Desarrollo mediante ddRADseq y aplicación de nuevos marcadores SSR en pecán para identificación de cultivares

Autores
Rivas, Juan Gabriel; Aguirre, Natalia Cristina; Garcia, Martin Nahuel; Acuña, Cintia Vanesa; Villalba, Pamela Victoria; Grassi, Ana Laura; Frusso, Enrique Alberto; Ceballos, Dario Sebastian; Martinez, Maria Carolina; Marcucci Poltri, Susana Noemi
Año de publicación
2024
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
Poster
Introducción: El pecán (Carya illinoinensis) es una especie con una amplia distribución natural, adaptada a diversos ambientes y climas. Presenta una floración diclino monoica con dicogamia, es decir que las flores femeninas y masculinas de una misma variedad y dispuestas sobre un mismo pie no maduran al mismo tiempo. Esta característica hace que la productividad del cultivo dependa de la correcta combinación de cultivares dado por el período de liberación de polen y receptividad del estigma de cada uno. Los cultivares de pecán se propagan agámicamente mediante multiplicación por injertos. Por lo que, en este contexto, la identificación temprana y trazabilidad de los cultivares es clave para la generación de plantaciones productivas viables. En Argentina, el INTA cuenta con 20 cultivares registrados (https://gestion.inase.gob.ar/registroCultivares/publico/catalogo) que fueron introducidos desde el ARS-USDA Pecan Breeding Program en 2009 y dispone de un sistema de marcadores microsatélites (SSR) para la identificación inequívoca y trazabilidad de estos, ofrecido como servicio a viveros y productores. Debido a la circulación de otros cultivares no inscriptos, se requirió del desarrollo de nuevos marcadores que permitan evaluar esta nueva situación. En la actualidad, las técnicas de generación de bibliotecas de representación de genoma reducido, como ddRADseq (double digest Restriction Site Associated DNA Sequencing), permiten la detección y evaluación de SSR polimórficos y facilitan el desarrollo de oligonucleótidos para amplificaciones específicas posteriores.
Instituto de Biotecnología
Fil: Rivas, Juan Gabriel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Rivas, Juan Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aguirre, Natalia Cristina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Aguirre, Natalia Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
il: Garcia, Martin Nahuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Garcia, Martin Nahuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Cintia Vanesa. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Acuña, Cintia Vanesa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Villalba, Pamela Victoria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Villalba, Pamela Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Grassi, Ana Laura. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Delta del Paraná; Argentina
Fil: Frusso, Enrique Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; Argentina
Fil: Ceballos, Darío Sebastián. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Delta del Paraná; Argentina
Fil: Martinez, Maria Carolina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Martinez, Maria Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Marcucci Poltri, Susana Noemi. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Marcucci Poltri, Susana Noemi. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fuente
III Simposio Sudamericano de Nuez Pecán, Estación Experimental “Wilson Ferreira Aldunate” INIA Las Brujas; Uruguay, 15 y 16 de noviembre de 2024
Materia
Microsatellites
Bioinformatics
Stock Identification
Pecans
Microsatélite
Bioinformática
Identificación Genética
Argentina
Pacana
Carya illinoinensis
Nuez Pecán
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Esta característica hace que la productividad del cultivo dependa de la correcta combinación de cultivares dado por el período de liberación de polen y receptividad del estigma de cada uno. Los cultivares de pecán se propagan agámicamente mediante multiplicación por injertos. Por lo que, en este contexto, la identificación temprana y trazabilidad de los cultivares es clave para la generación de plantaciones productivas viables. En Argentina, el INTA cuenta con 20 cultivares registrados (https://gestion.inase.gob.ar/registroCultivares/publico/catalogo) que fueron introducidos desde el ARS-USDA Pecan Breeding Program en 2009 y dispone de un sistema de marcadores microsatélites (SSR) para la identificación inequívoca y trazabilidad de estos, ofrecido como servicio a viveros y productores. Debido a la circulación de otros cultivares no inscriptos, se requirió del desarrollo de nuevos marcadores que permitan evaluar esta nueva situación. 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Introducción: El pecán (Carya illinoinensis) es una especie con una amplia distribución natural, adaptada a diversos ambientes y climas. Presenta una floración diclino monoica con dicogamia, es decir que las flores femeninas y masculinas de una misma variedad y dispuestas sobre un mismo pie no maduran al mismo tiempo. Esta característica hace que la productividad del cultivo dependa de la correcta combinación de cultivares dado por el período de liberación de polen y receptividad del estigma de cada uno. Los cultivares de pecán se propagan agámicamente mediante multiplicación por injertos. Por lo que, en este contexto, la identificación temprana y trazabilidad de los cultivares es clave para la generación de plantaciones productivas viables. En Argentina, el INTA cuenta con 20 cultivares registrados (https://gestion.inase.gob.ar/registroCultivares/publico/catalogo) que fueron introducidos desde el ARS-USDA Pecan Breeding Program en 2009 y dispone de un sistema de marcadores microsatélites (SSR) para la identificación inequívoca y trazabilidad de estos, ofrecido como servicio a viveros y productores. Debido a la circulación de otros cultivares no inscriptos, se requirió del desarrollo de nuevos marcadores que permitan evaluar esta nueva situación. En la actualidad, las técnicas de generación de bibliotecas de representación de genoma reducido, como ddRADseq (double digest Restriction Site Associated DNA Sequencing), permiten la detección y evaluación de SSR polimórficos y facilitan el desarrollo de oligonucleótidos para amplificaciones específicas posteriores.
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