Use of AFLP markers to estimate molecular diversity of Phakopsora pachyrhizi
- Autores
- Rocha, Carla Maria Lourdes; Vellicce, Gabriel Ricardo; Garcia, Maria Gabriela; Pardo, Esteban Mariano; Racedo, Josefina; Perera, María Francisca; De Lucia, Adrían Darío; Gilli, Javier Ramon; Bogado, Noelia; Bonnecarrére, Victoria; German, Silvia; Marcelino, Francismar; Ledesma, Fernando; Reznikov, Sebastian; Ploper, Leonardo Daniel; Welin, Bjorn; Castagnaro, Atilio Pedro
- Año de publicación
- 2015
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- Background: Asian soybean rust (SBR) caused by Phakopsora pachyrhizi Syd. & Syd., is one of the main diseases affecting soybean and has been reported as one of the most economically important fungal pathogens worldwide. Knowledge of the genetic diversity of this fungus should be considered when developing resistance breeding strategies. We aimed to analyze the genetic diversity of P. pachyrhizi combining simple sampling with a powerful and reproducible molecular technique. Results: We employed Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique for the amplification of P. pachyrhizi DNA extracted from naturally SBR-infected plants from 23 production fields. From a total of 1919 markers obtained, 77% were polymorphic. The high percentage of polymorphism and the Nei's genetic diversity coefficient (0.22) indicated high pathogen diversity. Analysis of molecular variance showed higher genetic variation within countries than among them. Temporal analysis showed a higher genetic variation within a year than between years. Cluster, phylogenetic and principal co-ordinate analysis showed that samples group by year of collection and then by country sampled. Conclusions: The study proposed combining a simple collection of urediniospore with a subsequent analysis by AFLP was useful to examine the molecular polymorphism of samples of P. pachyrhizi collected and might have a significant contribution to the knowledge of its genetic diversity. Also, AFLP analysis is an important and potent molecular tool for the study of genetic diversity and could be useful to carry out wider genetic diversity studies.
EEA Cerro Azul
Fil: Rocha, Carla Maria Lourdes. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Vellicce, Gabriel Ricardo. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Garcia, Maria Gabriela. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Pardo, Esteban Mariano. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Racedo, Josefina. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Perera, María Francisca. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: De Lucia, Adrían Darío. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Cerro Azul; Argentina
Fil: Gilli, Javier Ramon. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina
Fil: Bogado, Noelia. Instituto Paraguayo de Tecnología Agraria. Centro de Investigación Capitán Miranda; Paraguay
Fil: Bonnecarrère, Victoria. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; Uruguay
Fil: German, Silvia. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; Uruguay
Fil: Marcelino, Francismar. Empresa Brasilera de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa). Soja; Brasil
Fil: Ledesma, Fernando. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Reznikov, Sebastian. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Ploper, Leonardo Daniel. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Welin, Bjorn. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
Fil: Castagnaro, Atilio Pedro. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina - Fuente
- Electronic Journal of Biotechnology 18 (6) : 439-444 (November 2015)
- Materia
-
Phakopsora pachyrhizi
Polimorfismo de Longitud de Fragmentos Amplificados
Marcadores Genéticos
Soja
Variación Genética
Amplified Fragment Length Polymorphism
Genetic Markers
Soybeans
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AFLP
Marcadores Moleculares - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
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We aimed to analyze the genetic diversity of P. pachyrhizi combining simple sampling with a powerful and reproducible molecular technique. Results: We employed Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique for the amplification of P. pachyrhizi DNA extracted from naturally SBR-infected plants from 23 production fields. From a total of 1919 markers obtained, 77% were polymorphic. The high percentage of polymorphism and the Nei's genetic diversity coefficient (0.22) indicated high pathogen diversity. Analysis of molecular variance showed higher genetic variation within countries than among them. Temporal analysis showed a higher genetic variation within a year than between years. Cluster, phylogenetic and principal co-ordinate analysis showed that samples group by year of collection and then by country sampled. Conclusions: The study proposed combining a simple collection of urediniospore with a subsequent analysis by AFLP was useful to examine the molecular polymorphism of samples of P. pachyrhizi collected and might have a significant contribution to the knowledge of its genetic diversity. Also, AFLP analysis is an important and potent molecular tool for the study of genetic diversity and could be useful to carry out wider genetic diversity studies.EEA Cerro AzulFil: Rocha, Carla Maria Lourdes. