Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations

Autores
Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; Marquez, Judith; Ortiz Batsche, Lucia; Hernandez Morfa, Mirelys; Cortes, Paulo; Ceschin, Danilo Guillermo; Núñez Fernandez, Mariana; Perez, Daniel R.; Echenique, Jose Ricardo
Año de publicación
2024
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.
Fil: Olivero, Nadia Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Zappia, Victoria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Gargantini, Pablo Ruben. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Human Gonzalez, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Raya Plasencia, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Marquez, Judith. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Ortiz Batsche, Lucia. University of Georgia; Estados Unidos
Fil: Hernandez Morfa, Mirelys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Cortes, Paulo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Universidad Nacional de Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa; Argentina
Fil: Núñez Fernandez, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; Argentina
Fil: Perez, Daniel R.. University of Georgia; Estados Unidos
Fil: Echenique, Jose Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Materia
SARS-CoV-2
Omicron
HLA alleles
T-cell epitopes
Cordoba
Argentina
epidemiology
COVID-19
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/251981
Acceder
id CONICETDig_f3b737f09ab0084d025b8f81cf03a888
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/251981
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike MutationsOlivero, Nadia BelénZappia, Victoria EugeniaGargantini, Pablo RubenHuman Gonzalez, CandelaRaya Plasencia, LucianaMarquez, JudithOrtiz Batsche, LuciaHernandez Morfa, MirelysCortes, PauloCeschin, Danilo GuillermoNúñez Fernandez, MarianaPerez, Daniel R.Echenique, Jose RicardoSARS-CoV-2OmicronHLA allelesT-cell epitopesCordobaArgentinaepidemiologyCOVID-19https://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.Fil: Olivero, Nadia Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Zappia, Victoria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Gargantini, Pablo Ruben. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Human Gonzalez, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Raya Plasencia, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Marquez, Judith. Universidad Católica de Córdoba; ArgentinaFil: Ortiz Batsche, Lucia. University of Georgia; Estados UnidosFil: Hernandez Morfa, Mirelys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Cortes, Paulo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Universidad Nacional de Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa; ArgentinaFil: Núñez Fernandez, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; ArgentinaFil: Perez, Daniel R.. University of Georgia; Estados UnidosFil: Echenique, Jose Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaMDPI2024-12info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/251981Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; et al.; Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations; MDPI; Viruses; 16; 12; 12-2024; 1-181999-4915CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/1999-4915/16/12/1877info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.3390/v16121877info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-10T13:07:37Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/251981instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-10 13:07:37.463CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
title Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
spellingShingle Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
Olivero, Nadia Belén
SARS-CoV-2
Omicron
HLA alleles
T-cell epitopes
Cordoba
Argentina
epidemiology
COVID-19
title_short Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
title_full Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
title_fullStr Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
title_full_unstemmed Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
title_sort Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations
dc.creator.none.fl_str_mv Olivero, Nadia Belén
Zappia, Victoria Eugenia
Gargantini, Pablo Ruben
Human Gonzalez, Candela
Raya Plasencia, Luciana
Marquez, Judith
Ortiz Batsche, Lucia
Hernandez Morfa, Mirelys
Cortes, Paulo
Ceschin, Danilo Guillermo
Núñez Fernandez, Mariana
Perez, Daniel R.
Echenique, Jose Ricardo
author Olivero, Nadia Belén
author_facet Olivero, Nadia Belén
Zappia, Victoria Eugenia
Gargantini, Pablo Ruben
Human Gonzalez, Candela
Raya Plasencia, Luciana
Marquez, Judith
Ortiz Batsche, Lucia
Hernandez Morfa, Mirelys
Cortes, Paulo
Ceschin, Danilo Guillermo
Núñez Fernandez, Mariana
Perez, Daniel R.
Echenique, Jose Ricardo
author_role author
author2 Zappia, Victoria Eugenia
Gargantini, Pablo Ruben
Human Gonzalez, Candela
Raya Plasencia, Luciana
Marquez, Judith
Ortiz Batsche, Lucia
Hernandez Morfa, Mirelys
Cortes, Paulo
Ceschin, Danilo Guillermo
Núñez Fernandez, Mariana
Perez, Daniel R.
Echenique, Jose Ricardo
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv SARS-CoV-2
Omicron
HLA alleles
T-cell epitopes
Cordoba
Argentina
epidemiology
COVID-19
topic SARS-CoV-2
Omicron
HLA alleles
T-cell epitopes
Cordoba
Argentina
epidemiology
COVID-19
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.
Fil: Olivero, Nadia Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Zappia, Victoria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Gargantini, Pablo Ruben. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Human Gonzalez, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Raya Plasencia, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Marquez, Judith. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Ortiz Batsche, Lucia. University of Georgia; Estados Unidos
Fil: Hernandez Morfa, Mirelys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Cortes, Paulo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Universidad Nacional de Córdoba. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa | Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Instituto de Investigación Médica Mercedes y Martín Ferreyra. Grupo Vinculado Centro de Investigación en Medicina Traslacional Severo R. Amuchástegui - Cimetsa; Argentina
Fil: Núñez Fernandez, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; Argentina
Fil: Perez, Daniel R.. University of Georgia; Estados Unidos
Fil: Echenique, Jose Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
description Understanding the evolutionary patterns and geographic spread of SARS-CoV-2 variants, particularly Omicron, is essential for effective public health responses. This study focused on the genomic analysis of the Omicron variant in Cordoba, Argentina from 2021 to 2022. Phylogenetic analysis revealed the dominant presence of BA.1 and BA.2 lineages, with BA.5 emerging earlier than BA.4, aligning with observations from other regions. Haplotype network analysis showed significant genetic divergence within Omicron samples, forming distinct clusters. In comparison to global datasets, we identified mutations in the Omicron genomes (A27S, Y145D, and L212I) situated within the NTD region of the Spike protein. These mutations, while not widespread globally, showed higher prevalence in our region. Of particular interest were the Y145D and L212I substitutions, previously unreported in Argentina. In silico analysis revealed that both mutations impact the binding affinity of T-cell epitopes to HLA type I and II alleles. Notably, these alleles are among the most common in the Argentinian population, with some associated with protection against and others with susceptibility to SARS-CoV-2 infection. These findings strongly suggest that these prevalent mutations likely influence the immunogenicity of the Spike protein and contribute to immune evasion mechanisms. This study provides valuable insights into the genomic dynamics of the Omicron variant in Cordoba, Argentina and highlights unique mutations with potential implications for COVID-19 vaccines.
publishDate 2024
dc.date.none.fl_str_mv 2024-12
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/251981
Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; et al.; Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations; MDPI; Viruses; 16; 12; 12-2024; 1-18
1999-4915
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/251981
identifier_str_mv Olivero, Nadia Belén; Zappia, Victoria Eugenia; Gargantini, Pablo Ruben; Human Gonzalez, Candela; Raya Plasencia, Luciana; et al.; Genomic Evolution of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Córdoba, Argentina (2021–2022): Analysis of Uncommon and Prevalent Spike Mutations; MDPI; Viruses; 16; 12; 12-2024; 1-18
1999-4915
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/1999-4915/16/12/1877
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.3390/v16121877
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv MDPI
publisher.none.fl_str_mv MDPI
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1842980344571101184
score 12.993085

Publicaciones similares