A combined approach of MALDI-TOF mass spectrometry and multivariate analysis as a potential tool for the detection of SARS-CoV-2 virus in nasopharyngeal swabs

• Autores: Rocca, María Florencia; Zintgraff, Jonathan; Dattero, María Elena; Santos, Leonardo Silva; Ledesma, Martín; Vay, Carlos; Prieto, Mónica A.; Benedetti, Estefanía; Avaro, Martín; Russo, Mara; Nachtigall, Fabiane Manke; Baumeister, Elsa
• Año de publicación: 2020
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Fuente: Journal of Virological Methods 2020; 286.
• Materia: Infecciones por Coronavirus; Aprendizaje Automático; Espectrometría de Masas
• Institución: Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"

Fil: Rocca, María Florencia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.
Fil: Zintgraff, Jonathan Cristian. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.
Fil: Dattero, María Elena. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.
Fil: Silva Santos, Leonardo. Instituto de Química de Recursos Naturales, Universidad de Talca; Chile.
Fil: Ledesma, Martín. Red Nacional de Espectrometría de Masas aplicada a la Microbiología Clínica (ReNaEM Argentina), Argentina; Laboratorio de Bacteriología, Departamento de Bioquímica Clínica, Hospital de Clínicas José de San Martín, Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires; Argentina
Fil: Vay, Carlos. Red Nacional de Espectrometría de Masas aplicada a la Microbiología Clínica (ReNaEM Argentina), Argentina; Laboratorio de Bacteriología, Departamento de Bioquímica Clínica, Hospital de Clínicas José de San Martín, Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires; Argentina
Fil: Prieto, Mónica. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.
Fil: Benedetti, Estefanía. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina. ,
Fil: Avaro, Martín. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.
Fil: Russo, Mara. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.
Fil: Nachtigall, Fabiane Manke. Instituto de Ciencias Químicas Aplicadas, Universidad Autónoma de Chile; Chile.
Fil: Baumeister, Elsa. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.
Coronavirus disease 2019, known as COVID-19, is caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The early, sensitive and specific detection of SARS-CoV-2 virus is widely recognized as the critical point in responding to the ongoing outbreak. Currently, the diagnosis is based on molecular real time RT-PCR techniques, although their implementation is being threatened due to the extraordinary demand for supplies worldwide. That is why the development of alternative and / or complementary tests becomes so relevant. Here, we exploit the potential of mass spectrometry technology combined with machine learning algorithms, for the detection of COVID-19 positive and negative protein profiles directly from nasopharyngeal swabs samples. According to the preliminary results obtained, accuracy = 67.66 %, sensitivity = 61.76 %, specificity = 71.72 %, and although these parameters still need to be improved to be used as a screening technique, mass spectrometry-based methods coupled with multivariate analysis showed that it is an interesting tool that deserves to be explored as a complementary diagnostic approach due to the low cost and fast performance. However, further steps, such as the analysis of a large number of samples, should be taken in consideration to determine the applicability of the method developed.