Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis

Autores
Palacio, Victorio Gabriel; Lavore, Andrés; Catalano, María Inés; Rivera Pomar, Rolando
Año de publicación
2018
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión aceptada
Descripción
Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG, BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos
Fil: Palacio, Victorio Gabriel. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Lavore, Andrés. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Catalano, María Inés . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Rivera Pomar, Rolando . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Materia
Insectos fitófagos
Plantas comestibles para fitófagos
Maíz
Monitoreo de plagas
Bioinformática
Transcriptoma de Dalbulusmaidis
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
Biblioteca Digital (UNCu)
Institución
Universidad Nacional de Cuyo
OAI Identificador
oai:bdigital.uncu.edu.ar:13053
Acceder
id BDUNCU_74ef1f3829c96dbe80fb2558dafd1c85
oai_identifier_str oai:bdigital.uncu.edu.ar:13053
network_acronym_str BDUNCU
repository_id_str 1584
network_name_str Biblioteca Digital (UNCu)
spelling Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis Palacio, Victorio GabrielLavore, AndrésCatalano, María Inés Rivera Pomar, Rolando Insectos fitófagosPlantas comestibles para fitófagosMaízMonitoreo de plagasBioinformáticaTranscriptoma de DalbulusmaidisLos auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG, BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos Fil: Palacio, Victorio Gabriel. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Fil: Lavore, Andrés. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Fil: Catalano, María Inés . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Fil: Rivera Pomar, Rolando . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. 2018-10-18documento de conferenciainfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_5794info:ar-repo/semantics/documentoDeConferenciaapplication/pdfhttp://bdigital.uncu.edu.ar/13053spainfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/reponame:Biblioteca Digital (UNCu)instname:Universidad Nacional de Cuyoinstacron:UNCU2025-09-11T10:19:43Zoai:bdigital.uncu.edu.ar:13053Institucionalhttp://bdigital.uncu.edu.ar/Universidad públicaNo correspondehttp://bdigital.uncu.edu.ar/OAI/hdegiorgi@uncu.edu.ar;horaciod@gmail.comArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:15842025-09-11 10:19:44.492Biblioteca Digital (UNCu) - Universidad Nacional de Cuyofalse
dc.title.none.fl_str_mv Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
title Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
spellingShingle Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
Palacio, Victorio Gabriel
Insectos fitófagos
Plantas comestibles para fitófagos
Maíz
Monitoreo de plagas
Bioinformática
Transcriptoma de Dalbulusmaidis
title_short Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
title_full Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
title_fullStr Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
title_full_unstemmed Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
title_sort Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
dc.creator.none.fl_str_mv Palacio, Victorio Gabriel
Lavore, Andrés
Catalano, María Inés
Rivera Pomar, Rolando
author Palacio, Victorio Gabriel
author_facet Palacio, Victorio Gabriel
Lavore, Andrés
Catalano, María Inés
Rivera Pomar, Rolando
author_role author
author2 Lavore, Andrés
Catalano, María Inés
Rivera Pomar, Rolando
author2_role author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv Insectos fitófagos
Plantas comestibles para fitófagos
Maíz
Monitoreo de plagas
Bioinformática
Transcriptoma de Dalbulusmaidis
topic Insectos fitófagos
Plantas comestibles para fitófagos
Maíz
Monitoreo de plagas
Bioinformática
Transcriptoma de Dalbulusmaidis
dc.description.none.fl_txt_mv Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG, BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos
Fil: Palacio, Victorio Gabriel. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Lavore, Andrés. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Catalano, María Inés . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
Fil: Rivera Pomar, Rolando . Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires.
description Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG, BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos
publishDate 2018
dc.date.none.fl_str_mv 2018-10-18
dc.type.none.fl_str_mv documento de conferencia
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
info:ar-repo/semantics/documentoDeConferencia
format conferenceObject
status_str acceptedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://bdigital.uncu.edu.ar/13053
url http://bdigital.uncu.edu.ar/13053
dc.language.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
http://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv
publisher.none.fl_str_mv
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital (UNCu)
instname:Universidad Nacional de Cuyo
instacron:UNCU
reponame_str Biblioteca Digital (UNCu)
collection Biblioteca Digital (UNCu)
instname_str Universidad Nacional de Cuyo
instacron_str UNCU
institution UNCU
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital (UNCu) - Universidad Nacional de Cuyo
repository.mail.fl_str_mv hdegiorgi@uncu.edu.ar;horaciod@gmail.com
_version_ 1842974864339632128
score 13.070432

Publicaciones similares