Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats

• Autores: Figueiró, Henrique V.; Li, Gang; Trindade, Fernanda J.; Assis, Juliana; Pais, Fabiano; Fernandes, Gabriel; Santos, Sarah H. D.; Hughes, Graham M.; Komissarov, Aleksey; Antunes, Agostinho; Trinca, Cristine S.; Rodrigues, Maíra R.; Linderoth, Tyler; Bi, Ke; Silveira, Leandro; Azevedo, Fernando C. C.; Kantek, Daniel; Ramalho, Emiliano; Brassaloti, Ricardo A.; Villela, Priscilla M. S.; Nunes, Adauto L. V.; Teixeira, Rodrigo H. F.; Morato, Ronaldo G.; Loska, Damian; Saragueta, Patricia Esther; Gabaldón, Toni; Teeling, Emma C.; O'Brien, Stephen J.; Nielsen, Rasmus; Coutinho, Luiz L.; Oliveira, Guilherme C.; Murphy, William J.; Eizirik, Eduardo
• Año de publicación: 2017
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: GENOMICA; JAGUAR; EVOLUTION; PANTHERA ONCA
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

The great cats of genus Panthera are amongst the most iconic animals in the world, capturing historical human fascination and present concern regarding their imperilled status in the wild. The five extant species derive from a recent radiation, which has posed difficulties to the resolution of their phylogeny, while offering opportunities to understand the adaptive divergence of closely related and widely successful top predators. Here we report the sequence, de novo assembly and annotation of the jaguar (Panthera onca) genome, and comparative analyses with all other Panthera species, including novel genomic data from the leopard. We observed pervasive genealogical discordance across the Panthera genomes, caused by both incomplete lineage sorting and complex patterns of historical interspecific hybridization. Introgressed genomic segments include loci bearing signatures of selective sweeps, suggesting that post-speciation admixture facilitated the evolutionary rescue of lineages affected by small and/or unstable effective population sizes. We used site-based models and genome-wide timetree scans to identify signatures of positive selection in the Panthera genomes, affecting genes involved in brain, skull and limb development, body size, sensory perception, pigmentation and behaviour. These findings reveal the complex history of the Panthera radiation and several genes that may underlie its current phenotypic diversity.
Fil: Figueiró, Henrique V.. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil
Fil: Li, Gang. Texas A&M University; Estados Unidos
Fil: Trindade, Fernanda J.. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil
Fil: Assis, Juliana. Centro de Pesquisa Rene Rachou; Brasil
Fil: Pais, Fabiano. Centro de Pesquisa Rene Rachou; Brasil
Fil: Fernandes, Gabriel. Centro de Pesquisa Rene Rachou; Brasil
Fil: Santos, Sarah H. D.. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil
Fil: Hughes, Graham M.. Universidad de Dublin; Irlanda
Fil: Komissarov, Aleksey. Saint Petersburg State University; Rusia
Fil: Antunes, Agostinho. Universidade Do Porto; Portugal
Fil: Trinca, Cristine S.. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil
Fil: Rodrigues, Maíra R.. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil
Fil: Linderoth, Tyler. University of California; Estados Unidos
Fil: Bi, Ke. University of California; Estados Unidos
Fil: Silveira, Leandro. Instituto Onça-pintada; Brasil
Fil: Azevedo, Fernando C. C.. Universidade Federal de São João del Rey; Brasil. Instituto Pró-Carnívoros; Brasil
Fil: Kantek, Daniel. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil. Instituto Pró-Carnívoros; Brasil
Fil: Ramalho, Emiliano. Instituto Pró-Carnívoros; Brasil. Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá; Brasil
Fil: Brassaloti, Ricardo A.. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; Brasil
Fil: Villela, Priscilla M. S.. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; Brasil
Fil: Nunes, Adauto L. V.. Zoológico Municipal de Sorocaba; Brasil
Fil: Teixeira, Rodrigo H. F.. Zoológico Municipal de Sorocaba; Brasil. Universidade Estadual Paulista Botucatu; Brasil
Fil: Morato, Ronaldo G.. Instituto Pró-Carnívoros; Brasil. Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade; Brasil
Fil: Loska, Damian. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Saragueta, Patricia Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Gabaldón, Toni. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España. Institució Catalana de Recerca i Estudis Avancats; España
Fil: Teeling, Emma C.. Universidad de Dublin; Irlanda
Fil: O'Brien, Stephen J.. Saint Petersburg State University; Rusia
Fil: Nielsen, Rasmus. University of California; Estados Unidos
Fil: Coutinho, Luiz L.. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; Brasil
Fil: Oliveira, Guilherme C.. Centro de Pesquisa René Rachou; Brasil
Fil: Murphy, William J.. Texas A&M University; Estados Unidos
Fil: Eizirik, Eduardo. Pontificia Universidade Catolica Do Rio Grande Do Sul; Brasil. Instituto Pró-Carnívoros; Brasil