Mamushka: Un nuevo algoritmo para detectar motivos repetidos anidados

Autores
Romero, José Rodolfo; Carballido, J. A.; Garbus, Ingrid; Echenique, Carmen Viviana; Ponzoni, Ignacio
Año de publicación
2014
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
La identificación de motivos anidados en secuencias genómicas es un problema computacional complejo. La detección de estos patrones es importante para descubrir elementos transponibles (TEs), que sufrieron inserciones, transcripciones incompletas, deleciones y mutaciones a través de su evolución. En particular, los elementos transponibles de clase I, que se caracterizan por ser los más abundantes en los genomas vegetales, constituyen bloques que pueden anidarse dentro de otros elementos de transposición, semejando las muñecas rusas. Existen diferentes metodologías para la identificación de TEs pero las mismas poseen limitaciones significativas para la detección de LTRs (Repeticiones Terminales Largas) anidados. Es por ello que se diseñó un algoritmo de novo, denominado Mamushka, que permite detectar motivos anidados, es decir motivos flanqueados por otro motivo, basado en la búsqueda exhaustiva de pares de motivos.
Fil: Romero, José Rodolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Carballido, J. A.. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
Fil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina
Fil: Ponzoni, Ignacio. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Planta Piloto de Ingeniería Química. Universidad Nacional del Sur. Planta Piloto de Ingeniería Química; Argentina
XLIII Congreso Argentino de Genética; IV Reunión Regional de la Sociedad Argentina de Genética
Bariloche
Argentina
Sociedad Argentina de Genética
Materia
elementos transponibles
secuencias genómicas
mamushka
LTR
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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