An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples

Autores
Repetto, Silvia; Alba Soto, Catalina Dirney; Cazorla, Silvia Ines; Tayeldin, Maria Lia; Cuello, María Soledad; Lasala, María Beatriz; Tekiel, Valeria Sonia; Gonzalez, Stella Maris
Año de publicación
2013
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Strongyloides stercoralis is a nematode that causes severe infections in immunocompromised patients. The low parasitic burden of chronically infected patients makes diagnosis difficult to achieve by conventional methods. Here, an in-house (IH) method for the isolation of parasite DNA from stools and a PCR assay for the molecular diagnosis of S. stercoralis were optimized. DNA yield and purity improved with the IH method which included a step of incubation of stool samples with a glycine–SDS buffer and mechanical disruption prior to DNA extraction. For the PCR assay, the addition of bovine serum albumin was required to neutralize inhibitors present in stool. The analytical sensitivity of the PCR using DNA as template, isolated with the IH method, was superior to the commercial one. This study demonstrates that a combined method that adds the step of glycine–SDS buffer incubation plus mechanical disruption prior to DNA isolation with the commercial kit increased PCR sensitivity to levels of the IH method. Finally, our assay was tested on 17 clinical samples. With the IH method for DNA isolation, a S. stercoralis specific band was detected by PCR in the first stool sample in all patients (17/17), while with the commercial kit, our S. stercoralis-specific band was only observed in 7 samples. The superior efficiency of the IH and combined methods over the commercial kit was demonstrated when applied to clinical samples with low parasitic burden. These results show that the DNA extraction procedure is a key to increase sensitivity of the S. stercoralis PCR assay in stool samples. The method developed here could help to improve the molecular diagnosis of S. stercoralis.
Fil: Repetto, S. A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Alba Soto, Catalina Dirney. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Cazorla, Silvia Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Tayeldin, Maria Lia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Cuello Pagnone, Marina Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Lasala, M. B.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina
Fil: Tekiel, Valeria Sonia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: González Cappa, S. M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Materia
STRONGYLOIDES STERCORALIS
NEMATODE DNA ISOLATION
MOLECULAR DIAGNOSIS
STOOL SAMPLE DNA ISOLATION
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/26458
Acceder
id CONICETDig_29acc663fec5fc9c9d3792382e2e4184
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/26458
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samplesRepetto, SilviaAlba Soto, Catalina DirneyCazorla, Silvia InesTayeldin, Maria LiaCuello, María SoledadLasala, María BeatrizTekiel, Valeria SoniaGonzalez, Stella MarisSTRONGYLOIDES STERCORALISNEMATODE DNA ISOLATIONMOLECULAR DIAGNOSISSTOOL SAMPLE DNA ISOLATIONhttps://purl.org/becyt/ford/3.3https://purl.org/becyt/ford/3Strongyloides stercoralis is a nematode that causes severe infections in immunocompromised patients. The low parasitic burden of chronically infected patients makes diagnosis difficult to achieve by conventional methods. Here, an in-house (IH) method for the isolation of parasite DNA from stools and a PCR assay for the molecular diagnosis of S. stercoralis were optimized. DNA yield and purity improved with the IH method which included a step of incubation of stool samples with a glycine–SDS buffer and mechanical disruption prior to DNA extraction. For the PCR assay, the addition of bovine serum albumin was required to neutralize inhibitors present in stool. The analytical sensitivity of the PCR using DNA as template, isolated with the IH method, was superior to the commercial one. This study demonstrates that a combined method that adds the step of glycine–SDS buffer incubation plus mechanical disruption prior to DNA isolation with the commercial kit increased PCR sensitivity to levels of the IH method. Finally, our assay was tested on 17 clinical samples. With the IH method for DNA isolation, a S. stercoralis specific band was detected by PCR in the first stool sample in all patients (17/17), while with the commercial kit, our S. stercoralis-specific band was only observed in 7 samples. The superior efficiency of the IH and combined methods over the commercial kit was demonstrated when applied to clinical samples with low parasitic burden. These results show that the DNA extraction procedure is a key to increase sensitivity of the S. stercoralis PCR assay in stool samples. The method developed here could help to improve the molecular diagnosis of S. stercoralis.Fil: Repetto, S. A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Alba Soto, Catalina Dirney. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cazorla, Silvia Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Tayeldin, Maria Lia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cuello Pagnone, Marina Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Lasala, M. B.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Tekiel, Valeria Sonia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: González Cappa, S. M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaElsevier Science2013-02info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/26458Repetto, Silvia; Alba Soto, Catalina Dirney; Cazorla, Silvia Ines; Tayeldin, Maria Lia; Cuello, María Soledad; et al.; An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples; Elsevier Science; Acta Tropica; 126; 2; 2-2013; 110-1140001-706Xenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X13000272info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.actatropica.2013.02.003info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-22T12:03:43Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/26458instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-22 12:03:43.33CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
title An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
spellingShingle An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
Repetto, Silvia
