PED in 2021: A major update of the protein ensemble database for intrinsically disordered proteins
- Autores
- Lazar, Tamas; Martinez Perez, Elizabeth; Quaglia, Federica; Hatos, András; Chemes, Lucia Beatriz; Iserte, Javier Alonso; Méndez, Nicolás Agustín; Garrone, Nicolás Agustín; Saldaño, Tadeo Enrique; Marchetti, Julia; Velez Rueda, Ana Julia; Bernadó, Pau; Blackledge, Martin; Cordeiro, Tiago N.; Fagerberg, Eric; Forman Kay, Julie D; Fornasari, Maria Silvina; Gibson, Toby James; Gomes, Gregory Neal W; Gradinaru, Claudiu C.; Head Gordon, Teresa; Jensen, Malene Ringkjøbing; Lemke, Edward A; Longhi, Sonia; Marino Buslje, Cristina; Minervini, Giovanni; Mittag, Tanja; Monzon, Alexander Miguel; Pappu, Rohit V.; Parisi, Gustavo Daniel
- Año de publicación
- 2021
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- The Protein Ensemble Database (PED) (https://proteinensemble.org), which holds structural ensembles of intrinsically disordered proteins (IDPs), has been significantly updated and upgraded since its last release in 2016. The new version, PED 4.0, has been completely redesigned and reimplemented with cutting-edge technology and now holds about six times more data (162 versus 24 entries and 242 versus 60 structural ensembles) and a broader representation of state of the art ensemble generation methods than the previous version. The database has a completely renewed graphical interface with an interactive feature viewer for region-based annotations, and provides a series of descriptors of the qualitative and quantitative properties of the ensembles. High quality of the data is guaranteed by a new submission process, which combines both automatic and manual evaluation steps. A team of biocurators integrate structured metadata describing the ensemble generation methodology, experimental constraints and conditions. A new search engine allows the user to build advanced queries and search all entry fields including cross-references to IDP-related resources such as DisProt, MobiDB, BMRB and SASBDB. We expect that the renewed PED will be useful for researchers interested in the atomic-level understanding of IDP function, and promote the rational, structure-based design of IDP-targeting drugs.
Fil: Lazar, Tamas. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Martinez Perez, Elizabeth. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia
Fil: Hatos, András. Università di Padova; Italia
Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
Fil: Méndez, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Garrone, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Saldaño, Tadeo Enrique. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Velez Rueda, Ana Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Bernadó, Pau. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Blackledge, Martin. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Cordeiro, Tiago N.. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Universidade Nova de Lisboa; Portugal
Fil: Fagerberg, Eric. Lund University; Suecia
Fil: Forman Kay, Julie D. University Of Toronto. Hospital For Sick Children; Canadá. University of Toronto; Canadá
Fil: Fornasari, Maria Silvina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Gibson, Toby James. European Molecular Biology Laboratory; Alemania
Fil: Gomes, Gregory Neal W. University of Toronto; Canadá
Fil: Gradinaru, Claudiu C.. University of Toronto; Canadá
Fil: Head Gordon, Teresa. University of California; Estados Unidos
Fil: Jensen, Malene Ringkjøbing. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Lemke, Edward A. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
Fil: Longhi, Sonia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Marino Buslje, Cristina. Fundación Instituto Leloir; Argentina
Fil: Minervini, Giovanni. Università di Padova; Italia
Fil: Mittag, Tanja. St. Jude Children's Research Hospital; Estados Unidos
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia
Fil: Pappu, Rohit V.. Washington University in St. Louis; Estados Unidos
Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina - Materia
-
ENSEMBLE
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PROTEINS
IDP - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
- https://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.5/ar/
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The new version, PED 4.0, has been completely redesigned and reimplemented with cutting-edge technology and now holds about six times more data (162 versus 24 entries and 242 versus 60 structural ensembles) and a broader representation of state of the art ensemble generation methods than the previous version. The database has a completely renewed graphical interface with an interactive feature viewer for region-based annotations, and provides a series of descriptors of the qualitative and quantitative properties of the ensembles. High quality of the data is guaranteed by a new submission process, which combines both automatic and manual evaluation steps. A team of biocurators integrate structured metadata describing the ensemble generation methodology, experimental constraints and conditions. A new search engine allows the user to build advanced queries and search all entry fields including cross-references to IDP-related resources such as DisProt, MobiDB, BMRB and SASBDB. 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Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Saldaño, Tadeo Enrique. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Velez Rueda, Ana Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Bernadó, Pau. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Blackledge, Martin. 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A team of biocurators integrate structured metadata describing the ensemble generation methodology, experimental constraints and conditions. A new search engine allows the user to build advanced queries and search all entry fields including cross-references to IDP-related resources such as DisProt, MobiDB, BMRB and SASBDB. We expect that the renewed PED will be useful for researchers interested in the atomic-level understanding of IDP function, and promote the rational, structure-based design of IDP-targeting drugs. Fil: Lazar, Tamas. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica Fil: Martinez Perez, Elizabeth. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia Fil: Hatos, András. Università di Padova; Italia Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina Fil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Méndez, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina Fil: Garrone, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina Fil: Saldaño, Tadeo Enrique. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Velez Rueda, Ana Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Bernadó, Pau. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Blackledge, Martin. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Cordeiro, Tiago N.. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Universidade Nova de Lisboa; Portugal Fil: Fagerberg, Eric. Lund University; Suecia Fil: Forman Kay, Julie D. University Of Toronto. Hospital For Sick Children; Canadá. University of Toronto; Canadá Fil: Fornasari, Maria Silvina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Gibson, Toby James. European Molecular Biology Laboratory; Alemania Fil: Gomes, Gregory Neal W. University of Toronto; Canadá Fil: Gradinaru, Claudiu C.. University of Toronto; Canadá Fil: Head Gordon, Teresa. University of California; Estados Unidos Fil: Jensen, Malene Ringkjøbing. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Lemke, Edward A. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania Fil: Longhi, Sonia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia Fil: Marino Buslje, Cristina. Fundación Instituto Leloir; Argentina Fil: Minervini, Giovanni. Università di Padova; Italia Fil: Mittag, Tanja. St. Jude Children's Research Hospital; Estados Unidos Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia Fil: Pappu, Rohit V.. Washington University in St. Louis; Estados Unidos Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. 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