In-house standardization and validation of a multiplex RT-PCR assay for the detection of 13 respiratory viruses

• Autores: Vargas, Hernán; Diaz, Ángela; Celis, Yamile; Díaz, Liliana; Gómez, Sandra; Sánchez, Jenny; Golijow, Carlos Daniel; Arce, Patricia
• Año de publicación: 2016
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: Veterinaria; Multiplex Real Time PCR; Respiratory virus; Standardization; PRC múltiple en tiempo real; virus respiratorio; estandarización
• Institución: Universidad Nacional de La Plata

Background. Multiplex real time PCR is increasingly used to diagnose respiratory viruses and has shown to be superior to traditional methods, such as culture and antigen detection. Objective. Standardization and validation of a multiplex real-time PCR assay for the detection of 13 respiratory viruses. Methods. The assay was validated using RNA control targets and comparing results to single-target PCR’s. Results. Using RNA controls the multiplex format was found to be as sensitive and specific as the single-target PCRs, and no competition was observed between targets. The efficiencies for most of the reactions were approximately 90%, but a lower efficiency was found for Parainfluenza 2 with a rate of amplification in each cycle of 86.63%. On the other hand, a higher efficiency was observed in respiratory syncytial virus A and respiratory syncytial virus B ((93.07% each). Conclusion: This multiplex RT-PCR format shows an adequate efficiency, demonstrating an excellent sensitivity, specificity and repeatability for all the studied respiratory viruses.
Antecedentes. PRC múltiple en tiempo real es usada cada vez más para el diagnóstico de virus respiratorios y ha mostrado ser superior a métodos tradicionales, como cultivo y detección de antígeno. Objetivo. Estandarizar y validar una PRC múltiple en tiempo real para la detección de 13 virus respiratorios. Métodos. El ensayo fue realizado usando blanco de RNA control y comparando los resultados a blancos únicos de PCR. Resultados. Usando el RNA control, el formato de multiplex era tan sensible y específico como la PCR. Las eficiencias para la mayoría de las reacciones de aproximadamente el 90%, pero una eficiencia baja fue encontrada para influenza 2 con una tasa de amplificación en cada ciclo de 86.63%. Por otra parte, una mayor eficiencia fue observada en virus sincitial respitario A y B (93, 67% cada uno). Conclusión. Este formato RT-PCR múltiple muestra una adecuada eficiencia, demostrando un excelente especificidad y reproducibilidad para todos los virus respiratorios estudiados.
Facultad de Ciencias Veterinarias
Instituto de Genética Veterinaria