STRONGYLOIDES STERCORALIS
NEMATODE DNA ISOLATION
MOLECULAR DIAGNOSIS
STOOL SAMPLE DNA ISOLATION
title_short An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
title_full An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
title_fullStr An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
title_full_unstemmed An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
title_sort An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
dc.creator.none.fl_str_mv Repetto, Silvia
Alba Soto, Catalina Dirney
Cazorla, Silvia Ines
Tayeldin, Maria Lia
Cuello, María Soledad
Lasala, María Beatriz
Tekiel, Valeria Sonia
Gonzalez, Stella Maris
author Repetto, Silvia
author_facet Repetto, Silvia
Alba Soto, Catalina Dirney
Cazorla, Silvia Ines
Tayeldin, Maria Lia
Cuello, María Soledad
Lasala, María Beatriz
Tekiel, Valeria Sonia
Gonzalez, Stella Maris
author_role author
author2 Alba Soto, Catalina Dirney
Cazorla, Silvia Ines
Tayeldin, Maria Lia
Cuello, María Soledad
Lasala, María Beatriz
Tekiel, Valeria Sonia
Gonzalez, Stella Maris
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv STRONGYLOIDES STERCORALIS
NEMATODE DNA ISOLATION
MOLECULAR DIAGNOSIS
STOOL SAMPLE DNA ISOLATION
topic STRONGYLOIDES STERCORALIS
NEMATODE DNA ISOLATION
MOLECULAR DIAGNOSIS
STOOL SAMPLE DNA ISOLATION
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/3.3
https://purl.org/becyt/ford/3
dc.description.none.fl_txt_mv Strongyloides stercoralis is a nematode that causes severe infections in immunocompromised patients. The low parasitic burden of chronically infected patients makes diagnosis difficult to achieve by conventional methods. Here, an in-house (IH) method for the isolation of parasite DNA from stools and a PCR assay for the molecular diagnosis of S. stercoralis were optimized. DNA yield and purity improved with the IH method which included a step of incubation of stool samples with a glycine–SDS buffer and mechanical disruption prior to DNA extraction. For the PCR assay, the addition of bovine serum albumin was required to neutralize inhibitors present in stool. The analytical sensitivity of the PCR using DNA as template, isolated with the IH method, was superior to the commercial one. This study demonstrates that a combined method that adds the step of glycine–SDS buffer incubation plus mechanical disruption prior to DNA isolation with the commercial kit increased PCR sensitivity to levels of the IH method. Finally, our assay was tested on 17 clinical samples. With the IH method for DNA isolation, a S. stercoralis specific band was detected by PCR in the first stool sample in all patients (17/17), while with the commercial kit, our S. stercoralis-specific band was only observed in 7 samples. The superior efficiency of the IH and combined methods over the commercial kit was demonstrated when applied to clinical samples with low parasitic burden. These results show that the DNA extraction procedure is a key to increase sensitivity of the S. stercoralis PCR assay in stool samples. The method developed here could help to improve the molecular diagnosis of S. stercoralis.
Fil: Repetto, S. A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Alba Soto, Catalina Dirney. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Cazorla, Silvia Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Tayeldin, Maria Lia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Cuello Pagnone, Marina Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Lasala, M. B.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina
Fil: Tekiel, Valeria Sonia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
Fil: González Cappa, S. M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
description Strongyloides stercoralis is a nematode that causes severe infections in immunocompromised patients. The low parasitic burden of chronically infected patients makes diagnosis difficult to achieve by conventional methods. Here, an in-house (IH) method for the isolation of parasite DNA from stools and a PCR assay for the molecular diagnosis of S. stercoralis were optimized. DNA yield and purity improved with the IH method which included a step of incubation of stool samples with a glycine–SDS buffer and mechanical disruption prior to DNA extraction. For the PCR assay, the addition of bovine serum albumin was required to neutralize inhibitors present in stool. The analytical sensitivity of the PCR using DNA as template, isolated with the IH method, was superior to the commercial one. This study demonstrates that a combined method that adds the step of glycine–SDS buffer incubation plus mechanical disruption prior to DNA isolation with the commercial kit increased PCR sensitivity to levels of the IH method. Finally, our assay was tested on 17 clinical samples. With the IH method for DNA isolation, a S. stercoralis specific band was detected by PCR in the first stool sample in all patients (17/17), while with the commercial kit, our S. stercoralis-specific band was only observed in 7 samples. The superior efficiency of the IH and combined methods over the commercial kit was demonstrated when applied to clinical samples with low parasitic burden. These results show that the DNA extraction procedure is a key to increase sensitivity of the S. stercoralis PCR assay in stool samples. The method developed here could help to improve the molecular diagnosis of S. stercoralis.
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013-02
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/26458
Repetto, Silvia; Alba Soto, Catalina Dirney; Cazorla, Silvia Ines; Tayeldin, Maria Lia; Cuello, María Soledad; et al.; An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples; Elsevier Science; Acta Tropica; 126; 2; 2-2013; 110-114
0001-706X
url http://hdl.handle.net/11336/26458
identifier_str_mv Repetto, Silvia; Alba Soto, Catalina Dirney; Cazorla, Silvia Ines; Tayeldin, Maria Lia; Cuello, María Soledad; et al.; An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples; Elsevier Science; Acta Tropica; 126; 2; 2-2013; 110-114
0001-706X
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X13000272
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.actatropica.2013.02.003
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Elsevier Science
publisher.none.fl_str_mv Elsevier Science
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846782380767969280
score 12.982451

Publicaciones similares