Thousands of protein linear motif classes may still be undiscovered

Autores
Bulavka, Denys; Aptekmann, Ariel; Méndez, Nicolás Agustín; Krick, Teresa Elena Genoveva; Sánchez Miguel, Ignacio Enrique
Año de publicación
2021
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Linear motifs are short protein subsequences that mediate protein interactions. Hundreds of motif classes including thousands of motif instances are known. Our theory estimates how many motif classes remain undiscovered. As commonly done, we describe motif classes asregular expressions specifying motif length and the allowed amino acids at each motif position.We measure motif specificity for a pair of motif classes by quantifying how many motifdiscriminatingpositions prevent a protein subsequence from matching the two classes atonce. We derive theorems for the maximal number of motif classes that can simultaneouslymaintain a certain number of motif-discriminating positions between all pairs of classes inthe motif universe, for a given amino acid alphabet. We also calculate the fraction of all proteinsubsequences that would belong to a motif class if all potential motif classes came intoexistence. Naturally occurring pairs of motif classes present most often a single motif-discriminatingposition. This mild specificity maximizes the potential number of coexisting motifclasses, the expansion of the motif universe due to amino acid modifications and the fractionof amino acid sequences that code for a motif instance. As a result, thousands of linearmotif classes may remain undiscovered.
Fil: Bulavka, Denys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Fil: Aptekmann, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Rutgers University; Estados Unidos
Fil: Méndez, Nicolás Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Krick, Teresa Elena Genoveva. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló"; Argentina
Fil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Materia
MOTIVOS LINEALES
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Fil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
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