PED in 2024: improving the community deposition of structural ensembles for intrinsically disordered proteins

• Autores: Ghafouri, Hamidreza; Lazar, Tamas; Del Conte, Alessio; Tenorio Ku, Luiggi G.; Aspromonte, Maria C.; Bernadó, Pau; Chaves Arquero, Belén; Chemes, Lucia Beatriz; Clementel, Damiano; Cordeiro, Tiago N.; Elena Real, Carlos A.; Feig, Michael; Felli, Isabella C.; Ferrari, Carlo; Forman Kay, Julie D.; Gomes, Tiago; Gondelaud, Frank; Gradinaru, Claudiu C.; Ha Duong, Tâp; Head Gordon, Teresa; Heidarsson, Pétur O.; Janson, Giacomo; Jeschke, Gunnar; Leonardi, Emanuela; Liu, Zi Hao; Longhi, Sonia; Lund, Xamuel L.; Macias, Maria J.; Martin Malpartida, Pau; Mercadante, Davide; Mouhand, Assia; Nagy, Gabor; Nugnes, María Victoria; Pérez Cañadillas, José Manuel; Pesce, Giulia; Pierattelli, Roberta; Piovesan, Damiano; Quaglia, Federica; Ricard Blum, Sylvie; Robustelli, Paul; Sagar, Amin; Salladini, Edoardo; Sénicourt, Lucile; Sibille, Nathalie; Teixeira, João M. C.; Tsangaris, Thomas E.; Varadi, Mihaly; Tompa, Peter; Tosatto, Silvio C. E.; Monzon, Alexander Miguel
• Año de publicación: 2024
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: DISORDERED PROTEINS; PROTEIN ENSEMBLE; BIOINFORMATICS
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

The Protein Ensemble Database (PED) (URL: https://proteinensemble.org) is the primary resource for depositing structural ensembles of intrinsically disordered proteins. This updated version of PED reflects advancements in the field, denoting a continual expansion with a total of 461 entries and 538 ensembles, including those generated without explicit experimental data through novel machine learning (ML) techniques. With this significant increment in the number of ensembles, a few yet-unprecedented new entries entered the database, including those also determined or refined by electron paramagnetic resonance or circular dichroism data. In addition, PED was enriched with several new features, including a novel deposition service, improved user interface, new database cross-referencing options and integration with the 3D-Beacons network-all representing efforts to improve the FAIRness of the database. Foreseeably, PED will keep growing in size and expanding with new types of ensembles generated by accurate and fast ML-based generative models and coarse-grained simulations. Therefore, among future efforts, priority will be given to further develop the database to be compatible with ensembles modeled at a coarse-grained level.
Fil: Ghafouri, Hamidreza. Università di Padova; Italia
Fil: Lazar, Tamas. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Del Conte, Alessio. Università di Padova; Italia
Fil: Tenorio Ku, Luiggi G.. Università di Padova; Italia
Fil: Aspromonte, Maria C.. Università di Padova; Italia
Fil: Bernadó, Pau. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
Fil: Chaves Arquero, Belén. Università di Padova; Italia
Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: Clementel, Damiano. Università di Padova; Italia
Fil: Cordeiro, Tiago N.. Universidade Nova de Lisboa; Portugal
Fil: Elena Real, Carlos A.. Inserm; Francia
Fil: Feig, Michael. Michigan State University; Estados Unidos
Fil: Felli, Isabella C.. University of Florence; Italia
Fil: Ferrari, Carlo. Università di Padova; Italia
Fil: Forman Kay, Julie D.. University of Toronto; Canadá
Fil: Gomes, Tiago. Universidade Nova de Lisboa; Portugal
Fil: Gondelaud, Frank. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Gradinaru, Claudiu C.. University of Toronto; Canadá
Fil: Ha Duong, Tâp. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Head Gordon, Teresa. University of California; Estados Unidos
Fil: Heidarsson, Pétur O.. Michigan State University; Estados Unidos
Fil: Janson, Giacomo. No especifíca;
Fil: Jeschke, Gunnar. Università di Padova; Italia
Fil: Leonardi, Emanuela. Università di Padova; Italia
Fil: Liu, Zi Hao. University of Toronto; Canadá
Fil: Longhi, Sonia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Lund, Xamuel L.. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Macias, Maria J.. The Barcelona Institute of Science and Technology; España
Fil: Martin Malpartida, Pau. The Barcelona Institute of Science and Technology; España
Fil: Mercadante, Davide. University of Auckland; Nueva Zelanda
Fil: Mouhand, Assia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Nagy, Gabor. Max Planck Institute for Biophysical Chemistry; Alemania
Fil: Nugnes, María Victoria. Università di Padova; Italia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Pérez Cañadillas, José Manuel. Consejo Superior de Investigaciones Científicas; España
Fil: Pesce, Giulia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Pierattelli, Roberta. University of Florence; Italia
Fil: Piovesan, Damiano. Università di Padova; Italia
Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia
Fil: Ricard Blum, Sylvie. Université Claude Bernard Lyon 1; Francia
Fil: Robustelli, Paul. Dartmouth College; Estados Unidos
Fil: Sagar, Amin. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Salladini, Edoardo. Università di Torino; Italia
Fil: Sénicourt, Lucile. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Sibille, Nathalie. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
Fil: Teixeira, João M. C.. The Hospital for Sick Children; Canadá
Fil: Tsangaris, Thomas E.. University of Toronto; Canadá
Fil: Varadi, Mihaly. No especifíca;
Fil: Tompa, Peter. Vrije Universiteit Amsterdam; Países Bajos
Fil: Tosatto, Silvio C. E.. Università di Padova; Italia
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia