Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits

Autores
Grandon, Nancy G.; Alarcón, Yanina; Moreno, María Valeria; Arolfo,Valeria; Orodizzi, Ariel; Basigalup, Daniel H.; Gieco, Jorge O.; Bruno, Cecilia Ines
Año de publicación
2013
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
The aim of this study was to assess genetic diversity among 40 alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes of different non-dormant (FD=8) cultivars. Biomass yield, regrowth speed and reaction to spring black stem, lepto leaf spot, and rust were evaluated. Analyses of variances were performed using a mixed model to examine the agronomic variation among individuals. A principal component analysis on standardized agronomic data was performed. Agronomic data were also used to calculate Gower´s distance and UPGMA algorithm. For the molecular analysis, six SSR markers were evaluated and 84 alleles were identified. The genetic distance was estimated using standard Nei´s distance. Average standard genetic diversity was 0.843, indicating a high degree of variability among genotypes. Finally, a generalized procrustes analysis was performed to calculate the correlation between molecular and agronomic distance, indicating a 65.4% of consensus. This value is likely related to the low number of individuals included in the study, which might have underestimated the real phenotypic variability among genotypes. Despite the low number of individuals and SSR markers analyzed, this study provides a baseline for future diversity studies to identify genetically distant alfalfa individuals or cultivars.
El objetivo de este trabajo consistió en determinar la diversidad genética en 40 individuos de alfalfa (Medicago sativa L.) de cinco cultivares de grado de reposo 8. Se evaluaron a campo la producción de forraje, la velocidad de rebrote y el comportamiento frente a tallo negro de primavera, mancha ocular y roya. El análisis de la varianza se realizó mediante un modelo lineal mixto para determinar la variación agronómica entre los individuos. El análisis de componentes principales se realizó a partir de los datos agronómicos estandarizados. El dendrograma agronómico se construyó a partir del índice de Gower y el agrupamiento UPGMA. Para la caracterización molecular se analizaron seis marcadores SSR, con los cuales se identificaron un total de 84 alelos. Las distancias genéticas se calcularon con el índice de Nei estándar. La diversidad genética promedio fue de 0,843, indicando una alta variabilidad entre los individuos evaluados. Por último, el análisis de procrustes generalizado detectó un 65,4% de consenso entre el ordenamiento agronómico y el molecular. Este porcentaje probablemente se relacione con el bajo número de individuos y marcadores SSR analizados; sin embargo, este estudio provee una línea de base para estudios futuros de diversidad que permitirán identificar individuos o cultivares genéticamente distantes.
Fil: Grandon, Nancy G.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Alarcón, Yanina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Moreno, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Región Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi, Argentina;
Fil: Arolfo,Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Orodizzi, Ariel. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Basigalup, Daniel H.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Gieco, Jorge O.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Bruno, Cecilia Ines. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Desarrollo Rural. Area de Estadística y Biometría; Argentina;
Fuente
www.scielo.ar
Materia
Autotetraploid
Microsatellite markers
Cluster Analysis
Principal components analysis
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/972

id CONICETDig_050226805179be571d91136cfa0239a7
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/972
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traitsGrandon, Nancy G.Alarcón, YaninaMoreno, María ValeriaArolfo,ValeriaOrodizzi, ArielBasigalup, Daniel H.Gieco, Jorge O.Bruno, Cecilia InesAutotetraploidMicrosatellite markersCluster AnalysisPrincipal components analysishttps://purl.org/becyt/ford/4https://purl.org/becyt/ford/4.4The aim of this study was to assess genetic diversity among 40 alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes of different non-dormant (FD=8) cultivars. Biomass yield, regrowth speed and reaction to spring black stem, lepto leaf spot, and rust were evaluated. Analyses of variances were performed using a mixed model to examine the agronomic variation among individuals. A principal component analysis on standardized agronomic data was performed. Agronomic data were also used to calculate Gower´s distance and UPGMA algorithm. For the molecular analysis, six SSR markers were evaluated and 84 alleles were identified. The genetic distance was estimated using standard Nei´s distance. Average standard genetic diversity was 0.843, indicating a high degree of variability among genotypes. Finally, a generalized procrustes analysis was performed to calculate the correlation between molecular and agronomic distance, indicating a 65.4% of consensus. This value is likely related to the low number of individuals included in the study, which might have underestimated the real phenotypic variability among genotypes. Despite the low number of individuals and SSR markers analyzed, this study provides a baseline for future diversity studies to identify genetically distant alfalfa