Enterobacterias resistentes a antimicrobianos de último recurso: carbapenémicos, colistina y fosfomicina

• Autores: Gonzales Escalante, Edgar
• Año de publicación: 2022
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Di Conza, José Alejandro; Gutkind, Gabriel Osvaldo; Rodriguez, Hernan; Bentancor, Adriana; Padola, Nora
• Materia: Enterobacterales; Carbapenémicos; Colistina; Fosfomicina; Plásmidos; NDM; KPC; OXA-48; MCR; FosA3; Ciencias de la vida
• Institución: Universidad de Buenos Aires

Fil: Gonzales Escalante, Edgar. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Buenos Aires, Argentina
La RAM es una de las principales amenazas para la salud pública mundial. Sobre todo, en los antimicrobianos considerados de última línea, como los carbapenémicos, colistina y fosfomicina, utilizados frente a bacterias MDR. En esta Tesis se estudiaron aislamientos de enterobacterias recuperadas de humanos y aislamientos colectados animales de consumo en Perú con resistencia a los antimicrobianos antes mencionados, además se proponen metodologías para la detección de resistencia a colistina mediada por plásmidos. Se analizaron los mecanismos de resistencia a dichas drogas, además de evaluar la metodología propuesta. Los métodos incluyeron técnicas fenotípicas y moleculares, para caracterizar los determinantes de resistencia y los elementos asociados con su diseminación. Los principales resultados se detallan a continuación.\nSe analizaron 5 grupos bacterianos: ?Grupo I-A?, compuesto por 65 aislamientos de enterobacterias no sensibles a carbapenémicos recuperados entre 2017-2018. Todos los aislamientos estudiados resultaron MDR. La especie bacteriana más frecuente fue K. pneumoniae (66,1%). Se confirmó la presencia de genes codificantes de NDM (70,8%), KPC (21,5%) y OXA-48-like (7,7%). La tipificación molecular mostró amplia diversidad clonal y no se identificaron clones de alto riesgo. Se reconocieron 3 aislamientos portadores de mcr-1 (2 K. pneumoniae y 1 E. coli). Sólo se detectó fosA3 en una E. coli.\nSe realizó el WGS del aislamiento de K. pneumoniae Col17. Se determinó que pertenecía al ST147, considerado un clon de alto riesgo. Se detectaron los replicones de plásmidos IncFIB, IncHI1B, IncFII e IncI2 (Se identificaron 3 plásmidos). Además de los determinantes de resistencia a COL (mcr-1.1) y carbapenémicos (blaNDM-1), se detectó gran cantidad de genes que confieren resistencia a ?-lactámicos (blaCTX-M-15, blaTEM-26, blaSHV-11 y blaOXA-1), fenicoles (catA1 y catB3), rifampicina (arr-3), sulfonamidas (sul1), aminoglucósidos [aac(3)-IIe y aac(6´)-Ib-cr], fosfomicina (fosA) y fluoroquinolonas [oqxA, oqxB, qnrE2 y aac(6´)-Ib-cr]. También se detectaron mutaciones en GyrA (S83I) y ParC (S80I).\nTambién se realizó el WGS del aislamiento de E. coli Col16. Se determinó que pertenecía al al ST215. Se detectaron los replicones de plásmidos IncC tipo 2, IncFIB, IncFIC (II), IncI1, IncX1, IncFII, IncI2 y Col(pHAD28) (Se identificaron 8 plásmidos). Además de los determinantes de resistencia a carbapenémicos, COL y FOS (blaNDM-1, mcr-1.1 y fosA3), se identificaron genes que confieren resistencia a los ?-lactámicos (blaCTX-M-55, blaPER-2, blaTEM-1 y blaOXA-1), fenicoles (catII, catB3 y floR), rifampicina (arr-3), sulfonamidas (sul1, sul2 y sul3), trimetoprima (dfrA1 y dfrA46), aminoglucósidos [aac(6)-Ian, ant(3'')-Ia, aph(3')-IIa y aac(6´)-Ib-cr], tetraciclina (tetA) y fluoroquinolonas [qnrB19, qnrVC y aac(6´)-Ib-cr]. También se detectaron mutaciones en GyrA (S83I, D87N) y ParC (S80I).