Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations
- Autores
- Goya, Stephanie; Sosa, Ezequiel Jorge; Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Torres, Carolina; Konig, Guido Alberto; Acuña, Dolores; Ceballos, Santiago; Distefano, Ana Julia; Dopazo, Hernán; Dus Santos, Maria Jose; Fass, Monica Irinia; Fernandez Do Porto, Darío Augusto; Fernandez, Ailen; Gallego, Fernando; Gismondi, Maria Ines; Gramundi, Ivan; Lusso, Silvina; Marti, Marcelo Adrián; Mazzeo, Melina; Mistchenko, Alicia Susana; Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel; Natale, Mónica; Nardi, Cristina; Ousset, Julia; Peralta, Andrea Veronica; Pintos, Carolina; Puebla, Andrea Fabiana; Pianciola, Luis; Rivarola, Maximo Lisandro; Turjanski, Adrián; Valinotto, Laura; Vera, Pablo Alfredo; Zaiat, Jonathan; Zubrycki, Jeremias Enrique; Aulicino, Paula; Viegas, Mariana
- Año de publicación
- 2023
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- Introduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown. Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant calling, filtering and statistical analysis to identify samples suspected of being mixed SARS-CoV-2 populations from a large dataset in the framework of a community genomic surveillance. VICOS was used to detect SARS-CoV-2 coinfections in a dataset of 1,097 complete genomes collected between March 2020 and August 2021 in Argentina. Results: We detected 23 cases (2%) of SARS-CoV-2 coinfections. Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2.
Instituto de Biotecnología
Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina
Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina
Fil: Ceballos, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC); Argentina
Fil: Distefano, Ana Julia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Distefano, Ana Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Dopazo, Hernán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Dopazo, Hernán. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina
Fil: Fass, Monica Irina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Fass, Monica Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina
Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Lusso, Silvina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina
Fil: Ousset, Julia. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina
Peralta, Andrea Veronica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Peralta, Andrea Veronica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina
Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Turjanski, Adrián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina
Fil: Turjanski, Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Vera, Pablo Alfredo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABIMO); Argentina
Fil: Vera, Pablo Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Zaiat, Jonathan. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina
Fil: Zaiat, Jonathan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina
Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina - Fuente
- Virus Research 325 : 199035 (Febrero 2023)
- Materia
-
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Bioinformatics
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Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
Bioinformática
Virus
Coinfection
Intra-host Evolution
Coinfección
Evolución Intrahospedador - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
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Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populationsGoya, StephanieSosa, Ezequiel JorgeNabaes Jodar, Mercedes SoledadTorres, CarolinaKonig, Guido AlbertoAcuña, DoloresCeballos, SantiagoDistefano, Ana JuliaDopazo, HernánDus Santos, Maria JoseFass, Monica IriniaFernandez Do Porto, Darío AugustoFernandez, AilenGallego, FernandoGismondi, Maria InesGramundi, IvanLusso, SilvinaMarti, Marcelo AdriánMazzeo, MelinaMistchenko, Alicia SusanaMuñoz Hidalgo, Marianne GrazielNatale, MónicaNardi, CristinaOusset, JuliaPeralta, Andrea VeronicaPintos, CarolinaPuebla, Andrea FabianaPianciola, LuisRivarola, Maximo LisandroTurjanski, AdriánValinotto, LauraVera, Pablo AlfredoZaiat, JonathanZubrycki, Jeremias EnriqueAulicino, PaulaViegas, MarianaSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2BioinformaticsVirusesCoronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2BioinformáticaVirusCoinfectionIntra-host EvolutionCoinfecciónEvolución IntrahospedadorIntroduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown. Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant calling, filtering and statistical analysis to identify samples suspected of being mixed SARS-CoV-2 populations from a large dataset in the framework of a community genomic surveillance. VICOS was used to detect SARS-CoV-2 coinfections in a dataset of 1,097 complete genomes collected between March 2020 and August 2021 in Argentina. Results: We detected 23 cases (2%) of SARS-CoV-2 coinfections. Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2.Instituto de BiotecnologíaFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Sosa, Ezequiel Jorge. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; ArgentinaFil: Sosa, Ezequiel Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); ArgentinaFil: Ceballos, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC); ArgentinaFil: Distefano, Ana Julia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Distefano, Ana Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Dopazo, Hernán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Dopazo, Hernán. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Fass, Monica Irina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Fass, Monica Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; ArgentinaFil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Lusso, Silvina. Hospital Regional Ushuaia; ArgentinaFil: Marti, Marcelo Adrian. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; ArgentinaFil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; ArgentinaFil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. 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Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; ArgentinaFil: Zaiat, Jonathan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Viegas, Mariana. 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Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2. Instituto de Biotecnología Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. 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Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina Fil: Fass, Monica Irina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Fass, Monica Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina Fil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Gramundi, Ivan. 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Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Turjanski, Adrián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina Fil: Turjanski, Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Vera, Pablo Alfredo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABIMO); Argentina Fil: Vera, Pablo Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Zaiat, Jonathan. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina Fil: Zaiat, Jonathan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina |
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Introduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown. Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant calling, filtering and statistical analysis to identify samples suspected of being mixed SARS-CoV-2 populations from a large dataset in the framework of a community genomic surveillance. VICOS was used to detect SARS-CoV-2 coinfections in a dataset of 1,097 complete genomes collected between March 2020 and August 2021 in Argentina. Results: We detected 23 cases (2%) of SARS-CoV-2 coinfections. Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2. |
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