individuals or cultivars.El objetivo de este trabajo consistió en determinar la diversidad genética en 40 individuos de alfalfa (Medicago sativa L.) de cinco cultivares de grado de reposo 8. Se evaluaron a campo la producción de forraje, la velocidad de rebrote y el comportamiento frente a tallo negro de primavera, mancha ocular y roya. El análisis de la varianza se realizó mediante un modelo lineal mixto para determinar la variación agronómica entre los individuos. El análisis de componentes principales se realizó a partir de los datos agronómicos estandarizados. El dendrograma agronómico se construyó a partir del índice de Gower y el agrupamiento UPGMA. Para la caracterización molecular se analizaron seis marcadores SSR, con los cuales se identificaron un total de 84 alelos. Las distancias genéticas se calcularon con el índice de Nei estándar. La diversidad genética promedio fue de 0,843, indicando una alta variabilidad entre los individuos evaluados. Por último, el análisis de procrustes generalizado detectó un 65,4% de consenso entre el ordenamiento agronómico y el molecular. Este porcentaje probablemente se relacione con el bajo número de individuos y marcadores SSR analizados; sin embargo, este estudio provee una línea de base para estudios futuros de diversidad que permitirán identificar individuos o cultivares genéticamente distantes.Fil: Grandon, Nancy G.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Alarcón, Yanina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Moreno, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Región Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi, Argentina;Fil: Arolfo,Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Orodizzi, Ariel. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Basigalup, Daniel H.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Gieco, Jorge O.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;Fil: Bruno, Cecilia Ines. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Desarrollo Rural. Area de Estadística y Biometría; Argentina;Univ Nacional Cuyo2013-08info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/972Grandon, Nancy G.; Alarcón, Yanina; Moreno, María Valeria; Arolfo,Valeria; Orodizzi, Ariel; et al.; Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits; Univ Nacional Cuyo; Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Cuyo; 45; 2; 8-2013; 185-1910370-46611853-8665www.scielo.arreponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/www.scielo.org.ar/statjournal.php?...issn=1853-8665info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/2025-09-29T09:38:05Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/972instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 09:38:05.657CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
title Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
spellingShingle Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
Grandon, Nancy G.
Autotetraploid
Microsatellite markers
Cluster Analysis
Principal components analysis
title_short Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
title_full Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
title_fullStr Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
title_full_unstemmed Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
title_sort Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits
dc.creator.none.fl_str_mv Grandon, Nancy G.
Alarcón, Yanina
Moreno, María Valeria
Arolfo,Valeria
Orodizzi, Ariel
Basigalup, Daniel H.
Gieco, Jorge O.
Bruno, Cecilia Ines
author Grandon, Nancy G.
author_facet Grandon, Nancy G.
Alarcón, Yanina
Moreno, María Valeria
Arolfo,Valeria
Orodizzi, Ariel
Basigalup, Daniel H.
Gieco, Jorge O.
Bruno, Cecilia Ines
author_role author
author2 Alarcón, Yanina
Moreno, María Valeria
Arolfo,Valeria
Orodizzi, Ariel
Basigalup, Daniel H.
Gieco, Jorge O.
Bruno, Cecilia Ines
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv Autotetraploid
Microsatellite markers
Cluster Analysis
Principal components analysis
topic Autotetraploid
Microsatellite markers
Cluster Analysis
Principal components analysis
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/4
https://purl.org/becyt/ford/4.4
dc.description.none.fl_txt_mv The aim of this study was to assess genetic diversity among 40 alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes of different non-dormant (FD=8) cultivars. Biomass yield, regrowth speed and reaction to spring black stem, lepto leaf spot, and rust were evaluated. Analyses of variances were performed using a mixed model to examine the agronomic variation among individuals. A principal component analysis on standardized agronomic data was performed. Agronomic data were also used to calculate Gower´s distance and UPGMA algorithm. For the molecular analysis, six SSR markers were evaluated and 84 alleles were identified. The genetic distance was estimated using standard Nei´s distance. Average standard genetic diversity was 0.843, indicating a high degree of variability among genotypes. Finally, a generalized procrustes analysis was performed to calculate the correlation between molecular and agronomic distance, indicating a 65.4% of consensus. This value is likely related to the low number of individuals included in the study, which might have underestimated the real phenotypic variability among genotypes. Despite the low number of individuals and SSR markers analyzed, this study provides a baseline for future diversity studies to identify genetically distant alfalfa individuals or cultivars.
