferrini, Florencia
Gallego, Fernando
Giri, Adriana Angélica
Cerri, Agustina
Bolatti, Elisa
Gismondi, Maria Ines
Goya, Stephanie
Gramundi, Iván
Irazoqui, Jose Matias
Konig, Guido Alberto
Leiva, Viviana
Lucero, Horacio
Marquez, Nathalie
Nardi, Cristina
Ortiz, Belén
Pianciola, Luis
Pintos, Carolina Beatriz
Puebla, Andrea Fabiana
Rastellini, Carolina Victoria
Rojas, Alejandro Ezequiel
Sfalcin, Javier
Suárez, Ariel
Tittarelli, Estefanía
Toro, Rosana
Villanova, Gabriela Vanina
Ziehm, María Cecilia
Zimmermann, María Carla
Zunino, Sebastián
Proyecto PAIS Working Group
Valinotto, Laura
Viegas, Mariana
author Torres, Carolina
author_facet Torres, Carolina
Nabaes Jodar, Mercedes Soledad
Acuña, Dolores
Zambrana Montaño, Romina Micaela
Culasso, Andrés Carlos Alberto
Amadio, Ariel
Aulicino, Paula
Ceballos, Santiago
Cacciabue, Marco Polo Domingo
Debat, Humberto Julio
Dus Santos, Maria Jose
Eberhardt, María Florencia
Espul, Carlos
Fay, Fabián
Fernández, María Ailén
Fernandez, Franco Daniel
Fernandez Muñoz, Juan Manuel
Ferrini, Florencia
Gallego, Fernando
Giri, Adriana Angélica
Cerri, Agustina
Bolatti, Elisa
Gismondi, Maria Ines
Goya, Stephanie
Gramundi, Iván
Irazoqui, Jose Matias
Konig, Guido Alberto
Leiva, Viviana
Lucero, Horacio
Marquez, Nathalie
Nardi, Cristina
Ortiz, Belén
Pianciola, Luis
Pintos, Carolina Beatriz
Puebla, Andrea Fabiana
Rastellini, Carolina Victoria
Rojas, Alejandro Ezequiel
Sfalcin, Javier
Suárez, Ariel
Tittarelli, Estefanía
Toro, Rosana
Villanova, Gabriela Vanina
Ziehm, María Cecilia
Zimmermann, María Carla
Zunino, Sebastián
Proyecto PAIS Working Group
Valinotto, Laura
Viegas, Mariana
author_role author
author2 Nabaes Jodar, Mercedes Soledad
Acuña, Dolores
Zambrana Montaño, Romina Micaela
Culasso, Andrés Carlos Alberto
Amadio, Ariel
Aulicino, Paula
Ceballos, Santiago
Cacciabue, Marco Polo Domingo
Debat, Humberto Julio
Dus Santos, Maria Jose
Eberhardt, María Florencia
Espul, Carlos
Fay, Fabián
Fernández, María Ailén
Fernandez, Franco Daniel
Fernandez Muñoz, Juan Manuel
Ferrini, Florencia
Gallego, Fernando
Giri, Adriana Angélica
Cerri, Agustina
Bolatti, Elisa
Gismondi, Maria Ines
Goya, Stephanie
Gramundi, Iván
Irazoqui, Jose Matias
Konig, Guido Alberto
Leiva, Viviana
Lucero, Horacio
Marquez, Nathalie
Nardi, Cristina
Ortiz, Belén
Pianciola, Luis
Pintos, Carolina Beatriz
Puebla, Andrea Fabiana
Rastellini, Carolina Victoria
Rojas, Alejandro Ezequiel
Sfalcin, Javier
Suárez, Ariel
Tittarelli, Estefanía
Toro, Rosana
Villanova, Gabriela Vanina
Ziehm, María Cecilia
Zimmermann, María Carla
Zunino, Sebastián
Proyecto PAIS Working Group
Valinotto, Laura
Viegas, Mariana
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
Evolution
South America
Dynamics
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
Evolución
América del Sur
Dinámica
Argentina
SARS-CoV-2
Omicron
BA.1
BA.2
BA.4
BA.5
topic Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
Evolution
South America
Dynamics
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
Evolución
América del Sur
Dinámica
Argentina
SARS-CoV-2
Omicron
BA.1
BA.2
BA.4
BA.5
dc.description.none.fl_txt_mv The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.
Instituto de Patología Vegetal
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aulicino, Paula.Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina
Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. nstituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Espul, Carlos. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Fernández, María Ailén. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Fernandez Muñoz, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina y Biología Experimental de Cuyo (IMBECU); Argentina
Fil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Gallego, Fernando. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Bolatti, Elisa. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Gramundi, Iván. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Lucero, Horacio. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentina
Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Suárez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Tittarelli, Estefanía. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina
Fil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata (UNLP). Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de salud pública; Argentina
Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina
Fil: Villanova, Gabriela Vanina Universidad Nacional de Rosario. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del río Paraná. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentina
Fil: Ziehm, María Cecilia. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Zimmermann, María Carla. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina
Fil: Zunino, Sebastián. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Zunino, Sebastián. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentina
Fil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
description The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023-09-15T11:26:23Z
2023-09-15T11:26:23Z
2023-01-22
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/20.500.12123/15224
https://www.mdpi.com/1999-4915/15/2/312
1999-4915 (online)
https://doi.org/10.3390/v15020312
url http://hdl.handle.net/20.500.12123/15224
https://www.mdpi.com/1999-4915/15/2/312
https://doi.org/10.3390/v15020312
identifier_str_mv 1999-4915 (online)
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv MDPI
publisher.none.fl_str_mv MDPI
dc.source.none.fl_str_mv Viruses 15 (2) : 312 (2023)
reponame:INTA Digital (INTA)
instname:Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
reponame_str INTA Digital (INTA)
collection INTA Digital (INTA)
instname_str Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
repository.name.fl_str_mv INTA Digital (INTA) - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
repository.mail.fl_str_mv tripaldi.nicolas@inta.gob.ar
_version_ 1844619178903863296
score 12.559606