Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction

• Autores: Necci, Marco; Piovesan, Damiano; Hoque, Md Tamjidul; Walsh, Ian; Iqbal, Sumaiya; Vendruscolo, Michele; Sormanni, Pietro; Wang, Chen; Raimondi, Daniele; Sharma, Ronesh; Zhou, Yaoqi; Litfin, Thomas; Galzitskaya, Oxana Valerianovna; Lobanov, Michail Yu.; Vranken, Wim; Wallner, Björn; Mirabello, Claudio; Malhis, Nawar; Dosztányi, Zsuzsanna; Erdős, Gábor; Mészáros, Bálint; Gao, Jianzhao; Wang, Kui; Hu, Gang; Wu, Zhonghua; Sharma, Alok; Hanson, Jack; Paliwal, Kuldip; Callebaut, Isabelle; Bitard-Feildel, Tristan; Orlando, Gabriele; Peng, Zhenling; Xu, Jinbo; Wang, Sheng; Jones, David T.; Cozzetto, Domenico; Meng, Fanchi; Yan, Jing; Gsponer, Jörg; Cheng, Jianlin; Wu, Tianqi; Kurgan, Lukasz; Promponas, Vasilis J.; Tamana, Stella; Marino, Cristina Ester; Martinez Perez, Elizabeth; Chasapi, Anastasia; Ouzounis, Christos; Dunker, A. Keith; Kajava, Andrey V.; Leclercq, Jeremy Y.; Aykac-Fas, Burcu; Lambrughi, Matteo; Maiani, Emiliano; Papaleo, Elena; Chemes, Lucia Beatriz; Álvarez, Lucía; González Foutel, Nicolás Sebastián; Iglesias, Valentin; Pujols, Jordi; Ventura, Salvador; Palopoli, Nicolás; Benítez, Guillermo Ignacio; Parisi, Gustavo Daniel; Bassot, Claudio; Elofsson, Arne; Govindarajan, Sudha; Lamb, John; Salvatore, Marco; Hatos, András; Monzon, Alexander Miguel; Bevilacqua, Martina; Mi?eti?, Ivan; Minervini, Giovanni; Paladin, Lisanna; Quaglia, Federica; Leonardi, Emanuela; Davey, Norman; Horvath, Tamas; Kovacs, Orsolya Panna; Murvai, Nikoletta; Pancsa, Rita; Schad, Eva; Szabo, Beata; Tantos, Agnes; Macedo Ribeiro, Sandra; Manso, Jose Antonio; Pereira, Pedro José Barbosa; Davidović, Radoslav; Veljkovic, Nevena; Hajdu Soltész, Borbála; Pajkos, Mátyás; Szaniszló, Tamás; Guharoy, Mainak; Lazar, Tamas; Macossay Castillo, Mauricio; Tompa, Peter; Tosatto, Silvio C. E.
• Año de publicación: 2021
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: Intrinsically disordered proteins; disorder; CAID; disorder prediction
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Intrinsically disordered proteins, defying the traditional protein structure–function paradigm, are a challenge to study experimentally. Because a large part of our knowledge rests on computational predictions, it is crucial that their accuracy is high. The Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder prediction (CAID) experiment was established as a community-based blind test to determine the state of the art in prediction of intrinsically disordered regions and the subset of residues involved in binding. A total of 43 methods were evaluated on a dataset of 646 proteins from DisProt. The best methods use deep learning techniques and notably outperform physicochemical methods. The top disorder predictor has Fmax = 0.483 on the full dataset and Fmax = 0.792 following filtering out of bona fide structured regions. Disordered binding regions remain hard to predict, with Fmax = 0.231. Interestingly, computing times among methods can vary by up to four orders of magnitude.
