Genetic code change in at-rich plastid genomes of two holoperasitic plants (balanophoraceae)

Autores
Ceriotti, Luis Federico; Roulet, Maria Emilia; Garcia, Laura Evangelina; Sánchez Puerta, María Virginia
Año de publicación
2019
Idioma
inglés
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
The family Balanophoraceae (order Santalales) encompasses 14 genera of obligate root holoparasites (i.e. completely nonphotosynthetic and host-dependent plants). As in other nonphotosynthetic angiosperms, plastid genomes (ptDNA) in Balanophora spp. are characterized by a high degree of reduction in size and gene content, and low levels of GC content. In addition, a novel type of genetic-code change was discovered, in which the TAG codon codes for tryptophan instead of being a stop-codon. In this study, we sequenced and analyzed ptDNA regions of Lophophytum mirabile and Ombrophytum subterraneum (Balanophoraceae). Total DNA from both species was sequenced with Illumina technology. Also, RNAseq was performed for L. mirabile. The ptDNA assembly was carried out based on genomic and transcriptomic paired-end reads. Plastid contigs of L. mirabile and O. subterraneum had an average AT content of 79.55% and 81.75%, respectively. Ribosomal and protein coding genes showed high substitution rates, as in other members of the family. We identified a different change in the genetic code of both ptDNAs; in this case TGA (typically a stop codon) codes for tryptophan. It represents the second case of a genetic-code change in land-plant ptDNAs. RNA editing was not found in the sequenced plastid genes.
Fil: Ceriotti, Luis Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Roulet, Maria Emilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina
Fil: Garcia, Laura Evangelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
Fil: Sánchez Puerta, María Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
XVII Congreso Latinoamericano de Genética; XLVII Congreso Argentino de Genética; LII Reunión Anual de la Sociedad de Genética de Chile; VI Congreso de la Sociedad Uruguaya de Genética; V Congreso Latinoamericano de Genética Humana; V Simposio Latinoamericano de Citogenética y Evolución
Mendoza
Argentina
Asociacion Latinoamericana de Genética
Asociación Argentina de Genética
Sociedad de Genética de Chile
Sociedad Uruguaya de Genética
Red Latinoamericana de Genética Humana
V Slace
Materia
HOLOPARASITE
GENETIC CODE
PLASTID
GENOME
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Also, RNAseq was performed for L. mirabile. The ptDNA assembly was carried out based on genomic and transcriptomic paired-end reads. Plastid contigs of L. mirabile and O. subterraneum had an average AT content of 79.55% and 81.75%, respectively. Ribosomal and protein coding genes showed high substitution rates, as in other members of the family. We identified a different change in the genetic code of both ptDNAs; in this case TGA (typically a stop codon) codes for tryptophan. It represents the second case of a genetic-code change in land-plant ptDNAs. RNA editing was not found in the sequenced plastid genes.Fil: Ceriotti, Luis Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Roulet, Maria Emilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; ArgentinaFil: Garcia, Laura Evangelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Sánchez Puerta, María Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaXVII Congreso Latinoamericano de Genética; XLVII Congreso Argentino de Genética; LII Reunión Anual de la Sociedad de Genética de Chile; VI Congreso de la Sociedad Uruguaya de Genética; V Congreso Latinoamericano de Genética Humana; V Simposio Latinoamericano de Citogenética y EvoluciónMendozaArgentinaAsociacion Latinoamericana de GenéticaAsociación Argentina de GenéticaSociedad de Genética de ChileSociedad Uruguaya de GenéticaRed Latinoamericana de Genética HumanaV SlaceSociedad Argentina de Genética2019info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectCongresoJournalhttp://purl.org/coar/resource_type/c_5794info:ar-repo/semantics/documentoDeConferenciaapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/231263Genetic code change in at-rich plastid genomes of two holoperasitic plants (balanophoraceae); XVII Congreso Latinoamericano de Genética; XLVII Congreso Argentino de Genética; LII Reunión Anual de la Sociedad de Genética de Chile; VI Congreso de la Sociedad Uruguaya de Genética; V Congreso Latinoamericano de Genética Humana; V Simposio Latinoamericano de Citogenética y Evolución; Mendoza; Argentina; 2019; 279-2791852-6322CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://sag.org.ar/jbag/wp-content/uploads/2019/09/V.XXX_2019_Suppl.1_Web.pdfinfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.35407/bag.2019.XXX.01.suppInternacionalinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-10T13:17:49Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/231263instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-10 13:17:49.278CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
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Fil: Ceriotti, Luis Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
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Mendoza
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description The family Balanophoraceae (order Santalales) encompasses 14 genera of obligate root holoparasites (i.e. completely nonphotosynthetic and host-dependent plants). As in other nonphotosynthetic angiosperms, plastid genomes (ptDNA) in Balanophora spp. are characterized by a high degree of reduction in size and gene content, and low levels of GC content. In addition, a novel type of genetic-code change was discovered, in which the TAG codon codes for tryptophan instead of being a stop-codon. In this study, we sequenced and analyzed ptDNA regions of Lophophytum mirabile and Ombrophytum subterraneum (Balanophoraceae). Total DNA from both species was sequenced with Illumina technology. Also, RNAseq was performed for L. mirabile. The ptDNA assembly was carried out based on genomic and transcriptomic paired-end reads. Plastid contigs of L. mirabile and O. subterraneum had an average AT content of 79.55% and 81.75%, respectively. Ribosomal and protein coding genes showed high substitution rates, as in other members of the family. We identified a different change in the genetic code of both ptDNAs; in this case TGA (typically a stop codon) codes for tryptophan. It represents the second case of a genetic-code change in land-plant ptDNAs. RNA editing was not found in the sequenced plastid genes.
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