Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina
- Autores
- Torres, Carolina; Mojsiejczuk, Laura; Acuña, Dolores; Alexay, Sofía; Amadio, Ariel; Aulicino, Paula; Debat, Humberto Julio; Fay, Fabián; Fernandez, Franco Daniel; Giri, Adriana A.; Goya, Stephanie; Konig, Guido Alberto; Lucero, Horacio; Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Pianciola, Luis; Sfalcin, Javier A.; Acevedo, Raúl Maximiliano; Bengoa Luoni, Sofía Ailin; Bolatti, Elisa M.; Brusés, Bettina; Cacciabue, Marco Polo Domingo; Casal, Pablo E.; Cerri, Agustina; Chouhy, Diego; Dus Santos, Maria Jose; Eberhardt, María Florencia; Fernandez, Ailen; Fernandez, Paula Del Carmen; Fernández Do Porto, Darío; Formichelli, Laura; Gismondi, María Ines; Irazoqui, Jose Matias; Lorenzini Campos, Melina; Lusso, Silvina; Marquez, Nathalie; Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel; Mussin, Javier; Natale, Mónica; Oria, Griselda; Pisano, María Belén; Posner, Victoria; Puebla, Andrea Fabiana; Viegas, Mariana
- Año de publicación
- 2021
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- The emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; Delta (lineage B.1.627.2), initially detected in India; Lambda (lineage C.37), initially detected in Peru; Mu (lineage B.1.621), first detected in Colombia; Epsilon (lineages B.1.427 and B.1.429), initially detected in California, United States; and Zeta (lineage P.2), first detected in Rio de Janeiro, Brazil (1). Four of these variants (Alpha to Delta) have been defined as variants of concern (VOCs) given their increased transmissibility and other characteristics, while Lambda and Mu have been defined as variants of interest (VOIs). The VOCs have also been associated with an increased risk of hospitalization (2, 3) and, in the case of Beta, Gamma, and Delta, with a moderate to a substantial reduction in neutralizing activity of monoclonal antibodies, convalescent, and vaccine sera (4–6). Gamma and Lambda are particularly relevant for Argentina due to their major presence in the South American region during the time of this study. Importantly, some of these variants share mutations in the Spike protein—several of them in the receptor-binding domain region—that potentially affect transmissibility, pathogenesis, and/or response to vaccination and immune-based therapies (7, 8). PAIS is the interinstitutional federal consortium of SARS-CoV-2 genomics in Argentina. It was created by the Ministry of Science and Technology to monitor SARS-CoV-2 diversity and evolution in the country, including surveillance of SARS-CoV-2 variants of public health interest (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). The objective of this work was to implement a SARS-CoV-2 molecular surveillance strategy, in a context of limited resources, which allowed an assessment of the dynamic situation of circulation of viral variants, and at the same time, to perform genomic and evolutionary analyzes to study their origin and dispersion in our country.
Instituto de Patología Vegetal
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina
Fil: Mojsiejczuk, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Alexay, Sofía. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina
Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Sfalcin, Javier A. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Acevedo, Raúl M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acevedo, Raúl M. Universidad Nacional del Nordeste-CONICET. Instituto de Botánica del Nordeste; Argentina
Fil: Bengoa Luoni, Sofía Ailin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina
Fil: Bengoa Luoni, Sofia Ailin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Casal, Pablo E. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina
Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Fernández Do Porto, Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Fernández Do Porto, Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina
Fil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Gismondi, María Inés. CIBIC Laboratorio; Argentina
Fil: Gismondi, María Inés. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Lorenzini Campos, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Mussin, Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Mussin, Javier. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Oria, Griselda. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina
Fil: Pisano, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba(UNC). Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella”; Argentina
Fil: Posner, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Posner, Victoria. Universidad Nacional de Rosario, Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.
Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina - Fuente
- Frontiers in Medicine 8 : 755463. (Published: 10 December 2021)
- Materia
-
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Variants
South America
Surveillance Systems
Argentina
COVID-19
Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Variantes
Sistemas de Vigilancia
América del Sur
SARS-CoV-2
Gamma
Lambda
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Surveillance
Spike Sequences - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
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- Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in ArgentinaTorres, CarolinaMojsiejczuk, LauraAcuña, DoloresAlexay, SofíaAmadio, ArielAulicino, PaulaDebat, Humberto JulioFay, FabiánFernandez, Franco DanielGiri, Adriana A.Goya, StephanieKonig, Guido AlbertoLucero, HoracioNabaes Jodar, Mercedes SoledadPianciola, LuisSfalcin, Javier A.Acevedo, Raúl MaximilianoBengoa Luoni, Sofía AilinBolatti, Elisa M.Brusés, BettinaCacciabue, Marco Polo DomingoCasal, Pablo E.Cerri, AgustinaChouhy, DiegoDus Santos, Maria JoseEberhardt, María FlorenciaFernandez, AilenFernandez, Paula Del CarmenFernández Do Porto, DaríoFormichelli, LauraGismondi, María InesIrazoqui, Jose MatiasLorenzini Campos, MelinaLusso, SilvinaMarquez, NathalieMuñoz Hidalgo, Marianne GrazielMussin, JavierNatale, MónicaOria, GriseldaPisano, María BelénPosner, VictoriaPuebla, Andrea FabianaViegas, MarianaSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2VariantsSouth AmericaSurveillance SystemsArgentinaCOVID-19Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2VariantesSistemas de VigilanciaAmérica del SurSARS-CoV-2GammaLambdaDeltaSurveillanceSpike SequencesThe emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; Delta (lineage B.1.627.2), initially detected in India; Lambda (lineage C.37), initially detected in Peru; Mu (lineage B.1.621), first detected in Colombia; Epsilon (lineages B.1.427 and B.1.429), initially detected in California, United States; and Zeta (lineage P.2), first detected in Rio de Janeiro, Brazil (1). Four of these variants (Alpha to Delta) have been defined as variants of concern (VOCs) given their increased transmissibility and other characteristics, while Lambda and Mu have been defined as variants of interest (VOIs). The VOCs have also been associated with an increased risk of hospitalization (2, 3) and, in the case of Beta, Gamma, and Delta, with a moderate to a substantial reduction in neutralizing activity of monoclonal antibodies, convalescent, and vaccine sera (4–6). Gamma and Lambda are particularly relevant for Argentina due to their major presence in the South American region during the time of this study. Importantly, some of these variants share mutations in the Spike protein—several of them in the receptor-binding domain region—that potentially affect transmissibility, pathogenesis, and/or response to vaccination and immune-based therapies (7, 8). PAIS is the interinstitutional federal consortium of SARS-CoV-2 genomics in Argentina. It was created by the Ministry of Science and Technology to monitor SARS-CoV-2 diversity and evolution in the country, including surveillance of SARS-CoV-2 variants of public health interest (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). The objective of this work was to implement a SARS-CoV-2 molecular surveillance strategy, in a context of limited resources, which allowed an assessment of the dynamic situation of circulation of viral variants, and at the same time, to perform genomic and evolutionary analyzes to study their origin and dispersion in our country.Instituto de Patología VegetalFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Mojsiejczuk, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Alexay, Sofía. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Sfalcin, Javier A. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Acevedo, Raúl M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acevedo, Raúl M. Universidad Nacional del Nordeste-CONICET. Instituto de Botánica del Nordeste; ArgentinaFil: Bengoa Luoni, Sofía Ailin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; ArgentinaFil: Bengoa Luoni, Sofia Ailin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.Fil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.Fil: Casal, Pablo E. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; ArgentinaFil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.Fil: Fernández Do Porto, Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; ArgentinaFil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Gismondi, María Inés. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Gismondi, María Inés. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Lorenzini Campos, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lorenzini Campos, Melina. 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(Published: 10 December 2021)reponame:INTA Digital (INTA)instname:Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariaenginfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)2025-09-29T13:45:31Zoai:localhost:20.500.12123/11680instacron:INTAInstitucionalhttp://repositorio.inta.gob.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://repositorio.inta.gob.ar/oai/requesttripaldi.nicolas@inta.gob.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:l2025-09-29 13:45:31.973INTA Digital (INTA) - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariafalse |
