Estudio de la relación entre transcripción y Splicing alternativo de mRNAs eucarióticos

• Autores: Cramer, Paula
• Año de publicación: 1999
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Kornblihtt, Alberto Rodolfo
• Materia: TRANSCRIPCION; SPLICING ALTERNATIVO; TRANSCRIPTION; ALTERNATIVE SPLICING
• Institución: Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

En el presente trabajo de tesis nos hemos propuesto buscar evidencias sobre la coordinación entre los procesos de transcripción y splicing alternativo. Nuestro modelo de estudio consistió en construir una batería de minigenes α-globina/ fibronectina que incluyen al exón EDI de la fibronectina capaz de sufrir splicing alternativo, clonados río abajo de diferentes promotores. Con estos minigenes se transfectaron líneas celulares en cultivo, analizándose luego el patrón de splicing alternativo por medio de las técnicas de Northern blot y/o RTPCR. Encontramos así que el tipo de promotor determina el patrón de splicing alternativo. Este efecto del promotor sobre el splicing alternativo no depende de la fuerza del promotor ni de la secuencia de la región 5' no codificante de los mRNAs, sino de la calidad de factores de transcripción reclutados en el promotor. Posteriormente intentamos dilucidar el mecanismo subyacente a este fenómeno. Para ello sobreexpresamos proteínas que participan del splicing general y/o alternativo en otros modelos. Encontramos que sólo las proteínas SF2/ASF, SRp40, SRp55 y SC-35 son capaces de modificar el patrón de inclusión de EDI, mientras que las proteínas SRp20, SRp30c y Tra2βno tienen efecto alguno. El efecto de SF2/ASF, la proteína con mayor actividad estimulatoria, es específico de promotor y opera a través de las secuencias regulatorias en cis presentes en EDI, tal como lo demuestran los experimentos con minigenes mutantes en estas regiones. Los resultados mencionados constituyen la primera evidencia de coordinación entre transcripción y splicing alternativo. A partir de los mismos proponemos un modelo de interacción entre el dominio carboxiterminal (CTD ) de la RNA polimerasa II y los factores de splicing, compatible con los resultados observados en nuestro laboratorio y en otros grupos de investigación.
In this work we searched for evidence of coupling between transcription and alternative splicing. Our model consisted in the construction of a series of alphaglobin/ fibronectin minigenes including the fibronectin alternative ED1 exon, cloned downstream of different promoters. Cell lines were transfected with the minigenes and the alternative splicing pattern was analyzed either by Northern blot and/or RT-PCR. We found that the type of promoter controls the pattern of alternative splicing. This effect is neither dependent on promoter strength nor on the 5' non-coding region of the mRNAs, but on the quality of the transcription factors recruited by the promoter. We then tried to elucidate the mechanism underlying this phenomenon. For this purpose, we overexpressed splicing factors involved in general and/or alternative splicing in other models. We found that SF2/ASF, SRp40, SRp55 y SC-35 were the only the splicing factors with ability to stimulate ED1 inclusion, whereas SRp20, SRp30c y Tra2β had no effect. The effect yielded by SF2/ASF, the protein with the highest stimulation activity, is promoter specific and is mediated by exon regulatory sequences, as revealed by experiments performed with mutants in these regions. The mentioned results comprise the first evidence of coupling between transcription and alternative splicing. Based on our results and evidences presented by other laboratories, we propose a model in which the carboxyterminal domain (CTD) of the RNA polymerase II interacts with the splicing factors.
Fil: Cramer, Paula. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.