Fil: Necci, Marco. Università di Padova; Italia
Fil: Piovesan, Damiano. Università di Padova; Italia
Fil: Hoque, Md Tamjidul. University of New Orleans; Estados Unidos
Fil: Walsh, Ian. No especifíca;
Fil: Iqbal, Sumaiya. No especifíca;
Fil: Vendruscolo, Michele. University of Cambridge; Estados Unidos
Fil: Sormanni, Pietro. University of Cambridge; Estados Unidos
Fil: Wang, Chen. Columbia University; Estados Unidos
Fil: Raimondi, Daniele. Katholikie Universiteit Leuven; Bélgica
Fil: Sharma, Ronesh. No especifíca;
Fil: Zhou, Yaoqi. Griffith University; Australia
Fil: Litfin, Thomas. Griffith University; Australia
Fil: Galzitskaya, Oxana Valerianovna. No especifíca;
Fil: Lobanov, Michail Yu.. No especifíca;
Fil: Vranken, Wim. No especifíca;
Fil: Wallner, Björn. Linköping University; Suecia
Fil: Mirabello, Claudio. Linköping University; Suecia
Fil: Malhis, Nawar. No especifíca;
Fil: Dosztányi, Zsuzsanna. Eötvös University; Hungría
Fil: Erdős, Gábor. Eötvös University; Hungría
Fil: Mészáros, Bálint. European Molecular Biology Laboratory; Alemania
Fil: Gao, Jianzhao. Nankai University; China
Fil: Wang, Kui. Nankai University; China
Fil: Hu, Gang. Nankai University; China
Fil: Wu, Zhonghua. Nankai University; China
Fil: Sharma, Alok. Griffith University; Australia
Fil: Hanson, Jack. Griffith University; Australia
Fil: Paliwal, Kuldip. Griffith University; Australia
Fil: Callebaut, Isabelle. Université Pierre et Marie Curie; Francia
Fil: Bitard-Feildel, Tristan. Université Pierre et Marie Curie; Francia
Fil: Orlando, Gabriele. Katholikie Universiteit Leuven; Bélgica
Fil: Peng, Zhenling. Tianjin University; China
Fil: Xu, Jinbo. Toyota Technological Institute At Chicago; Estados Unidos
Fil: Wang, Sheng. Toyota Technological Institute At Chicago; Estados Unidos
Fil: Jones, David T.. Colegio Universitario de Londres; Reino Unido
Fil: Cozzetto, Domenico. Colegio Universitario de Londres; Reino Unido
Fil: Meng, Fanchi. University of Alberta; Canadá
Fil: Yan, Jing. University of Alberta; Canadá
Fil: Gsponer, Jörg. Michael Smith Laboratories; Canadá
Fil: Cheng, Jianlin. University of Missouri; Estados Unidos
Fil: Wu, Tianqi. University of Missouri; Estados Unidos
Fil: Kurgan, Lukasz. Virginia Commonwealth University; Estados Unidos
Fil: Promponas, Vasilis J.. University Of Cyprus; Chipre
Fil: Tamana, Stella. University Of Cyprus; Chipre
Fil: Marino, Cristina Ester. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
Fil: Martinez Perez, Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
Fil: Chasapi, Anastasia. Centre for Research and Technology Hellas; Grecia
Fil: Ouzounis, Christos. Centre for Research and Technology Hellas; Grecia
Fil: Dunker, A. Keith. Indiana University. School of Medicine; Estados Unidos
Fil: Kajava, Andrey V.. National Research Institute of Science and Technology. Centre de Montpellier; Francia
Fil: Leclercq, Jeremy Y.. National Research Institute of Science and Technology. Centre de Montpellier; Francia
Fil: Aykac-Fas, Burcu. Danish Cancer Society Research Center; Dinamarca
Fil: Lambrughi, Matteo. Danish Cancer Society Research Center; Dinamarca
Fil: Maiani, Emiliano. Danish Cancer Society Research Center; Dinamarca
Fil: Papaleo, Elena. Danish Cancer Society Research Center; Dinamarca
Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Álvarez, Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: González Foutel, Nicolás Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Iglesias, Valentin. Universitat Autònoma de Barcelona; España
Fil: Pujols, Jordi. Universitat Autònoma de Barcelona; España
Fil: Ventura, Salvador. Universitat Autònoma de Barcelona; España
Fil: Palopoli, Nicolás. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina
Fil: Benítez, Guillermo Ignacio. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina
Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina
Fil: Bassot, Claudio. Stockholms Universitet; Suecia
Fil: Elofsson, Arne. Stockholms Universitet; Suecia
Fil: Govindarajan, Sudha. Stockholms Universitet; Suecia
Fil: Lamb, John. Stockholms Universitet; Suecia
Fil: Salvatore, Marco. Universidad de Copenhagen; Dinamarca
Fil: Hatos, András. Università di Padova; Italia
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia
Fil: Bevilacqua, Martina. Università di Padova; Italia
Fil: Mi?eti?, Ivan. Università di Padova; Italia
Fil: Minervini, Giovanni. Università di Padova; Italia
Fil: Paladin, Lisanna. Università di Padova; Italia
Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia
Fil: Leonardi, Emanuela. Università di Padova; Italia
Fil: Davey, Norman. The Institute Of Cancer Research; Reino Unido
Fil: Horvath, Tamas. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Kovacs, Orsolya Panna. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Murvai, Nikoletta. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Pancsa, Rita. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Schad, Eva. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Szabo, Beata. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Tantos, Agnes. Institute Of Enzymology; Hungría
Fil: Macedo Ribeiro, Sandra. Universidad de Porto; Portugal
Fil: Manso, Jose Antonio. Universidad de Porto; Portugal
Fil: Pereira, Pedro José Barbosa. Universidad de Porto; Portugal
Fil: Davidović, Radoslav. National Institute of thе Republic of Serbia; Serbia
Fil: Veljkovic, Nevena. National Institute of thе Republic of Serbia; Serbia
Fil: Hajdu Soltész, Borbála. Eötvös University; Hungría
Fil: Pajkos, Mátyás. Eötvös University; Hungría
Fil: Szaniszló, Tamás. Eötvös University; Hungría
Fil: Guharoy, Mainak. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Lazar, Tamas. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Macossay Castillo, Mauricio. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Tompa, Peter. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Tosatto, Silvio C. E.. Università di Padova; Italia