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The emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; Delta (lineage B.1.627.2), initially detected in India; Lambda (lineage C.37), initially detected in Peru; Mu (lineage B.1.621), first detected in Colombia; Epsilon (lineages B.1.427 and B.1.429), initially detected in California, United States; and Zeta (lineage P.2), first detected in Rio de Janeiro, Brazil (1). Four of these variants (Alpha to Delta) have been defined as variants of concern (VOCs) given their increased transmissibility and other characteristics, while Lambda and Mu have been defined as variants of interest (VOIs). The VOCs have also been associated with an increased risk of hospitalization (2, 3) and, in the case of Beta, Gamma, and Delta, with a moderate to a substantial reduction in neutralizing activity of monoclonal antibodies, convalescent, and vaccine sera (4–6). Gamma and Lambda are particularly relevant for Argentina due to their major presence in the South American region during the time of this study. Importantly, some of these variants share mutations in the Spike protein—several of them in the receptor-binding domain region—that potentially affect transmissibility, pathogenesis, and/or response to vaccination and immune-based therapies (7, 8). PAIS is the interinstitutional federal consortium of SARS-CoV-2 genomics in Argentina. It was created by the Ministry of Science and Technology to monitor SARS-CoV-2 diversity and evolution in the country, including surveillance of SARS-CoV-2 variants of public health interest (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). The objective of this work was to implement a SARS-CoV-2 molecular surveillance strategy, in a context of limited resources, which allowed an assessment of the dynamic situation of circulation of viral variants, and at the same time, to perform genomic and evolutionary analyzes to study their origin and dispersion in our country. Instituto de Patología Vegetal Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina Fil: Mojsiejczuk, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Alexay, Sofía. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Sfalcin, Javier A. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Acevedo, Raúl M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acevedo, Raúl M. Universidad Nacional del Nordeste-CONICET. Instituto de Botánica del Nordeste; Argentina Fil: Bengoa Luoni, Sofía Ailin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina Fil: Bengoa Luoni, Sofia Ailin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Casal, Pablo E. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología; Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentina Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Fernández Do Porto, Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Fernández Do Porto, Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina Fil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Gismondi, María Inés. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Gismondi, María Inés. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Lorenzini Campos, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentina Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Mussin, Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Mussin, Javier. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Oria, Griselda. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Pisano, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba(UNC). Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella”; Argentina Fil: Posner, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Posner, Victoria. Universidad Nacional de Rosario, Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentina Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina |
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The emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; Delta (lineage B.1.627.2), initially detected in India; Lambda (lineage C.37), initially detected in Peru; Mu (lineage B.1.621), first detected in Colombia; Epsilon (lineages B.1.427 and B.1.429), initially detected in California, United States; and Zeta (lineage P.2), first detected in Rio de Janeiro, Brazil (1). Four of these variants (Alpha to Delta) have been defined as variants of concern (VOCs) given their increased transmissibility and other characteristics, while Lambda and Mu have been defined as variants of interest (VOIs). The VOCs have also been associated with an increased risk of hospitalization (2, 3) and, in the case of Beta, Gamma, and Delta, with a moderate to a substantial reduction in neutralizing activity of monoclonal antibodies, convalescent, and vaccine sera (4–6). Gamma and Lambda are particularly relevant for Argentina due to their major presence in the South American region during the time of this study. Importantly, some of these variants share mutations in the Spike protein—several of them in the receptor-binding domain region—that potentially affect transmissibility, pathogenesis, and/or response to vaccination and immune-based therapies (7, 8). PAIS is the interinstitutional federal consortium of SARS-CoV-2 genomics in Argentina. It was created by the Ministry of Science and Technology to monitor SARS-CoV-2 diversity and evolution in the country, including surveillance of SARS-CoV-2 variants of public health interest (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). The objective of this work was to implement a SARS-CoV-2 molecular surveillance strategy, in a context of limited resources, which allowed an assessment of the dynamic situation of circulation of viral variants, and at the same time, to perform genomic and evolutionary analyzes to study their origin and dispersion in our country. |
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