Utilización de técnicas de secuenciación masiva para el diagnóstico molecular de enfermedades poco frecuentes

• Autores: Buda, Guadalupe
• Año de publicación: 2023
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Martí, Marcelo Adrián
• Materia: BIOINFORMATICA; SECUENCIACION MASIVA; EXOMA; GENETICA HUMANA; ENFERMEDADES AUTOINFLAMATORIAS; ENFERMEDADES NEURODEGENERATIVAS; BIOINFORMATICS; NGS; EXOME; HUMAN GENETICS; AUTOINFLAMMATORY DISEASES; NEURODEGENERATIVE DISEASES
• Institución: Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

En Argentina, las enfermedades poco frecuentes de origen genético, afectan a alrededor de 3,5 millones de habitantes. La lista se ha expandido como consecuencia de la aplicación de tecnologías de secuenciación masiva y, actualmente, comprende un número creciente de trastornos monogénicos, con un patrón de herencia mendeliana. En este contexto, el análisis del genoma completo y especialmente de su parte codificante, el exoma, se ha convertido en una herramienta de gran utilidad en el diagnóstico de las mismas. El presente proyecto de tesis buscó beneficiar a aquellos pacientes imposibilitados de acceder y costear estas tecnologías, otorgándoles una potencial oportunidad de arribar a un diagnóstico. De esta manera, nos propusimos como objetivo global implementar tecnologías de secuenciación masiva para lograr el diagnóstico molecular preciso de entidades poco frecuentes en la clínica y, en particular y de forma específica, desarrollar un protocolo general que facilitara el análisis e identificación de variantes genéticas aplicado tanto a casos particulares como al estudio de exomas de pacientes incorporados en tres ediciones del Proyecto PAMPA, con diagnóstico presuntivo de enfermedades autoinflamatorias. A partir del análisis bioinformático logramos identificar, para cada caso particular, las variantes responsables del fenotipo observado, y aportar información de relevancia que permitió profundizar el conocimiento sobre la función de los genes AFG3L2 e ISG15 a nivel molecular y describir fenotipos novedosos. Este trabajo de tesis incluyó tres ediciones del Proyecto PAMPA, incorporó a más de 160 pacientes, y reflejó una tasa de éxito -casos donde se arribó a un potencial diagnóstico molecular– entre un 16-34%, lo que resulta consistente con estudios realizados a nivel internacional.
In Argentina, rare diseases affect about 3.5 million habitants. The list of rare diseases has expanded as a consequence of the application of next-generation sequencing technologies and now includes a growing number of monogenic disorders with a Mendelian inheritance pattern. In this context, the analysis of the whole genome, and especially its coding region, the exome, has become a very useful tool in the diagnosis of these diseases. The present thesis sought to benefit those patients unable to access and afford these technologies, giving them a potential opportunity to reach a diagnosis. Thus, our main objective was to implement massive sequencing technologies to achieve the precise molecular diagnosis of rare diseases in clinical genomics and specifically, to develop a general protocol to facilitate the analysis and identification of variants applied both to cases and to the study of patients with suspicion of Autoinflammatory Diseases, who participated in the PAMPA Projects. From the bioinformatic perspective, we were able to identify, for each case, the variants responsible for the phenotype and to provide relevant information that allowed us to deepen the knowledge about the function of AFG3L2 and ISG15 genes at a molecular level and to describe novel phenotypes. In the case of the PAMPA Project, it had three editions during my thesis work, included more than 160 patients and reflected a success rate -cases where a potential molecular diagnosis was reached- of between 16-34%, which is consistent with international studies.
Fil: Buda, Guadalupe. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.