Aplicación de herramientas genómicas para el ensamblaje de cloroplastos de cannabis, su estudio filogenómico, y la evaluación de su potencial utilización en estudios de interés méd...

Autores
Muriel, Leandro Pablo Nahuel
Año de publicación
2023
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
tesis de grado
Estado
versión aceptada
Colaborador/a o director/a de tesis
Mc Carthy, Andrés N.
Descripción
En varias partes del mundo se sigue teniendo el estigma de que el Cannabis es una droga ilícita y peligrosa. Se ha estudiado su uso a lo largo de los años, en diversos campos. Después del descubrimiento de los receptores cannabinoides y el estudio de la estructura y componentes del cannabis, surgió el interés del ámbito científico para medir sus capacidades medicinales. Entre estas aplicaciones contamos, por ejemplo, con tratamientos para trastornos de ansiedad, inhibición del crecimiento celular en cáncer de cuello uterino, y su utilización como antimicrobiano. Por ello, es importante poder distinguir entre diferentes cepas de Cannabis sativa, debido a que pueden contar con diversas características, como tener mayor potencial medicinal que recreativo o viceversa. Para este fin se analizará el cloroplasto de esta planta, cuya estructura y genoma están altamente conservados con una ligera variabilidad entre especies vegetales. Un método para lograr una identificación presuntiva entre las diferentes variedades, es el análisis de genes específicos (rbcL y matK) del ADN del cloroplasto. Es por ello que en este trabajo se utilizaron 2 programas bioinformáticos (Getorganelle y NOVOPlasty) para ensamblar cloroplastos a partir de 12 secuencias de genoma completo de Cannabis sativa, con el fin de realizar un análisis comparativo entre ambos programas, como así también entre los genes antes mencionados. Los resultados revelan que NOVOPlasty demostró una tasa de éxito superior en el ensamblaje en comparación con Getorganelle, logrando ensamblar 11 de los 12 cloroplastos, mientras que el segundo solo alcanzó 10. Cabe destacar que el único cloroplasto no ensamblado por NOVOPlasty, fue ensamblado correctamente por Getorganelle. Con la utilización de Bandage para una visualización preliminar del ensamblaje, se vio que un cloroplasto contaba con una cantidad de bases mayor que el resto, los que dieron iguales entre sí. Con los cloroplastos ensamblados correctamente se anotaron, y localizaron los genes rbcL y matK. El gen rbcL se mantuvo igual en las 12 secuencias, en cambio, el gen matK dio diferente en el cloroplasto con el mayor número de bases mencionado anteriormente.
Fil: Muriel, Leandro Pablo Nahuel. Universidad Nacional Arturo Jauretche. Instituto de Ciencias de la Salud; Argentina.
Fil: Mc Carthy, Andrés N. Universidad Nacional Arturo Jauretche. Instituto de Ciencias de la Salud; Argentina.
Materia
Cannabis
Ensamblaje de cloroplastos
Anotación genómica
Alineación genómica
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
info:ar-repo/semantics/accesoabierto
Repositorio
Repositorio Institucional Digital de Acceso Abierto
Institución
Universidad Nacional Arturo Jauretche
OAI Identificador
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Fil: Muriel, Leandro Pablo Nahuel. Universidad Nacional Arturo Jauretche. Instituto de Ciencias de la Salud; Argentina.
Fil: Mc Carthy, Andrés N. Universidad Nacional Arturo Jauretche. Instituto de Ciencias de la Salud; Argentina.
description En varias partes del mundo se sigue teniendo el estigma de que el Cannabis es una droga ilícita y peligrosa. Se ha estudiado su uso a lo largo de los años, en diversos campos. Después del descubrimiento de los receptores cannabinoides y el estudio de la estructura y componentes del cannabis, surgió el interés del ámbito científico para medir sus capacidades medicinales. Entre estas aplicaciones contamos, por ejemplo, con tratamientos para trastornos de ansiedad, inhibición del crecimiento celular en cáncer de cuello uterino, y su utilización como antimicrobiano. Por ello, es importante poder distinguir entre diferentes cepas de Cannabis sativa, debido a que pueden contar con diversas características, como tener mayor potencial medicinal que recreativo o viceversa. Para este fin se analizará el cloroplasto de esta planta, cuya estructura y genoma están altamente conservados con una ligera variabilidad entre especies vegetales. Un método para lograr una identificación presuntiva entre las diferentes variedades, es el análisis de genes específicos (rbcL y matK) del ADN del cloroplasto. Es por ello que en este trabajo se utilizaron 2 programas bioinformáticos (Getorganelle y NOVOPlasty) para ensamblar cloroplastos a partir de 12 secuencias de genoma completo de Cannabis sativa, con el fin de realizar un análisis comparativo entre ambos programas, como así también entre los genes antes mencionados. Los resultados revelan que NOVOPlasty demostró una tasa de éxito superior en el ensamblaje en comparación con Getorganelle, logrando ensamblar 11 de los 12 cloroplastos, mientras que el segundo solo alcanzó 10. Cabe destacar que el único cloroplasto no ensamblado por NOVOPlasty, fue ensamblado correctamente por Getorganelle. Con la utilización de Bandage para una visualización preliminar del ensamblaje, se vio que un cloroplasto contaba con una cantidad de bases mayor que el resto, los que dieron iguales entre sí. Con los cloroplastos ensamblados correctamente se anotaron, y localizaron los genes rbcL y matK. El gen rbcL se mantuvo igual en las 12 secuencias, en cambio, el gen matK dio diferente en el cloroplasto con el mayor número de bases mencionado anteriormente.
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