Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas

Autores
Quintana, Silverio Andrés; Grossi, Cecilia Eugenia María; Espinoza, Rodrigo; Ulloa, Rita Maria
Año de publicación
2021
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Los estreses abióticos y bióticos impactan negativamente en el desarrollo de las plantas afectando diferentes parámetros biométricos (por ejemplo, la longitud del vástago o de la raíz) que pueden medirse a distintos tiempos de aplicado el estrés. Sin embargo, es fundamental realizar un adecuado análisis estadístico de los datos numéricos obtenidos para evaluar el efecto del estrés sobre la planta. Por este motivo, a través del uso del lenguaje R, se creó el paquete denominado “Plantico” que realiza el análisis de la varianza (ANOVA) y somete los datos a la prueba de Tukey. Además, permite obtener las gráficas de barra, de puntos, y diagrama de caja para los “t” días del ensayo. Para validar la utilidad del paquete se determinó la longitud de la raíz de plántulas de Arabidopsis crecidas en condiciones control (MS 0,5x) o expuestas a estrés salino (MS 0,5x +75 mM NaCl) u osmótico (MS 0,5x +100 mM manitol) durante 7 días. El análisis estadístico de los datos obtenidos y los gráficos correspondientes se procesaron con Plantico. Esta herramienta puede ser descargada y utilizada de manera gratuita y puede configurarse para incluir otras variables biométricas o diferentes tiempos de estudio. Plantico facilita el análisis estadístico y la visualización de los datos experimentales.
Abiotic and biotic stresses negatively impact on plant development affecting biometric parameters, such as root or shoot length, that can be measured at different time points. An adequate statistical analysis of the data is required to evaluate the effect of each stress condition. Thus, Plantico, an open-source R statistical analysis package that performs the analysis of variance (ANOVA) followed by Tukey´s test, as well as the bar, line, and box plots at a given "t” time of the assay was created. An assay was conducted with Arabidopsis seedlings grown in vitro under control (MS 0.5x), saline (MS 0.5X + 75 mM NaCl) or osmotic (MS 0.5 x + 100 mM mannitol) conditions and root length was determined to validate this package. Statistical analysis of the data and the corresponding graphs were performed with Plantico. This tool can be downloaded and used for free and can be modified to include other biometric parameters and time points. Plantico is a user-friendly package that enables statistical analysis and the visualization of experimental data.
Fil: Quintana, Silverio Andrés. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay
Fil: Grossi, Cecilia Eugenia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Espinoza, Rodrigo. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay
Fil: Ulloa, Rita Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Materia
lenguaje R
Plantico
análisis estadístico
parámetros biométricos
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/153132

id CONICETDig_453ce4817ba31d99fc16347c64906ca4
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/153132
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantasPlantico, an R statistical analysis package for plant biometric parametersQuintana, Silverio AndrésGrossi, Cecilia Eugenia MaríaEspinoza, RodrigoUlloa, Rita Marialenguaje RPlanticoanálisis estadísticoparámetros biométricoshttps://purl.org/becyt/ford/1.2https://purl.org/becyt/ford/1Los estreses abióticos y bióticos impactan negativamente en el desarrollo de las plantas afectando diferentes parámetros biométricos (por ejemplo, la longitud del vástago o de la raíz) que pueden medirse a distintos tiempos de aplicado el estrés. Sin embargo, es fundamental realizar un adecuado análisis estadístico de los datos numéricos obtenidos para evaluar el efecto del estrés sobre la planta. Por este motivo, a través del uso del lenguaje R, se creó el paquete denominado “Plantico” que realiza el análisis de la varianza (ANOVA) y somete los datos a la prueba de Tukey. Además, permite obtener las gráficas de barra, de puntos, y diagrama de caja para los “t” días del ensayo. Para validar la utilidad del paquete se determinó la longitud de la raíz de plántulas de Arabidopsis crecidas en condiciones control (MS 0,5x) o expuestas a estrés salino (MS 0,5x +75 mM NaCl) u osmótico (MS 0,5x +100 mM manitol) durante 7 días. El análisis estadístico de los datos obtenidos y los gráficos correspondientes se procesaron con Plantico. Esta herramienta puede ser descargada y utilizada de manera gratuita y puede configurarse para incluir otras variables biométricas o diferentes tiempos de estudio. Plantico facilita el análisis estadístico y la visualización de los datos experimentales.Abiotic and biotic stresses negatively impact on plant development affecting biometric parameters, such as root or shoot length, that can be measured at different time points. An adequate statistical analysis of the data is required to evaluate the effect of each stress condition. Thus, Plantico, an open-source R statistical analysis package that performs the analysis of variance (ANOVA) followed by Tukey´s test, as well as the bar, line, and box plots at a given "t” time of the assay was created. An assay was conducted with Arabidopsis seedlings grown in vitro under control (MS 0.5x), saline (MS 0.5X + 75 mM NaCl) or osmotic (MS 0.5 x + 100 mM mannitol) conditions and root length was determined to validate this package. Statistical analysis of the data and the corresponding graphs were performed with Plantico. This tool can be downloaded and used for free and can be modified to include other biometric parameters and time points. Plantico is a user-friendly package that enables statistical analysis and the visualization of experimental data.Fil: Quintana, Silverio Andrés. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Grossi, Cecilia Eugenia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Espinoza, Rodrigo. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Ulloa, Rita Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaEdiciones Futuro2021-10info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/153132Quintana, Silverio Andrés; Grossi, Cecilia Eugenia María; Espinoza, Rodrigo; Ulloa, Rita Maria; Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas; Ediciones Futuro; Revista Cubana de Ciencias Informáticas; 15; 4; 10-20212227-1899CONICET DigitalCONICETspainfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://rcci.uci.cu/?journal=rcci&page=article&op=view&path%5B%5D=2199info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2227-18992021000400045info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-29T09:49:58Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/153132instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 09:49:59.042CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