El objetivo de este trabajo consistió en determinar la diversidad genética en 40 individuos de alfalfa (Medicago sativa L.) de cinco cultivares de grado de reposo 8. Se evaluaron a campo la producción de forraje, la velocidad de rebrote y el comportamiento frente a tallo negro de primavera, mancha ocular y roya. El análisis de la varianza se realizó mediante un modelo lineal mixto para determinar la variación agronómica entre los individuos. El análisis de componentes principales se realizó a partir de los datos agronómicos estandarizados. El dendrograma agronómico se construyó a partir del índice de Gower y el agrupamiento UPGMA. Para la caracterización molecular se analizaron seis marcadores SSR, con los cuales se identificaron un total de 84 alelos. Las distancias genéticas se calcularon con el índice de Nei estándar. La diversidad genética promedio fue de 0,843, indicando una alta variabilidad entre los individuos evaluados. Por último, el análisis de procrustes generalizado detectó un 65,4% de consenso entre el ordenamiento agronómico y el molecular. Este porcentaje probablemente se relacione con el bajo número de individuos y marcadores SSR analizados; sin embargo, este estudio provee una línea de base para estudios futuros de diversidad que permitirán identificar individuos o cultivares genéticamente distantes.
Fil: Grandon, Nancy G.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Alarcón, Yanina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Moreno, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina; Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Región Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi, Argentina;
Fil: Arolfo,Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Orodizzi, Ariel. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Basigalup, Daniel H.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Gieco, Jorge O.. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria; Argentina;
Fil: Bruno, Cecilia Ines. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Desarrollo Rural. Area de Estadística y Biometría; Argentina;
description The aim of this study was to assess genetic diversity among 40 alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes of different non-dormant (FD=8) cultivars. Biomass yield, regrowth speed and reaction to spring black stem, lepto leaf spot, and rust were evaluated. Analyses of variances were performed using a mixed model to examine the agronomic variation among individuals. A principal component analysis on standardized agronomic data was performed. Agronomic data were also used to calculate Gower´s distance and UPGMA algorithm. For the molecular analysis, six SSR markers were evaluated and 84 alleles were identified. The genetic distance was estimated using standard Nei´s distance. Average standard genetic diversity was 0.843, indicating a high degree of variability among genotypes. Finally, a generalized procrustes analysis was performed to calculate the correlation between molecular and agronomic distance, indicating a 65.4% of consensus. This value is likely related to the low number of individuals included in the study, which might have underestimated the real phenotypic variability among genotypes. Despite the low number of individuals and SSR markers analyzed, this study provides a baseline for future diversity studies to identify genetically distant alfalfa individuals or cultivars.
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013-08
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/972
Grandon, Nancy G.; Alarcón, Yanina; Moreno, María Valeria; Arolfo,Valeria; Orodizzi, Ariel; et al.; Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits; Univ Nacional Cuyo; Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Cuyo; 45; 2; 8-2013; 185-191
0370-4661
1853-8665
url http://hdl.handle.net/11336/972
identifier_str_mv Grandon, Nancy G.; Alarcón, Yanina; Moreno, María Valeria; Arolfo,Valeria; Orodizzi, Ariel; et al.; Genetic diversity among alfalfa genotypes (Medicago sativa L.) of non-dormant cultivars using SSR markers and agronomic traits; Univ Nacional Cuyo; Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Cuyo; 45; 2; 8-2013; 185-191
0370-4661
1853-8665
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/www.scielo.org.ar/statjournal.php?...issn=1853-8665
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Univ Nacional Cuyo
publisher.none.fl_str_mv Univ Nacional Cuyo
dc.source.none.fl_str_mv www.scielo.ar
reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844613202913001472
score 13.070432