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Vellicce, Gabriel Ricardo. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Garcia, Maria Gabriela. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Pardo, Esteban Mariano. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Racedo, Josefina. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Perera, María Francisca. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: De Lucia, Adrían Darío. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Cerro Azul; ArgentinaFil: Gilli, Javier Ramon. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Bogado, Noelia. Instituto Paraguayo de Tecnología Agraria. Centro de Investigación Capitán Miranda; ParaguayFil: Bonnecarrère, Victoria. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; UruguayFil: German, Silvia. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; UruguayFil: Marcelino, Francismar. Empresa Brasilera de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa). Soja; BrasilFil: Ledesma, Fernando. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Reznikov, Sebastian. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Ploper, Leonardo Daniel. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Welin, Bjorn. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Castagnaro, Atilio Pedro. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. 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Temporal analysis showed a higher genetic variation within a year than between years. Cluster, phylogenetic and principal co-ordinate analysis showed that samples group by year of collection and then by country sampled. Conclusions: The study proposed combining a simple collection of urediniospore with a subsequent analysis by AFLP was useful to examine the molecular polymorphism of samples of P. pachyrhizi collected and might have a significant contribution to the knowledge of its genetic diversity. Also, AFLP analysis is an important and potent molecular tool for the study of genetic diversity and could be useful to carry out wider genetic diversity studies. EEA Cerro Azul Fil: Rocha, Carla Maria Lourdes. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Vellicce, Gabriel Ricardo. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Garcia, Maria Gabriela. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Pardo, Esteban Mariano. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Racedo, Josefina. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Perera, María Francisca. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: De Lucia, Adrían Darío. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Cerro Azul; Argentina Fil: Gilli, Javier Ramon. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina Fil: Bogado, Noelia. Instituto Paraguayo de Tecnología Agraria. Centro de Investigación Capitán Miranda; Paraguay Fil: Bonnecarrère, Victoria. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; Uruguay Fil: German, Silvia. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Estación Experimental Wilson Ferreira Aldunate. Unidad de Biotecnología; Uruguay Fil: Marcelino, Francismar. Empresa Brasilera de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa). Soja; Brasil Fil: Ledesma, Fernando. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Reznikov, Sebastian. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Ploper, Leonardo Daniel. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Welin, Bjorn. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina Fil: Castagnaro, Atilio Pedro. Gobierno de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. 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Background: Asian soybean rust (SBR) caused by Phakopsora pachyrhizi Syd. & Syd., is one of the main diseases affecting soybean and has been reported as one of the most economically important fungal pathogens worldwide. Knowledge of the genetic diversity of this fungus should be considered when developing resistance breeding strategies. We aimed to analyze the genetic diversity of P. pachyrhizi combining simple sampling with a powerful and reproducible molecular technique. Results: We employed Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique for the amplification of P. pachyrhizi DNA extracted from naturally SBR-infected plants from 23 production fields. From a total of 1919 markers obtained, 77% were polymorphic. The high percentage of polymorphism and the Nei's genetic diversity coefficient (0.22) indicated high pathogen diversity. Analysis of molecular variance showed higher genetic variation within countries than among them. Temporal analysis showed a higher genetic variation within a year than between years. Cluster, phylogenetic and principal co-ordinate analysis showed that samples group by year of collection and then by country sampled. Conclusions: The study proposed combining a simple collection of urediniospore with a subsequent analysis by AFLP was useful to examine the molecular polymorphism of samples of P. pachyrhizi collected and might have a significant contribution to the knowledge of its genetic diversity. Also, AFLP analysis is an important and potent molecular tool for the study of genetic diversity and could be useful to carry out wider genetic diversity studies. |
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