Plantico, an R statistical analysis package for plant biometric parameters
title Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
spellingShingle Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
Quintana, Silverio Andrés
lenguaje R
Plantico
análisis estadístico
parámetros biométricos
title_short Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
title_full Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
title_fullStr Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
title_full_unstemmed Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
title_sort Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas
dc.creator.none.fl_str_mv Quintana, Silverio Andrés
Grossi, Cecilia Eugenia María
Espinoza, Rodrigo
Ulloa, Rita Maria
author Quintana, Silverio Andrés
author_facet Quintana, Silverio Andrés
Grossi, Cecilia Eugenia María
Espinoza, Rodrigo
Ulloa, Rita Maria
author_role author
author2 Grossi, Cecilia Eugenia María
Espinoza, Rodrigo
Ulloa, Rita Maria
author2_role author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv lenguaje R
Plantico
análisis estadístico
parámetros biométricos
topic lenguaje R
Plantico
análisis estadístico
parámetros biométricos
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.2
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv Los estreses abióticos y bióticos impactan negativamente en el desarrollo de las plantas afectando diferentes parámetros biométricos (por ejemplo, la longitud del vástago o de la raíz) que pueden medirse a distintos tiempos de aplicado el estrés. Sin embargo, es fundamental realizar un adecuado análisis estadístico de los datos numéricos obtenidos para evaluar el efecto del estrés sobre la planta. Por este motivo, a través del uso del lenguaje R, se creó el paquete denominado “Plantico” que realiza el análisis de la varianza (ANOVA) y somete los datos a la prueba de Tukey. Además, permite obtener las gráficas de barra, de puntos, y diagrama de caja para los “t” días del ensayo. Para validar la utilidad del paquete se determinó la longitud de la raíz de plántulas de Arabidopsis crecidas en condiciones control (MS 0,5x) o expuestas a estrés salino (MS 0,5x +75 mM NaCl) u osmótico (MS 0,5x +100 mM manitol) durante 7 días. El análisis estadístico de los datos obtenidos y los gráficos correspondientes se procesaron con Plantico. Esta herramienta puede ser descargada y utilizada de manera gratuita y puede configurarse para incluir otras variables biométricas o diferentes tiempos de estudio. Plantico facilita el análisis estadístico y la visualización de los datos experimentales.
Abiotic and biotic stresses negatively impact on plant development affecting biometric parameters, such as root or shoot length, that can be measured at different time points. An adequate statistical analysis of the data is required to evaluate the effect of each stress condition. Thus, Plantico, an open-source R statistical analysis package that performs the analysis of variance (ANOVA) followed by Tukey´s test, as well as the bar, line, and box plots at a given "t” time of the assay was created. An assay was conducted with Arabidopsis seedlings grown in vitro under control (MS 0.5x), saline (MS 0.5X + 75 mM NaCl) or osmotic (MS 0.5 x + 100 mM mannitol) conditions and root length was determined to validate this package. Statistical analysis of the data and the corresponding graphs were performed with Plantico. This tool can be downloaded and used for free and can be modified to include other biometric parameters and time points. Plantico is a user-friendly package that enables statistical analysis and the visualization of experimental data.
Fil: Quintana, Silverio Andrés. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay
Fil: Grossi, Cecilia Eugenia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
Fil: Espinoza, Rodrigo. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay
Fil: Ulloa, Rita Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
description Los estreses abióticos y bióticos impactan negativamente en el desarrollo de las plantas afectando diferentes parámetros biométricos (por ejemplo, la longitud del vástago o de la raíz) que pueden medirse a distintos tiempos de aplicado el estrés. Sin embargo, es fundamental realizar un adecuado análisis estadístico de los datos numéricos obtenidos para evaluar el efecto del estrés sobre la planta. Por este motivo, a través del uso del lenguaje R, se creó el paquete denominado “Plantico” que realiza el análisis de la varianza (ANOVA) y somete los datos a la prueba de Tukey. Además, permite obtener las gráficas de barra, de puntos, y diagrama de caja para los “t” días del ensayo. Para validar la utilidad del paquete se determinó la longitud de la raíz de plántulas de Arabidopsis crecidas en condiciones control (MS 0,5x) o expuestas a estrés salino (MS 0,5x +75 mM NaCl) u osmótico (MS 0,5x +100 mM manitol) durante 7 días. El análisis estadístico de los datos obtenidos y los gráficos correspondientes se procesaron con Plantico. Esta herramienta puede ser descargada y utilizada de manera gratuita y puede configurarse para incluir otras variables biométricas o diferentes tiempos de estudio. Plantico facilita el análisis estadístico y la visualización de los datos experimentales.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021-10
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/153132
Quintana, Silverio Andrés; Grossi, Cecilia Eugenia María; Espinoza, Rodrigo; Ulloa, Rita Maria; Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas; Ediciones Futuro; Revista Cubana de Ciencias Informáticas; 15; 4; 10-2021
2227-1899
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/153132
identifier_str_mv Quintana, Silverio Andrés; Grossi, Cecilia Eugenia María; Espinoza, Rodrigo; Ulloa, Rita Maria; Plantico, un paquete en R para análisis estadístico de variables biométricas de plantas; Ediciones Futuro; Revista Cubana de Ciencias Informáticas; 15; 4; 10-2021
2227-1899
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://rcci.uci.cu/?journal=rcci&page=article&op=view&path%5B%5D=2199
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2227-18992021000400045
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Ediciones Futuro
publisher.none.fl_str_mv Ediciones Futuro
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844613543680278528
score 13.070432