\n?Grupo I-B?, compuesto por 28 aislamientos de enterobacterias (25 E. coli y 3 K. pneumoniae) resistentes a COL recuperados entre 2017-2018. En 26 aislamientos se reconoció el gen mcr-1 (25/25 E. coli y 1/3 K. pneumoniae). Se encontraron 17/25 aislamientos de E. coli, con presencia de fosA3. y 2/3 aislamientos de K. pneumoniae sin fosA3, con resistencia a FOS. Cuatro de los 25 aislamientos de E. coli pertenecían al ST 131. Ninguna de las K. pneumoniae perteneció al ST 258.\n?Grupo II-A?, compuesto por 183 aislamientos de E. coli recuperados de hisopado cloacal de pollos sanos, recolectados en 2015, colectados originalmente en busca de BLEE. Presentaron resistencia a COL 155/183, confirmados como portadores de mcr-1. Los 141/183 aislamientos con resistencia a FOS presentaron el gen fosA3. Se analizaron los genes codificantes de CTX-M, 82 portadores de blaCTX-M-grupo 1, 50 de blaCTX-M-grupo 2 y 40 de blaCTX-M-grupo 9. Los 39 aislamientos resistentes a FOX fueron positivos para pAmpC, 30 portaban blaCMY, 8 blaDHA y 1 simultáneamente blaCMY y blaDHA. Ninguno de los aislamientos correspondió al ST131.\n?Grupo II-B?, compuesto por 115 aislamientos de E. coli recuperados de hisopado rectal de cerdos, recolectados en 2017, colectados originalmente en busca de BLEE. Presentaron resistencia a COL 79/115, confirmados como portadores de mcr-1. En los 103/115 aislamientos con resistencia a FOS, se reconoció la presencia del gen fosA3. Se analizaron los genes codificantes de CTX-M, 91 portadores de blaCTX-M-grupo 1, 11 de blaCTX-M-grupo 2 y 32 blaCTX-M-grupo 9, los 4 aislamientos resistentes a FOX fueron productores de pAmpC, portadores de blaCMY. Ninguno de los aislamientos correspondió al ST131.\n?Grupo-III?, compuesto por 92 aislamientos de Enterobacterales no relacionados entre sí, recuperadas de diferentes fuentes, humanas y animales; algunas portadoras de diferentes carbapenemasas. La Prueba CPD-E basada en la predifusión de dos discos de COL sobre una placa de agar Mueller-Hinton, después se inocula el aislamiento en estudio y se colocan dos discos conteniendo EDTA. Todos los aislamientos resistentes a COL productores de MCR, mostraron un aumento ? 5 mm en la zona de inhibición alrededor del área de predifusión en presencia de EDTA, en comparación con áreas de inhibición en ausencia de EDTA. Los sensibles a COL y los resistentes a COL sin mcr, mostraron una diferencia mucho menor en los halos de inhibición. El otro método se basa en una modificación de la prueba CAST, al que se incluye una placa extra de CAST suplementado con EDTA (eCAST). Como control de crecimiento, se usan placas de Mueller-Hinton con EDTA. Todos los aislamientos resistentes a COL crecen en placas de CAST; los aislamientos resistentes a COL sin mcr- crecen en eCAST, mientras que ninguno de los productores de MCR resistente a COL desarrollo en esta placa. Los sensibles a COL no mostraron desarrollo en ambas placas que contenían COL. Todos los aislamientos analizados crecieron en Mueller-Hinton con EDTA. Ambas metodologías tienen hasta el momento un 100% de sensibilidad y especificidad para la detección de MCR.
Doctor de la Universidad de Buenos Aires en Ciencias de la Salud