Cannabis sativa L. Miniature Inverted-Repeat Transposable- Element Landscapes in Wild-Type (JL) and Domesticated Genome (CBDRx)

Autores
Quiroga, Mariana Paola; Crociara, Clara Sonia; Schenfeld, Esteban Martín; Fernandez, Franco Daniel; Crescente, Juan Manuel; Vanzetti, Leonardo Sebastian; Helguera, Marcelo
Año de publicación
2025
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Cannabis sativa L. is a globally cultivated plant with significant industrial, nutritional, and medicinal value. Its genome, comprising nine autosomes and sex chromosomes (X and Y), has been extensively studied, particularly in the context of precise breeding for specific enduses. Recent advances have facilitated genome-wide analyses through platforms like the NCBI Comparative Genome Viewer (CGV) and CannabisGDB, among others, enabling comparative studies across multiple Cannabis genotypes. Despite the abundance of genomic data, a particular group of transposable elements, known as miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs), remains underexplored in Cannabis. These elements are non-autonomous class II DNA transposons characterized by high copy numbers and insertion preference in non-coding regions, potentially affecting gene expression. In the present study, we report the sequence annotation of MITEs in wild-type and domesticated Cannabis genomes obtained using the MITE Tracker software. We also develop a simple and innovative protocol to identify genome-specific MITE families, offering valuable tools for future research on marker development focused on important genetic variation for breeding in Cannabis sativa.
Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales
Fil:Quiroga, Mariana Paola. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; Argentina
Fil:Quiroga, Mariana Paola. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Estudios Agropecuarios (UDEA); Argentina
Fil: Crociara, Clara Sonia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Estudios Agropecuarios (UDEA); Argentina
Fil: Crociara, Clara Sonia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; Argentina
Fil: Schenfeld, Esteban Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Estudios Agropecuarios (UDEA); Argentina
Fil: Schenfeld, Esteban Martín.Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina
Fil: Crescente, Juan Manuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina
Fil: Crescente, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Vanzetti, Leonardo Sebastian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina
Fil: Vanzetti, Leonardo Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Helguera, Marcelo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; Argentina
Fil: Helguera, Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Estudios Agropecuarios (UDEA); Argentina
Fuente
International Journal of Plant Biology 16 (2) : 40 (March 2025)
Materia
Cannabis
Mites
Ácaro
Cannabis sativa
MITEs
Wild and Domesticated Genomes
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Despite the abundance of genomic data, a particular group of transposable elements, known as miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs), remains underexplored in Cannabis. These elements are non-autonomous class II DNA transposons characterized by high copy numbers and insertion preference in non-coding regions, potentially affecting gene expression. In the present study, we report the sequence annotation of MITEs in wild-type and domesticated Cannabis genomes obtained using the MITE Tracker software. We also develop a simple and innovative protocol to identify genome-specific MITE families, offering valuable tools for future research on marker development focused on important genetic variation for breeding in Cannabis sativa.Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos VegetalesFil:Quiroga, Mariana Paola. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Fisiología y Recursos Genéticos Vegetales; ArgentinaFil:Quiroga, Mariana Paola. 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