Sequencing of small RNAs of the fern Pleopeltis minima (Polypodiaceae) offers insight into the evolution of the microrna repertoire in land plants

Autores
Berruezo, Florencia; Silva Junqueira de Souza, Flavio; Picca, Pablo Ignacio; Nemirovsky, Sergio Ivan; Martínez Tosar, Leandro Julián; Rivero, Mercedes; Mentaberry, Alejandro Nestor; Zelada, Alicia Mercedes
Año de publicación
2017
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
MicroRNAs (miRNAs) are short, single stranded RNA molecules that regulate the stability and translation of messenger RNAs in diverse eukaryotic groups. Several miRNA genes are of ancient origin and have been maintained in the genomes of animal and plant taxa for hundreds of millions of years, playing key roles in development and physiology. In the last decade, genome and small RNA (sRNA) sequencing of several plant species have helped unveil the evolutionary history of land plants. Among these, the fern group (monilophytes) occupies a key phylogenetic position, as it represents the closest extant cousin taxon of seed plants, i.e. gymno-and angiosperms. However, in spite of their evolutionary, economic and ecological importance, no fern genome has been sequenced yet and few genomic resources are available for this group. Here, we sequenced the small RNA fraction of an epiphytic South American fern, Pleopeltis minima (Polypodiaceae), and compared it to plant miRNA databases, allowing for the identification of miRNA families that are shared by all land plants, shared by all vascular plants (tracheophytes) or shared by euphyllophytes (ferns and seed plants) only. Using the recently described transcriptome of another fern, Lygodium japonicum, we also estimated the degree of conservation of fern miRNA targets in relation to other plant groups. Our results pinpoint the origin of several miRNA families in the land plant evolutionary tree with more precision and are a resource for future genomic and functional studies of fern miRNAs.
Fil: Berruezo, Florencia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina
Fil: Silva Junqueira de Souza, Flavio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Picca, Pablo Ignacio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; Argentina
Fil: Nemirovsky, Sergio Ivan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Martínez Tosar, Leandro Julián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; Argentina
Fil: Rivero, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; Argentina
Fil: Zelada, Alicia Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; Argentina
Materia
MICRORNA
EVOLUTION
PLANTS
FERNS
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
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Institución
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spelling Sequencing of small RNAs of the fern Pleopeltis minima (Polypodiaceae) offers insight into the evolution of the microrna repertoire in land plantsBerruezo, FlorenciaSilva Junqueira de Souza, FlavioPicca, Pablo IgnacioNemirovsky, Sergio IvanMartínez Tosar, Leandro JuliánRivero, MercedesMentaberry, Alejandro NestorZelada, Alicia MercedesMICRORNAEVOLUTIONPLANTSFERNShttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1MicroRNAs (miRNAs) are short, single stranded RNA molecules that regulate the stability and translation of messenger RNAs in diverse eukaryotic groups. Several miRNA genes are of ancient origin and have been maintained in the genomes of animal and plant taxa for hundreds of millions of years, playing key roles in development and physiology. In the last decade, genome and small RNA (sRNA) sequencing of several plant species have helped unveil the evolutionary history of land plants. Among these, the fern group (monilophytes) occupies a key phylogenetic position, as it represents the closest extant cousin taxon of seed plants, i.e. gymno-and angiosperms. However, in spite of their evolutionary, economic and ecological importance, no fern genome has been sequenced yet and few genomic resources are available for this group. Here, we sequenced the small RNA fraction of an epiphytic South American fern, Pleopeltis minima (Polypodiaceae), and compared it to plant miRNA databases, allowing for the identification of miRNA families that are shared by all land plants, shared by all vascular plants (tracheophytes) or shared by euphyllophytes (ferns and seed plants) only. Using the recently described transcriptome of another fern, Lygodium japonicum, we also estimated the degree of conservation of fern miRNA targets in relation to other plant groups. Our results pinpoint the origin of several miRNA families in the land plant evolutionary tree with more precision and are a resource for future genomic and functional studies of fern miRNAs.Fil: Berruezo, Florencia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; ArgentinaFil: Silva Junqueira de Souza, Flavio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Picca, Pablo Ignacio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Nemirovsky, Sergio Ivan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Martínez Tosar, Leandro Julián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; ArgentinaFil: Rivero, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; ArgentinaFil: Zelada, Alicia Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. 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