Bioinformatically guided discovery of novel Trypanosoma cruzi epitopes recognised by CD4+ and CD8+ t cells from chronic Chagas disease patients
- Autores
- Acevedo, Gonzalo Raúl; Perez Perri, Lucas; Girard, Magalí Celeste; Fernandez, Marisa; Hernandez, Yolanda; Chadi, Raúl; Nielsen, Morten; Gomez, Karina Andrea
- Año de publicación
- 2017
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- documento de conferencia
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- T cell-mediated response has been proven to play a major role in controlling T. cruzi infection and parasite burden. It also seems to be involved in the progression from asymptomatic Chagas disease (ACD) to chronic Chagas cardiopathy (CCC) in chronically infected patients. However, the complexity of the parasite-host interactions hampers the identification and characterization of T cell activating epitopes. We approached this issue by combining in silico and in vitro methods to interrogate patients’ T cells specificity. The sequences of the 53 T. cruzi proteins annotated on the Immune Epitope Database (IEDB) were split in all possible 15-aminoacid long peptides, and 50 candidate peptides were selected using a bioinformatic pipeline (MHCpan, MHCIIpan, PopCover), based on conservation between annotated parasite strains, non-identity with H. sapiens sequences, class I and II MHC molecules binding affinity and HLA polymorphic variants coverage. Candidate peptides were randomised in 5 pools of 10 peptides each, which were used to challenge peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from chronic Chagas disease patients, in IFN-γ ELISPOT assays. Positive pool-patient pairs were re-assayed in a single-peptide fashion to identify individual active peptides. A total of 7 peptides induced IFN-γ secretion in at least one patient’s PBMC, 4 of which do not contain any previously described epitope. In combination, response to these peptides covered 33% of the patients cohort in this study (n=51), 40% of the ACD group (n=25) and 27% of the CCC group (n=26). IFN-γ ELISPOT with CD8- or CD4-depleted PBMC showed that 6 of the peptides contain MHC class II epitopes, while 1 contains an MHC class I epitope. The fact that most of these subjects responded to 1 or 0 peptides is a strong sign of HLA restricted epitopes. In summary, we predicted, validated and characterized 7 T cell-activating peptides from T. cruzi antigens, 4 of which contain epitopes first described in this work.
Fil: Acevedo, Gonzalo Raúl. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Perez Perri, Lucas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Girard, Magalí Celeste. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Fernandez, Marisa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”. Instituto Nacional de Parasitología "Dr. Mario Fatala Chaben”; Argentina
Fil: Hernandez, Yolanda. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”. Instituto Nacional de Parasitología "Dr. Mario Fatala Chaben”; Argentina
Fil: Chadi, Raúl. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Hospital General de Agudos Doctor Ignacio Pirovano; Argentina
Fil: Nielsen, Morten. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Gomez, Karina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Reunión Conjunta de Sociedades de Biociencias; LXII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Clínica; LII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Bioquímica y Biología Molecular; LXV Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Inmunología; Reunión de la Sociedad Argentina de Andrología; XLVI Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica; XIX Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biología; XLIX Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Farmacología Experimental; Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Fisiología; Reunión de la Sociedad Argentina de Hematología y XXIX Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Protozoología
Ciudad Autónoma de Buenos Aires
Argentina
Sociedad Argentina de Investigación Clínica
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Sociedad Argentina de Andrología
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Sociedad Argentina de Fisiología
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- Condiciones de uso
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The sequences of the 53 T. cruzi proteins annotated on the Immune Epitope Database (IEDB) were split in all possible 15-aminoacid long peptides, and 50 candidate peptides were selected using a bioinformatic pipeline (MHCpan, MHCIIpan, PopCover), based on conservation between annotated parasite strains, non-identity with H. sapiens sequences, class I and II MHC molecules binding affinity and HLA polymorphic variants coverage. Candidate peptides were randomised in 5 pools of 10 peptides each, which were used to challenge peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from chronic Chagas disease patients, in IFN-γ ELISPOT assays. Positive pool-patient pairs were re-assayed in a single-peptide fashion to identify individual active peptides. A total of 7 peptides induced IFN-γ secretion in at least one patient’s PBMC, 4 of which do not contain any previously described epitope. In combination, response to these peptides covered 33% of the patients cohort in this study (n=51), 40% of the ACD group (n=25) and 27% of the CCC group (n=26). IFN-γ ELISPOT with CD8- or CD4-depleted PBMC showed that 6 of the peptides contain MHC class II epitopes, while 1 contains an MHC class I epitope. The fact that most of these subjects responded to 1 or 0 peptides is a strong sign of HLA restricted epitopes. In summary, we predicted, validated and characterized 7 T cell-activating peptides from T. cruzi antigens, 4 of which contain epitopes first described in this work.Fil: Acevedo, Gonzalo Raúl. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Perez Perri, Lucas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Girard, Magalí Celeste. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Fernandez, Marisa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”. Instituto Nacional de Parasitología "Dr. Mario Fatala Chaben”; ArgentinaFil: Hernandez, Yolanda. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”. Instituto Nacional de Parasitología "Dr. Mario Fatala Chaben”; ArgentinaFil: Chadi, Raúl. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Hospital General de Agudos Doctor Ignacio Pirovano; ArgentinaFil: Nielsen, Morten. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. 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