scX: a user-friendly tool for scRNAseq exploration

Autores
Waichman, Tomás V.; Vercesi, M. L.; Berardino, Ariel Agustín; Beckel, Maximiliano Sebastián; Giacomini, Damiana Paula; Rasetto, Natalí Belén; Herrero, Magalí; Di Bella, Daniela Jesica; Arlotta, Victoria Paola; Schinder, Alejandro Fabián; Chernomoretz, Ariel
Año de publicación
2024
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Motivation: Single-cell RNA sequencing (scRNAseq) has transformed our ability to explore biological systems. Nevertheless, proficient expertise is essential for handling and interpreting the data. Results: In this article, we present scX, an R package built on the Shiny framework that streamlines the analysis, exploration, and visualization of single-cell experiments. With an interactive graphic interface, implemented as a web application, scX provides easy access to key scRNAseq analyses, including marker identification, gene expression profiling, and differential gene expression analysis. Additionally, scX seamlessly integrates with commonly used single-cell Seurat and SingleCellExperiment R objects, resulting in efficient processing and visualization of varied datasets. Overall, scX serves as a valuable and user-friendly tool for effortless exploration and sharing of single-cell data, simplifying some of the complexities inherent in scRNAseq analysis. Availability and implementation: Source code can be downloaded from https://github.com/chernolabs/scX. A docker image is available from dockerhub as chernolabs/scx.
Fil: Waichman, Tomás V.. Fundación Instituto Leloir; Argentina
Fil: Vercesi, M. L.. Fundación Instituto Leloir; Argentina
Fil: Berardino, Ariel Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
Fil: Beckel, Maximiliano Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
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Fil: Chernomoretz, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física del Plasma. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física del Plasma; Argentina
Materia
transcriptomica
scRNAseq
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Additionally, scX seamlessly integrates with commonly used single-cell Seurat and SingleCellExperiment R objects, resulting in efficient processing and visualization of varied datasets. Overall, scX serves as a valuable and user-friendly tool for effortless exploration and sharing of single-cell data, simplifying some of the complexities inherent in scRNAseq analysis. Availability and implementation: Source code can be downloaded from https://github.com/chernolabs/scX. A docker image is available from dockerhub as chernolabs/scx.Fil: Waichman, Tomás V.. Fundación Instituto Leloir; ArgentinaFil: Vercesi, M. L.. Fundación Instituto Leloir; ArgentinaFil: Berardino, Ariel Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Beckel, Maximiliano Sebastián. 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