Genome-based reclassification of Azospirillum brasilense Az39 as the type strain of Azospirillum argentinense sp. nov.

• Autores: dos Santos Ferreira, Natália; Coniglio, Nayla Anahí; Puente, Mariana Laura; Sant’Anna, Fernando Hayashi; Maroniche, Guillermo Andrés; Garcia, Julia Elena; Molina, Romina Micaela; Nievas, Sofía; Volpiano, Camila Gazolla; Ambrosini, Adriana; Passaglia, Luciane Maria Pereira; Pedraza, Raúl Osvaldo; Reis, Veronica Massena; Zilli, Jerri Edson; Cassan, Fabricio Dario
• Año de publicación: 2022
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Fuente: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72 : 005475 (2022)
• Materia: Azospirillum; Filogenia; Genomes; Azospirillum brasilense; Phylogeny; Genomas; Azospirillum argentinense
• Institución: Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria

Strain Az39T of Azospirillum is a diazotrophic plant growth-promoting bacterium isolated in 1982 from the roots of wheat plants growing in Marcos Juárez, Córdoba, Argentina. It produces indole-3- acetic acid in the presence of l-tryptophan as a precursor, grows at 20–38 °C (optimal 38 °C), and the cells are curved or spiral-shaped, with diameters ranging from 0.5–0.9 to 1.8–2.2 μm. They contain C16 : 0, C18 : 0 and C18 : 1 ω7c/ω6c as the main fatty acids. Phylogenetic analysis of its 16S rRNA gene sequence confirmed that this strain belongs to the genus Azospirillum, showing a close relationship with Azospirillum baldaniorum Sp245T, Azospirillum brasilense Sp7T and Azospirillum formosense CC-Nfb- 7T. Housekeeping gene analysis revealed that Az39T, together with five strains of the genus (Az19, REC3, BR 11975, MTCC4035 and MTCC4036), form a cluster apart from A. baldaniorum Sp245T, A. brasilense Sp7T and A. formosense CC-Nfb- 7T. Average nucleotide identity (ANI) and digital DNA–DNA hybridization (dDDH) between Az39T and the aforementioned type strains revealed values below 96 %, the circumscription limit for the species delineation (ANI: 95.3, 94.1 and 94.0 %; dDDH: 62.9, 56.3 and 55.6 %). Furthermore, a phylogeny evaluation of the core proteome, including 809 common shared proteins, showed an independent grouping of Az39T, Az19, REC3, BR 11975, MTCC4035 and MTCC4036. The G+C content in the genomic DNA of these six strains varied from 68.3 to 68.5 %. Based on the combined phylogenetic, genomic and phenotypic characterization presented here, we consider that strain Az39T, along with strains Az19, REC3, BR 11975, MTCC4035 and MTCC4036, are members of a new Azospirillum species, for which the name Azospirillum argentinense sp. nov. is proposed. The type strain is Az39T (=LBPCV39T=BR 148428T=CCCT 22.01T).
Instituto de Microbiología y Zoología Agrícola (IMYZA)
Fil: Dos Santos Ferreira, Natália. Universidade Federal Rural Do Rio de Janeiro; Brasil
Fil: Coniglio, Nayla Anahí. Universidad Nacional de Río Cuarto. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET). Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta-Microorganismo; Argentina
Fil: Puente, Mariana Laura. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Microbiología y Zoología Agrícola. Laboratorio de Bacterias Promotoras del Crecimiento Vegetal; Argentina
Fil: Sant´Anna, Fernando Hayashi. PROADI-SUS. Hospital Moinhos de Vento; Brasil
Fil: Maroniche, Guillermo Andrés. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
Fil: Maroniche, Guillermo Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Garcia, Julia Elena. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Microbiología y Zoología Agrícola; Argentina
Fil: Molina, Romina Micaela. Universidad Nacional de Rio Cuarto. Facultad de Ciencias Exactas Fisicoquímicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas. Laboratorio de Fisiología Vegetal e Interacción Planta-Microorganismo; Argentina
Fil: Nievas, Sofía. Universidad Nacional de Rio Cuarto. Facultad de Ciencias Exactas Fisicoquímicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas. Laboratorio de Fisiología Vegetal e Interacción Planta-Microorganismo; Argentina
Fil: Volpiano, Camila Gazolla. Instituto de Biociências. Departamento de Genética and Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular; Brasil
Fil: Ambrosini, Adriana. Instituto de Biociências. Departamento de Genética and Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular; Brasil
Fil: Passaglia, Luciane Maria Pereira. Instituto de Biociências. Departamento de Genética and Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular; Brasil
Fil: Pedraza, Raúl Osvaldo. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Agronomía y Zootecnia; Argentina
Fil: Reis, Veronica Massena. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (EMBRAPA). Agrobiologia; Brasil
Fil: Zilli, Jerri Edson. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (EMBRAPA). Agrobiologia; Brasil
Fil: Cassan, Fabricio Dario. Universidad Nacional de Río Cuarto. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET). Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta-Microorganismo; Argentina